Клебсиелла спп: Клебсиелла . Азбука антибиотикотерапии. Видаль справочник лекарственных препаратов

Содержание

Клебсиелла . Азбука антибиотикотерапии. Видаль справочник лекарственных препаратов

Автор: Трубачева Е.С., врач – клинический фармаколог

Темой нынешнего разговора будет, с точки зрения автора, королева внутрибольничных инфекций любого стационара – Klebsiella pneumoniae (или палочка Фридлендера). Да-да, автор не ошибся, именно она, а не синегнойки или ацинетки, а именно ее величество – клебсиелла, практически абсолютная убийца тяжелых и крайне тяжелых пациентов. Почему это именно так, мы сегодня и поговорим.

Микробиологические аспекты

Первое и главное, о чем надо знать, – Klebsiella pneumonia – это представитель нормальной микрофлоры кишечника. Еще раз и большими буквами – НОРМАЛЬНОЙ! Не надо ее там лечить (как и стафилококк в носоглотке) – она там живет, и это ее естественный ареал обитания.

А все остальные локации, где она может быть обнаружена: нижние дыхательные пути, мочевыводящий тракт, секрет простаты или содержимое полости матки (анальный сексуальный акт без презерватива

– зло, имейте это в виду при сборе анамнеза, особенно у женщин с послеродовым эндометритом, автор такого навидался в достатке… мужчин это тоже касается, и обнаружение подобной зверюшки в секрете простаты должно навести на определенные мысли и вопросы, и пока пациент не закончит данную практику, простатит вы ему при всем желании не вылечите), кровь и в раны при раневых инфекциях после хирургического вмешательства на брюшной полости – могут указывать на возбудителя текущего состояния.

Что вызывает:

  • Пневмонию
  • Абсцессы легких
  • Перитониты
  • Инфекции мочевыводящих путей
  • Менингиты
  • Эндокардиты
  • Раневые инфекции
  • Инфекции матки и влагалища
  • Сальпингиты
  • Остеомиелиты
  • Инфекции кожи
  • Сепсис

Общим у всех этих патологий является одно – они все тем или иным образом связаны с вмешательством, и чаще всего (опуская уже упомянутые анальные сексуальные акты) это вмешательство носит ятрогенный характер. Клебсиелла не умеет ни летать, ни ходить, ни даже ползать, в очаг ее приносят либо неправильно вымытые руки, либо плохо обработанное медицинское оборудование.

Эпидемиологические аспекты

Как мы уже обсуждали в статье о синегнойной палочке, при некотором желании и упертости эпидемиологической службы или клинического фармаколога (или команды из оных, так как каждый знает свое звено), извести неферментеров из стационара – не самая сложная задача. Было бы желание у администрации этим заняться. Что касается лечащих врачей и среднего персонала, то это тот случай, когда достаточно обработать перчатки и далее, на уровне ЦСО и утилизации отходов, правильно избавиться от контаминированого материала, и если инструментарий не одноразовый, то очистить и простерилизовать его. То есть даже на уровне обработанных (или стерильных) перчаток, касающихся только одной области пациента (другая область, если необходимо, требует смены перчаток, либо обработки рук с полным выдерживанием экспозиции, а не чуть-чуть антисептиком помазал-растер-побежал), вы уже снижаете риск контаминации оным зверьем с последующим развитием синегнойной инфекции. Про ацинетобактер будет отдельная глава в разделе «неферментеры».

С клебсиеллой все намного сложнее. Эта, не побоюсь громкого слова, зверища, живет в кишечниках всего персонала медицинских учреждений. И в первую очередь, как понятно из ее названия, поражает нижние дыхательные пути. А если персонал работает с антибиотиками, то клебсиелла еще и устойчивая ко всему арсеналу применяемых препаратов (это к вопросу о разумном ограничении доступа к препаратам резерва).

Так как сама клебсиелла не имеет ножек и крылышек, то попадает в оные пути она двумя способами: или в случае аспирации, или на руках персонала и с оборудования. Иного не дано. При аспирации это будет личная дикая зверюшка пациента, в случае грязных шаловливых ручек или оборудования (например, эндоскопов) – клебсиелла, высеваемая в отделении в процессе микробиологического мониторинга. А если этот мониторинг углубленный, то напрямую покажет, какая именно хрюшка, выйдя из туалетной комнаты, не соизволила помыть руки, понадеявшись на перчатки. И нет, перчатки, даже стерильные в данном случае, не спасают, они не презерватив. Руки надо мыть и обрабатывать правильно, обязательно соблюдая технологию и экспозицию.

Как вы понимаете, истребить медицинский персонал мы не можем, поэтому и полностью очистить стационар от данной проблемы не получится. И она обязательно выскочит, стоит на секунду расслабиться, и выскочит на самом тяжелом больном, где еще умудрится смутировать в такого урода, которого не достанешь никаким антибиотиком.

На общемировом клебсиеллу тоже очень сильно боятся, и когда в 2010 году вдруг в Великобритании обнаружили штамм NDM (он устойчив вообще ко всему набору существующих антибиотиков и обозван абсолютным убийцей), паника была знатной. В результате проведенного эпидемиологического расследования, по итогам которого большая группа видных ученых стала персонами non-grata в Индии, было установлено, что данный штамм привезен оттуда и из Пакистана. Присутствие в сточных водах возбудителей, имеющих карбапенемазы (то есть это уже не внутрибольничная флора, это то, что там живет на улице) на момент проведения расследования составляла 90% по CTX-M15 и 36% по NDM. С чем связан сей факт? С безрецептурным масштабным использованием карбапенемов и… проблемами с проточной канализацией. Ее либо нет, либо ей не пользуются, а делают все по старинке. А так как земной шар оказался очень маленьким, теперь NDM-штаммы обнаруживаются по всей планете. У нас, например, очень быстро данным штаммом заселились клиники Санкт-Петербурга.

И медицина перед ними бессильна. До тех пор, пока не налажен эпиднадзор, а персонал не моет руки после каждого посещения туалета.

Так как любого врага надо знать в лицо, то наиболее часто встречаемые портреты у автора тоже есть.

Итак, дикая и ничем ни разу не пуганная клебсиелла выглядит вот так:

Где встречается? Те самые послеродовые эндометриты, как результат плотских утех, простатиты, а также раневые инфекции после оперативных вмешательств на брюшной полости у ранее не леченных пациентов.

На этом рисунке:

– вы можете увидеть устойчивый внутрибольничный штамм, который еще можно чем-то полечить, но это будет тяжело и дорого, проще персонал научить руки мыть и бороды брить (фекальной микрофлоры в мужских бородах в таком достатке, что единственный вариант для тех, кто хоть как-то соприкасается с ранами, данное украшение не носить или не оперировать).

На следующей картинке:

– мы видим практически неубиваемого зверя, который сам по себе вбивает тот самый последний гвоздь в гроб пациента. Но как же Тигециклин, спросите вы. Отвечу – тигацил является бактериостатиком, и пока он наберет необходимую силу, пациента уже отнесут и закопают. Но даже это еще не предел. Предел на следующем рисунке, и нет, Имипенем при указанной MIC уже бессилен:

Как вы понимаете – эти два зверя являются абсолютными убийцами, против которых в данный момент медицина бессильна полностью. И именно такое зверье живет в стационарах без микробиологического мониторинга и систем противостояния в виде эпидемического надзора. Именно эти звери убивают самых тяжелых пациентов, если каким-то образом (руки персонала или плохо обработанное оборудование) в них попали. Но что хуже всего, эти штаммы способны передавать свои факторы устойчивости другой грамотрицательной флоре, например, кишечным палочкам, а потому пациенты, инфицированные такими клебсиеллами, должны быть полностью изолированы и карантинизированы. Спасти их, скорее всего, не получится, но хотя бы всех остальных оградите от инфицирования и последующего летального исхода, да и сами такую зверюшку не подцепите (как вы помните «врач

– это диагноз», так не будем его себе усложнять).

Чем лечить?

Дикая клебсиелла отлично лечится препаратами группы цефалоспоринов третьего ряда.

А вот внутрибольничную можно побороть, только четко понимая, с чем вы имеете дело, и обычный диско-дифузионный метод диагностики тут не поможет. Нужны автоматизированные системы с определением MIC. Но во главе угла все равно стоит инфекционная безопасность пациентов. Коллеги! Автор понимает, что выглядит «городской сумасшедшей», коим в свое время был объявлен Земмельвейс, но он вас умоляет – мойте руки после посещения туалета и мойте их правильно. Вам это ничего не стоит, а пациенты выживут. Ничего более эффективного против внутрибольничных клебсиелл пока не придумано. А эпидемиологи ваших учреждений будут проводить свои работы по контролю и дезинфекции отделений и целых зданий. Так получилось, что именно эту королеву ВБИ мы, врачи, медсестры и младший персонал, носим исключительно в себе. Берегите себя, своих близких и своих пациентов, тем более в это нелегкое для отечественной медицины время, с угрозой введения врачебных статей в УК.

Клебсиелла – это почти всегда чистая ятрогения. Повторюсь – берегите себя и мойте руки.

Поделиться с друзьями

Пожалуйста, заполните поля e-mail адресов и убедитесь в их правильности

Klebsiella spp. — это… Что такое Klebsiella spp.?

  • Klebsiella —   Klebsiella …   Wikipedia Español

  • Klebsiella infection — Infobox Disease Name = Klebsiella pneumoniae Caption = K. pneumoniae on a MacConkey agar plate. DiseasesDB = 7181 ICD10 = ICD10|B|96|1|b|95, ICD10|G|00|8|g|00, ICD10|J|15|0|j|09, ICD10|P|23|6|p|20 ICD9 = ICD9|041.3, ICD9|320.82, ICD9|482.0 ICDO …   Wikipedia

  • Klebsiella — Taxobox color = lightgrey name = Klebsiella image width = image caption = regnum = Bacteria phylum = Proteobacteria classis = Gamma Proteobacteria ordo = Enterobacteriales familia = Enterobacteriaceae genus = Klebsiella genus authority = Trevisan …   Wikipedia

  • Элефлокс — Действующее вещество ›› Левофлоксацин* (Levofloxacin*) Латинское название Eleflox АТХ: ›› J01MA12 Левофлоксацин Фармакологическая группа: Хинолоны/фторхинолоны Нозологическая классификация (МКБ 10) ›› A40 Стрептококковая септицемия ›› A41 Другая… …   Словарь медицинских препаратов

  • Спарфло — Действующее вещество ›› Спарфлоксацин* (Sparfloxacin*) Латинское название Sparflo АТХ: ›› J01MA09 Спарфлоксацин Фармакологическая группа: Хинолоны/фторхинолоны Нозологическая классификация (МКБ 10) ›› A02 Другие сальмонеллезные инфекции ›› A03… …   Словарь медицинских препаратов

  • Гемифлоксацин — (Gemifloxacin) Химическое соединение …   Википедия

  • Таваник — Действующее вещество ›› Левофлоксацин* (Levofloxacin*) Латинское название Tavanic АТХ: ›› J01MA12 Левофлоксацин Фармакологическая группа: Хинолоны/фторхинолоны Нозологическая классификация (МКБ 10) ›› A15 A19 Туберкулез ›› A41. 9 Септицемия… …   Словарь медицинских препаратов

  • Цефтриаксон-АКОС — Действующее вещество ›› Цефтриаксон* (Ceftriaxone*) Латинское название Ceftriaxone AKOS АТХ: ›› J01DD04 Цефтриаксон Фармакологическая группа: Цефалоспорины Нозологическая классификация (МКБ 10) ›› A02 Другие сальмонеллезные инфекции ›› A03… …   Словарь медицинских препаратов

  • Флорацид — Действующее вещество ›› Левофлоксацин* (Levofloxacin*) Латинское название Floracyd АТХ: ›› J01MA12 Левофлоксацин Фармакологическая группа: Хинолоны/фторхинолоны Нозологическая классификация (МКБ 10) ›› A41.9 Септицемия неуточненная ›› J01 Острый… …   Словарь медицинских препаратов

  • Фторхинолон — Ципрофлоксацин хинолон 2 поколения Группа веществ обладающих выраженной противомикробной активностью, широко применяющаяся в медицине в качестве антибиотика широкого спектра действия. Содержание 1 Группа хинолонов/фторхинолонов …   Википедия

  • Klebsiella spp

    C. L.E.D. Agar w/Bromo Thymol Blue
    Лактозо-цистиновый агар (с бромтимоловым синим)

    для выделения и дифференциации возбудителей мочевых инфекций (по ферментации лактозы)

    EMB Agar
    Агар с эозином и метиленовым синим (EMB)

    для выделения и дифференциации грамотрицательных микроорганизмов кишечной группы из клинического и другого материала

    EMB Agar, Levine
    Агар Левина

    для выделения, подсчета и дифференциации микроорганизмов семейства Enterobacteriaceae

    MacConkey Agar, Modified (as per APHA) (For Isolation of Kleb-siella from water samples as per APHA)
    Агар МакКонки модифицированный

    для определения и выделения клебсиелл из воды и другого материала мембранным методом.

    Modified Tergitol 7 Agar
    Гептадецилсульфатный агар модифицированный

    для селективного выделения и подсчета колиформных бактерий в воде мембранным методом, в соответствии с рекомендациями международного комитета (ISO)
    FD057 *TTC Solution 1% (pack of 5 vials of 10 ml each) 1%-ный раствор трифенилтетразолия хлорида (5 флакончиков по 10 мл)

    Xylose Lysine Deoxycholate Agar (XLD Agar)

    Ксилозо-лизин-дезоксихолатный агар (КЛД-агар)

    для селективного выделения и подсчета Salmonella Typhi и других видов Salmonella

    Xylose-Lysine Deoxycholate Agar (XLD Agar) Modified

    Ксилозо-лизиновый дезоксихолатный агар (КЛД-агар) модифицированный

    для селективного выделения и подсчета Salmonella Typhi и других видов Salmonella

    Xylose-Lysine Deoxycholate Agar (XLD Agar)

    Ксилозо-лизиновый дезоксихолатный агар (КЛД-агар)(в соответствии с Российской Фармакопеей)

    для селективного выделения и подсчета Salmonella Typhi и других видов Salmonella

    Klebsiella pneumoniae в медицинских учреждениях | ХАИ

    Общая информация

    Klebsiella [kleb-see-ell-uh] представляет собой тип грамотрицательных бактерий, которые могут вызывать различные типы инфекций, связанных с оказанием медицинской помощи, включая пневмонию, инфекции кровотока, раневые или хирургические инфекции и менингит. Все чаще бактерий Klebsiella вырабатывают устойчивость к противомикробным препаратам, совсем недавно к классу антибиотиков, известных как карбапенемы.Бактерии Klebsiella обычно обнаруживаются в кишечнике человека (где они не вызывают заболеваний). Они также обнаруживаются в человеческом стуле (фекалиях). В медицинских учреждениях инфекции Klebsiella обычно возникают среди больных пациентов, получающих лечение по поводу других состояний. Пациенты, уход за которыми требует таких устройств, как вентиляторы (дыхательные аппараты) или внутривенные (венозные) катетеры, а также пациенты, принимающие длительные курсы определенных антибиотиков, подвергаются наибольшему риску заражения Klebsiella .Здоровые люди обычно не заражаются Klebsiella .

    Как

    распространяются бактерии Klebsiella

    Чтобы заразиться Klebsiella , человек должен подвергнуться воздействию бактерий. Например, Klebsiella должна попасть в дыхательные пути, чтобы вызвать пневмонию, или в кровь, чтобы вызвать инфекцию кровотока.

    В медицинских учреждениях бактерии Klebsiella могут передаваться от человека к человеку (например, от пациента к пациенту через зараженные руки медицинского персонала или других лиц) или, что реже, путем заражения окружающей среды.Бактерии не распространяются по воздуху.

    Пациенты в медицинских учреждениях также могут подвергаться воздействию Klebsiella , когда они находятся на аппаратах искусственной вентиляции легких (дыхательных аппаратах), или имеют внутривенные (венозные) катетеры или раны (вызванные травмой или хирургическим вмешательством). К сожалению, эти медицинские инструменты и условия могут позволить Klebsiella проникнуть в организм и вызвать инфекцию.

    Предотвращение распространения

    Klebsiella

    Чтобы предотвратить распространение инфекций, вызываемых Klebsiella , между пациентами, медицинский персонал должен соблюдать особые меры инфекционного контроля (см. Руководство по мерам предосторожности при изоляции: Предотвращение передачи инфекционных агентов в медицинских учреждениях, 2007 г. ).Эти меры предосторожности могут включать строгое соблюдение гигиены рук и ношение халатов и перчаток при входе в помещения, где находятся пациенты с заболеваниями, связанными с Klebsiella . Медицинские учреждения также должны соблюдать строгие процедуры очистки, чтобы предотвратить распространение Klebsiella .

    Для предотвращения распространения инфекций пациентам также следует очень часто мыть руки, в том числе:

    • Перед приготовлением или употреблением пищи
    • Перед прикосновением к глазам, носу или рту
    • До и после смены раневых повязок или повязок
    • После посещения туалета
    • После сморкания, кашля или чихания
    • После прикосновения к больничным поверхностям, таким как поручни кроватей, прикроватные тумбочки, дверные ручки, пульты дистанционного управления или телефон

    Лекарственно-устойчивый

    Клебсиелла

    Некоторые бактерии Klebsiella приобрели высокую устойчивость к антибиотикам. Когда такие бактерии, как Klebsiella pneumoniae , вырабатывают фермент, известный как карбапенемаза (называемый организмами, продуцирующими KPC), класс антибиотиков, называемых карбапенемами, не будет работать для уничтожения бактерий и лечения инфекции. Виды Klebsiella являются примерами Enterobacterales, нормальной части кишечных бактерий человека, которые могут стать устойчивыми к карбапенемам. CRE, что означает резистентные к карбапенемам энтеробактерии, представляет собой группу микробов, которые трудно поддаются лечению, поскольку они обладают высоким уровнем устойчивости к антибиотикам.К сожалению, антибиотики карбапенемы часто являются последней линией защиты от грамотрицательных инфекций, устойчивых к другим антибиотикам.

    Лечение инфекций

    Klebsiella

    Klebsiella Инфекции, не обладающие лекарственной устойчивостью, можно лечить антибиотиками. Инфекции, вызванные бактериями, продуцирующими KPC, трудно поддаются лечению, потому что против них эффективны меньше антибиотиков. В таких случаях микробиологическая лаборатория должна провести тесты, чтобы определить, какие антибиотики будут лечить инфекцию.

    Что делать пациентам, если они думают, что у них

    заболевание, связанное с клебсиеллой ?

    Обратитесь к поставщику медицинских услуг.

    Что делать пациентам, если у них

    диагностировано заболевание, связанное с клебсиеллой ?

    Они должны следовать схеме лечения, назначенной поставщиком медицинских услуг. Если поставщик медицинских услуг прописывает антибиотик, пациенты должны принимать его точно в соответствии с указаниями поставщика медицинских услуг. Пациенты должны пройти назначенный курс лечения, даже если симптомы исчезли.Если лечение прекращается слишком рано, некоторые бактерии могут выжить, и пациент может заразиться повторно. Пациенты должны как можно чаще мыть руки и соблюдать все остальные рекомендации по гигиене.

    Как кто-то может узнать, является ли его инфекция

    Klebsiella лекарственно-устойчивой?

    Поставщик медицинских услуг назначит лабораторные анализы, чтобы определить, является ли инфекция Klebsiella лекарственно-устойчивой.

    Может ли инфекция

    Klebsiella распространиться среди членов семьи больного?

    Если члены семьи здоровы, риск заражения Klebsiella очень низок.По-прежнему необходимо соблюдать все меры предосторожности, особенно гигиену рук. Бактерии Klebsiella распространяются в основном при контакте от человека к человеку, и гигиена рук — лучший способ предотвратить распространение микробов.

    Рекомендации и руководства

    Для получения дополнительной информации о профилактике и лечении ИСМП см. ресурсы ниже:

    границ | Генотипическая характеристика клинических Klebsiella spp. Изоляты, полученные от пациентов с подозрением на внебольничный сепсис, Швеция

    Введение

    Грамотрицательные бактерии Klebsiella представляют серьезную угрозу для здоровья населения, вызывая значительную заболеваемость и смертность во всем мире.Известно, что это оппортунистический патоген, который может вызывать различные инфекции, связанные с оказанием медицинской помощи, и внебольничные инфекции, такие как инфекции мочевыводящих путей, пневмония, сепсис, менингит и гнойные абсцессы печени. Появление штаммов с высокой лекарственной устойчивостью, а также растущее разнообразие фенотипов устойчивости к антибиотикам, наблюдаемое у Klebsiella spp. вызывают особое беспокойство (Jean et al., 2018; Bengoechea and Sa Pessoa, 2019; Heinz et al., 2019; Rodríguez-Medina et al., 2019). Инфекции Klebsiella у людей вызываются в основном Klebsiella pneumoniae и в меньшей степени Klebsiella oxytoca (Singh et al., 2016).

    В последнее время многие родственные Klebsiella spp. были идентифицированы и классифицированы, что привело к расширению таксономии комплекса K. pneumoniae . Klebsiella pneumoniae ранее была разделена на три филогруппы (KpI, KpII и KpIII), позже классифицированные как отдельные виды ( K.pneumoniae , Klebsiella quadripneumoniae и Klebsiella variicola ; Брис и Верхуф, 2001 г.; Брис и др., 2004, 2014; Розенблют и др., 2004). Комплекс K. pneumoniae в настоящее время включает семь видов, родственных K. pneumoniae : K. pneumoniae , K. quadripneumoniae subsp. квазипневмония , К. квазипневмония подвид. similipneumoniae , K. variicola subsp. variicola (далее именуемый K.variicola ), K. variicola subsp. tropicalensis , K. africanensis и недавно описанный K. quadricola (Long et al., 2017a). Хотя K. pneumoniae является основной причиной инфекций в комплексе, все большее признание получает участие в инфекциях человека других видов (Seki et al., 2013; Brisse et al., 2014; Maatallah et al., 2014; Holt et al., 2015; Breurec et al., 2016; Chen et al., 2016; Ejaz et al., 2017; Лонг и др., 2017b; Николас и др., 2018). К сожалению, неспособность обычных микробиологических методов различать виды внутри комплекса приводит к высокой частоте ошибочных идентификаций (Long et al., 2017b), тем самым маскируя истинное клиническое значение каждой филогруппы и их эпидемиологических особенностей (Seki et al. , 2013; Brisse et al., 2014; Long et al., 2017b). Обычно представители комплекса K. pneumoniae ошибочно идентифицируются как K. pneumoniae (Rodríguez-Medina et al., 2019). В настоящее время времяпролетная масс-спектрометрия с лазерной десорбцией с использованием матрицы (MALDI-TOF MS) обычно используется для идентификации видов в рамках стандартной диагностической процедуры в клинических лабораториях, но ее способность различать Klebsiella spp. сильно зависит от используемой версии базы данных (Long et al., 2017b; Rodrigues et al., 2018). Также были разработаны методы идентификации, основанные на ПЦР, но они подвержены ошибкам или не различают все филогруппы (Bialek-Davenet et al., 2014; Брис и др., 2014; Гарза-Рамос и др., 2015). Таким образом, надежная идентификация различных членов комплекса K. pneumoniae может быть достигнута только с использованием полногеномного секвенирования (WGS; Long et al., 2017b) или секвенирования конкретных генетических маркеров (например, bla LEN , bla OKP , bla SHV , rpoB , gyrA и parC ; Brisse et al. , 5, 20 4; 201 et al.;

    Помимо точной идентификации видов, анализ на основе WGS оказался применимым для других аспектов клинической микробиологии, включая прогнозирование генотипической резистентности, характеристику вирулентности, борьбу с инфекционными заболеваниями и эпидемиологию патогенов (Deurenberg et al., 2017; Таджини и Греуб, 2017 г.; Россен и др., 2018). Таким образом, WGS воспринимается как один из наиболее перспективных методов в клинической микробиологии (Bertelli and Greub, 2013; Deurenberg et al., 2017) и сегодня широко применяется в исследовательских лабораториях. Внедрение бактериального WGS в клиническую лабораторию до сих пор сдерживалось длительным временем обработки, высокой стоимостью и необходимостью опыта в области биоинформатики. Однако недавняя разработка секвенаторов с длительным считыванием с относительно коротким временем выполнения, а также автоматизированных и удобных для пользователя конвейеров биоинформатики может подразумевать средства для решения этих проблем (Petersen et al. , 2019). Цель этого исследования состояла в том, чтобы охарактеризовать разнообразие и признаки клинических Klebsiella spp. путем анализа на основе WGS с использованием инструментов биоинформатики, а также сравнить эти результаты с результатами, полученными рутинными микробиологическими методами. Всего 105 Klebsiella spp. были включены изоляты, собранные в ходе проспективного последовательного исследования взрослых пациентов с подозрением на внебольничный сепсис на юго-западе Швеции (Ljungström et al., 2019).

    Материалы и методы

    Бактериальные изоляты

    С сентября 2011 г. по июнь 2012 г. проспективное обсервационное исследование тяжелого внебольничного сепсиса и септического шока у взрослых проводилось в больнице Скараборг, вторичной больнице на 640 коек в западном регионе Швеции (Ljungström et al., 2019). Всех пациентов ≥18 лет, последовательно госпитализированных в отделение неотложной помощи с подозрением на внебольничный сепсис, попросили принять участие в исследовании. Исследование было одобрено Региональным советом по этике Гётеборга (376-11). Поскольку настоящее исследование было сосредоточено только на бактериальных изолятах, выделенных из культур, включенных в рутинный уход за пациентами, индивидуальное письменное согласие не требовалось. В течение 9 месяцев у пациентов, включенных в исследование, было извлечено около 1800 бактериальных изолятов из разных типов образцов.Эти изоляты были криоконсервированы во время выделения путем переноса колониального материала во флаконы Microbank™ (Pro-Lab Diagnostics, Онтарио, Канада), хранящиеся при температуре -80°C. В настоящем исследовании все изоляты, идентифицированные как Klebsiella spp. ( n = 105) с помощью обычных микробиологических методов, основанных на культурах, с последующей MALDI-TOF MS (DB-4110). Изоляты были выделены у 82 пациентов в образцах крови ( n = 29), мочи ( n = 71), носоглотки ( n = 4) и раны ( n = 1).

    Идентификация MALDI-TOF MS

    Видовая идентификация изолятов проводилась с помощью MALDI-TOF MS в клинической лаборатории Unilabs в больнице Скараборг на масс-спектрометре MicroFlex LT (Bruker Daltonics, Германия) с программным обеспечением BioTyper v2. 0 с использованием параметров по умолчанию в рамках рутинной клинической практики, как описано в другом месте (Ljungstrom et al., 2015; Enroth et al., 2019). Спектральные баллы выше 2,0 использовались в качестве порога для правильной идентификации. На момент исследования использовалась база данных микроорганизмов Bruker MBT Compass Library DB-4110 (Bruker Daltonics, Германия), выпущенная в апреле 2011 года.

    Фенотипическое тестирование чувствительности к антибиотикам

    Чувствительность к антибиотикам определяли аккредитованными лабораторными методами с использованием метода дисковой диффузии на среде Мюллера-Хинтона в соответствии с рекомендациями Европейского комитета по тестированию чувствительности к противомикробным препаратам (EUCAST). Поскольку фенотипическое тестирование чувствительности к антибиотикам (АЧТ) проводилось как часть рутинной клинической практики, тип образца в основном определял, какие антибиотики следует тестировать для каждого бактериального изолята (таблица 1).

    Таблица 1 . Спецификация антибиотиков, используемых в фенотипическом тестировании на чувствительность к антибиотикам (AST) для Klebsiella spp. изолятов в рамках рутинной клинической практики.

    Illumina Dye Sequenceing and Analysis of Short Read Data

    Геномную ДНК

    выделяли из чистых культур с использованием набора MagNA Pure 96 DNA and Viral NA Small Volume Kit (Roche Diagnostics, Швейцария) на приборе MagNA Pure 96 по протоколу Pathogen Universal 200 (Roche Diagnostics, Швейцария).Библиотеки NexteraXT были подготовлены с использованием протокола производителя (Illumina, Сан-Диего, Калифорния) и секвенированы на приборе Illumina HiSeq в SciLifeLab, Сольна, Швеция.

    Первичный контроль качества файлов FASTQ проводился с использованием программного обеспечения FastQC (v.0.11.5) (Andrews, 2010). Trimmomatic (v.0.36) использовался для удаления адаптера и качественной обрезки со скользящим окном размером 4 и минимальным качеством 20 (Bolger et al. , 2014). Кроме того, первые 12 оснований были обрезаны аргументом HEADCROP, а чтения длиной менее 30 п.н. были удалены.Затем файлы FASTQ были собраны в контиги с помощью ассемблера генома Санкт-Петербург (SPAdes v.3.11.1; Банкевич и др., 2012). Для оценки качества собранных контигов использовали инструмент оценки качества геномных сборок (QUAST v.4.6.0) (Гуревич и др., 2013). Оценка контигов в QUAST проводилась с использованием настроек по умолчанию с эталонными последовательностями, полученными из Национального центра биотехнологической информации (NCBI). Эталонная последовательность для K. pneumoniae subsp. pneumoniae HS11286 (инвентарный номер GenBank NC_016845.1) использовали для изолятов K. pneumoniae и K. variicola , а эталонную последовательность K. oxytoca CAV1374 (инвентарный номер GenBank NZ_9.0123 NZ_CP01116) oxytoca (Гуревич и др., 2013). Идентификацию видов проводили путем расчета попарной средней нуклеотидной идентичности (ANI) на основе BLAST+ (ANIb) в JSpeciesWS (Richter and Rosselló-Móra, 2009). Эталонные геномы для каждого вида бактерий, проанализированные с использованием ANI, составляли К.pneumoniae HS11286 (инвентарный номер в GenBank NC_016845.1), K.quasipneumoniae subsp. квазипневмонии 01A030 (инвентарный номер GenBank NZ_CCDF01000032.1), К. квазипневмонии subsp. SIMILIPNEUMONIAE 07A044 (номер вступления GenBank NZ_CBZR010000026.1), K. variicola AT-22 (номер вступления в GenBank NC_013850.1), K. Quasivariicola KPN1705 (номер вступления в Генбанк NZ_CP022823.1), K. Oxytoca CAV1335 (инвентарный номер GenBank NZ_CP011618.1), Klebsiella michiganensis M1 (инвентарный номер GenBank NZ_CP008841.1) и Escherichia coli ATCC 25922 (инвентарный номер GenBank NC_000913.3). Считалось, что порог ANI в 96% или выше определяет границы видов, поскольку порог в 96% хорошо коррелирует с гибридизацией ДНК-ДНК (Richter and Rosselló-Móra, 2009; Ciufo et al., 2018).

    Наличие плазмидных репликонов и приобретенных генов устойчивости к антибиотикам, в том числе как хромосомных, так и плазмидных, было обнаружено с помощью бесплатных веб-инструментов, размещенных на веб-сайте Центра геномной эпидемиологии (CGE), включая PlasmidFinder v. 1.3 и ResFinder v.3.0. Инструмент PlasmidFinder использовался с « Enterobacteriaceae » в качестве выбранной базы данных с настройками по умолчанию для порогового идентификатора (95%) и минимальной длины (60%; Carattoli et al., 2014). База данных ResFinder для обнаружения генов приобретенной устойчивости к антибиотикам у Klebsiella spp. включал маркеры для 15 классов антибиотиков (таблица 2) и использовался с настройками по умолчанию для порогового идентификатора (90%) и минимальной длины (60%; Zankari et al., 2012). Наличие генов устойчивости было дополнительно исследовано с использованием коммерческой облачной платформы 1928 (1928 Diagnostics, Швеция).Платформа 1928 поддерживает более полный анализ K. pneumoniae , чем ResFinder, за счет включения маркеров для дополнительных классов антибиотиков ( n = 26, таблица 2). Файлы FASTQ для изолятов, первоначально зарегистрированных как K. pneumoniae с помощью MALDI-TOF MS (DB-4110), были загружены для предполагаемой чувствительности к антибиотикам на основе маркеров устойчивости генотипа (здесь и далее именуемых прогнозируемой чувствительностью к антибиотикам). При загрузке оценивалось среднее покрытие последовательности.Для продолжения анализа требовалось покрытие ≥30. Прочитанные данные были запрошены для идентификации генов из базы данных устойчивости генотипов с использованием метода без сборки, основанного на подсчете k-меров.

    Таблица 2 . Спецификация классов антибиотиков, для которых маркеры резистентности были включены в соответствующую базу данных.

    Анализ мультилокусного типирования последовательностей (MLST) был выполнен с использованием бесплатных веб-инструментов MLST. Для изолятов, генотипически идентифицированных как К.michiganensis , K. oxytoca , K. pneumoniae , K. quadripneumoniae subsp. квазипневмония , К. квазипневмония подвид. similipneumoniae и K. quadricola использовался инструмент MLST v.2.0, размещенный на веб-сайте CGE. Эта схема MLST состоит из аллелей из следующих семи локусов: gapA , infB , mdh , pgi , phoE , rpoB и 4tonB. Выбранная конфигурация MLST для изолятов, идентифицированных как K. pneumoniae , K. quadripneumoniae subsp. квазипневмония , К. квазипневмония подвид. similipneumoniae или K. quadricola был « K. pneumoniae » и « K. oxytoca » для изолятов K. oxytoca и K. michiganensis (). Для одного из изолятов K. oxytoca (KLO411) не удалось определить профиль типа последовательности (ST).Хотя были найдены точные совпадения для всех семи локусов, они не соответствовали ни одному известному профилю ST, а данные последовательности не соответствовали требованиям качества на веб-сайте PubMLST для назначения нового профиля ST. Для изолятов, генотипически идентифицированных как K. variicola , MLST был выполнен с использованием онлайн-сервиса «MLST K. variicola », размещенного Instituto Nacional de Salud Pública. Эта схема MLST состоит из аллелей со следующих семи Loci: Leus , PGI , PGK , PHOE , Pyrg , RPOB и FUSA (Barrios-Camacho et al. , 2019). Для одного из изолятов K. variicola (KLP1399) не удалось определить профиль ST, поскольку нуклеотидная последовательность гена phoE была неполной.

    Секвенирование на основе нанопор и анализ данных длительного считывания

    В качестве пилотного проверочного исследования 12 из Klebsiella spp. изоляты также подвергали секвенированию на основе нанопор с использованием прибора MinION (Oxford Nanopore Technology, Великобритания). Количество включаемых изолятов устанавливалось по количеству образцов, которые можно было секвенировать одновременно на устройстве MinION.Шесть изолятов были отобраны на основании высокого качества существующих данных краткого считывания Illumina. Остальные шесть изолятов были выбраны из-за противоречивых результатов идентификации видов с помощью MALDI-TOF MS (DB-4110) по сравнению с генотипическим анализом данных краткого считывания Illumina. Идентификация видов с помощью MALDI-TOF MS была повторно проанализирована для этих 12 изолятов в 2019 г. с использованием базы данных микроорганизмов Bruker MBT Compass Library DB-7854 (Bruker Daltonics, Германия), выпущенной в апреле 2018 г.

    Для выделения бактериальной ДНК для нанопорового секвенирования использовали QIAGEN Genomic-tip 20/G 20/G (QIAGEN, Германия) согласно инструкции производителя.Затем очищенную ДНК готовили для секвенирования в нанопорах с использованием набора Rapid Barcoding Kit SQK-RBK004 (Oxford Nanopore Technologies, Великобритания) в соответствии с протоколом производителя. Секвенирование проводили на проточных ячейках MinION (R.1.9 FLO-MIN-106, Oxford Nanopore Technologies, Великобритания), а данные собирали с помощью программного обеспечения MinKNOW v2.0. Автоматизированный анализ файлов FASTQ был выполнен с помощью облачной платформы EPI2ME (Oxford Nanopore Technologies, Великобритания) с использованием What’s-In-My-Pot (WIMP), центрифужной системы для идентификации видов и приложения для картирования устойчивости к противомикробным препаратам ( ARMA) для обнаружения генов устойчивости к антибиотикам.

    Статистический анализ

    Статистический анализ выполнен с использованием R v.4.0.3 (R Foundation for Statistical Computing, Австрия). Все тесты были двусторонними, и p < 0,05 считались статистически значимыми. Пуассоновский и квазипуассоновский регрессионный анализ выполняли для сравнения данных подсчета, а корректировку значений p для множественных сравнений проводили с использованием метода Холма. Тест на дисперсию проводился с использованием пакета R AER v.1.2-9.Соответствие между обычными микробиологическими методами и инструментами биоинформатического анализа было проверено с помощью статистики каппа Коэна для согласия между экспертами с использованием пороговых значений для значения каппа, как описано в другом месте (Landis and Koch, 1977). Значения каппа были рассчитаны с использованием пакета R irr v.0.84.1. Для построения 95% CI для значений каппа использовался базовый метод начальной загрузки в пакете R boot v.1.3-24. Количество загрузок было 1000. Для построения 95% ДИ для долей согласия между методами использовался метод Агрести-Коулла (Agresti and Coull, 1998).Рисунки были построены с использованием R v.4.0.3 (R Foundation for Statistical Computing, Австрия) и R-пакетов визуализации данных ggplot2 v.3.2.1 и ggsci v.2.9.

    Результаты

    Неверная идентификация

    Klebsiella spp. по MALDI-TOF MS

    Во время проспективного исследования сепсиса видовая идентификация методом MALDI-TOF MS (DB-4110) выполнялась для всех собранных бактериальных изолятов в рамках обычной клинической практики. В общей сложности 105 бактериальных изолятов были идентифицированы как Klebsiella spp., из которых 82 изолята были идентифицированы как K. pneumoniae , два изолята как K. variicola и 21 изолят как K. oxytoca (рис. 1). В связи с предыдущими отчетами, указывающими на неспособность обычных микробиологических лабораторных методов дифференцировать Klebsiella spp. (Long et al., 2017a; Rodríguez-Medina et al. , 2019), генотипическую видовую идентификацию собранных изолятов проводили путем расчета попарного ANI на собранных данных краткого считывания Illumina по сравнению с эталонными геномами.Из 82 изолятов, первоначально зарегистрированных как K. pneumoniae , виды были скорректированы на 32 (39,0%, 95% ДИ 29,2–49,9) на основании результатов генотипической идентификации видов. Из них 23 были генотипически идентифицированы как K. variicola , 5 как K.quasipneumoniae subsp. квазипневмонии , три как К. квазипневмонии подвид. similipneumoniae и один как K. quadricola . Для обоих изолятов первоначально сообщалось как K.variicola с помощью MALDI-TOF MS (DB-4110), генотипическая идентификация вида совпала. Из 21 изолята, первоначально зарегистрированного как K. oxytoca , 16 были генотипически идентифицированы как K. oxytoca , четыре — как K. michiganensis и один — как E. coli . Изолят, идентифицированный как E. coli , был исключен из дальнейшего анализа, поскольку текущее исследование сосредоточено на Klebsiella spp. Идентификация видов с помощью MALDI-TOF MS (DB-4110) и ANI была противоречивой для 37.1% (37/105, 95% ДИ 26,8–44,8) изолятов (каппа Коэна = 0,41, 95% ДИ 0,28–0,54).

    Рисунок 1 . Обзор результатов видовой идентификации. Во время проспективного исследования сепсиса идентификация видов с помощью MALDI-TOF MS (DB-4110) выполнялась для всех собранных бактериальных изолятов в рамках обычной клинической практики. Все изоляты, первоначально идентифицированные как Klebsiella spp. ( n = 105) подвергали полногеномному секвенированию (WGS).Идентификацию генотипических видов проводили путем расчета парного ANI на собранных данных краткого считывания Illumina по отношению к эталонным геномам. Идентификация видов с помощью MALDI-TOF MS (DB-4110) и ANI согласована (сплошные линии) для 68 изолятов, тогда как виды были скорректированы на основе результатов ANI (пунктирные линии) для остальных 37 изолятов. ANI, средняя идентичность нуклеотидов; км, К. michiganensis ; Ко, К. oxytoca ; Kpn, К. pneumoniae ; Ккк, К.квазипневмония subsp. квазипневмония ; Kqs, К. квазипневмония подвид. подобная пневмония ; и Kqv, , K. quadricola , Kv , K. variicola .

    Прогноз генотипической чувствительности к антибиотикам

    Инструмент ResFinder использовался на всех Klebsiella spp. изоляты для выявления наличия генов приобретенной устойчивости к антибиотикам. ResFinder обнаружил по крайней мере один ген устойчивости к бета-лактамам во всех штаммах Klebsiella spp.изолятов ( n = 104, рис. 2). Второй наиболее часто прогнозируемой резистентностью была устойчивость к фосфомицину ( n = 84), за которым следовал хинолон ( n = 82). Для K. pneumoniae прогнозируется, что все изоляты будут устойчивы как к β-лактаму, так и к фосфомицину, и 94,0% (47/50) к хинолону. Аналогичный профиль устойчивости наблюдался для K. quadripneumoniae subsp. квазипневмония , К. квазипневмония подвид. similipneumoniae , К.variicola и K. Quasivariicola , причем 100,0% изолятов, по прогнозам, будут устойчивы к β-лактаму, хинолону и фосфомицину. Для K. oxytoca и K. michiganensis наиболее часто прогнозируемая резистентность была к β-лактамным антибиотикам (100,0%, рис. 2). Кроме того, среди изолятов K. oxytoca и K. michiganensis было обнаружено довольно мало маркеров устойчивости. Сравнение числа генов устойчивости показало, что у К выявлено значительно меньшее количество генов устойчивости.oxytoca по сравнению с K. pneumoniae и K. variicola (оба значения p <0,001, рис. 3А). Четыре гена устойчивости были обнаружены с помощью ResFinder в одном изоляте K. quadricola , не включенном в статистическое сравнение. Никаких существенных различий в количестве обнаруженных генов устойчивости между типами образцов не наблюдалось (все значения p > 0,05, рис. 3В). Семь генов устойчивости были обнаружены ResFinder в единственном изоляте, собранном из раны, не включенном в статистическое сравнение.

    Рисунок 2 . Процент изолятов на вид, несущих по крайней мере один маркер устойчивости по крайней мере к одному агенту, включенному в текущий класс антибиотиков, согласно прогнозу ResFinder. По крайней мере, один ген, придающий устойчивость к β-лактамным антибиотикам, был предсказан для всех изолятов Klebsiella , и по крайней мере один ген устойчивости к хинолонам был предсказан для всех K. variicola , K. quadriicola subsp. квазипневмонии и К.квазипневмония subsp. подобная пневмония . Для единственного изолята K. quadricola была предсказана устойчивость к бета-лактаму, фосфомицину и хинолону, данные не включены в рисунок. км, К. michiganensis ; Ко, К. oxytoca ; Kpn, К. pneumoniae ; Kqq, К. квазипневмония подвид. квазипневмония ; Kqs, К. квазипневмония подвид. аналог ; и Kv К. variicola .

    Рисунок 3 . (A) Распределение количества генов устойчивости, предсказанное ResFinder, по видам. Размер выборки для каждого вида составил K. oxytoca ( n = 16), K. michiganensis ( n = 4), K. pneumoniae ( n = 50), K. pneumoniae ( n = 50), K. подвид. квазипневмонии ( n = 5), К. квазипневмонии подвид. similipneumoniae ( n = 3), K. variicola ( n = 25) и K.квазиварикола ( n = 1). Значимые различия в количестве прогнозируемых маркеров резистентности наблюдались между K. pneumoniae и K. oxytoca ( p < 0,001), а также между K. oxytoca и K. variicola ( p < 1). ) с использованием попарной квазипуассоновской регрессии с последующей корректировкой полученных p -значений по методу Холма. Для единственного изолята K. quadricola была предсказана устойчивость к бета-лактаму, фосфомицину и хинолону, данные не включены в рисунок. (B) Распределение количества генов устойчивости, предсказанное ResFinder, по типам образцов. Размер выборки для каждого типа пробы: кровь ( n = 29), моча ( n = 70) и носоглотка ( n = 4). С помощью попарной регрессии Пуассона не было обнаружено существенных различий между любыми типами выборок (все значения p > 0,05). км, К. michiganensis ; Ko, К. oxytoca , Kpn, К. pneumoniae ; Ккк, К.квазипневмония subsp. квазипневмония ; Kqs, К. квазипневмония подвид. подобная пневмония ; кв, К. variicola ; и НП, носоглотка.

    Для определения соответствия между фенотипической и генотипической резистентностью на коротких ридах Illumina сравнивали результаты фенотипической AST и ResFinder (таблица 3). В 65,8% (231/351, 95% ДИ 60,7–70,6) случаев фенотипическая АСТ и чувствительность к антибиотикам, предсказанные ResFinder, совпадали (каппа Коэна = 0. 35, 95% ДИ 0,27–0,43). Не все изоляты тестировались на все антибиотики в клинической практике (таблица 1), поэтому количество фенотипических результатов для каждого антибиотика варьировалось и было меньше, чем количество генотипов резистентности, предсказанное ResFinder.

    Таблица 3 . Сравнение фенотипической АСТ и прогнозируемой чувствительности к антибиотикам с помощью ResFinder.

    Результаты ResFinder также сравнивались с прогнозируемой чувствительностью к антибиотикам с использованием платформы 1928 для 82 изолятов, идентифицированных как K.pneumoniae с помощью MALDI-TOF MS (DB-4110). Следует отметить, что 1928 предоставил информацию о резистентности к β-лактамам, разделенной на три подкласса: β-лактамы, β-лактамы широкого спектра и β-лактамы расширенного спектра (БЛРС), тогда как на выходе ResFinder был только β-лактам, таким образом охватывает все три подкласса. Для обеспечения объективного сравнения выходные данные за 1928 г. были объединены в одну группу бета-лактамов, охватывающую маркеры резистентности, обнаруженные во всех трех подклассах. Соглашение между 1928 и ResFinder было 100.0% для всех антибиотиков, кроме фосфомицина, где в 1928 г. был обнаружен маркер устойчивости fosA в двух изолятах, которые были предсказаны ResFinder как чувствительные (таблица 4). В целом, 99,7% прогнозируемых значений чувствительности к антибиотикам были идентичны между ResFinder и 1928, демонстрируя высокую общую согласованность (каппа Коэна = 0,99, 95% ДИ 0,99–1,00).

    Таблица 4 . Сравнение прогнозируемой чувствительности к антибиотикам ResFinder и 1928 для 82 изолятов, первоначально зарегистрированных как K.pneumoniae с помощью времяпролетной масс-спектрометрии с лазерной десорбцией на матрице (MALDI-TOF MS; DB-4110).

    Прогнозируемая к 1928 г. чувствительность к антибиотикам также сравнивалась с фенотипами резистентности (табл. 5). В 61,6% (173/281, 95% ДИ 55,8–67,1%) случаев фенотип устойчивости и прогнозируемая к 1928 г. чувствительность к антибиотикам совпадали (каппа Коэна = 0,30, 95% ДИ 0,22–0,38). В 15 изолятах, все генотипически идентифицированные как K. pneumoniae , ген устойчивости к БЛРС был обнаружен с помощью платформы 1928 (10 bla SHV-1 , 3 bla SHV-27 и 11 3 2 bla 90). ШВ-41 ), из чего следует, что 30.0% (15/50, 95% ДИ 19,1–43,9) из изолятов K. pneumoniae в этом исследовании генотипически предсказуемо являются БЛРС.

    Таблица 5 . Сравнение фенотипической АСТ и прогнозируемой чувствительности к антибиотикам к 1928 г.

    Определяя генотипически МЛУ как обнаружение по крайней мере одного гена резистентности по крайней мере к трем классам антибиотиков, включенным в ResFinder (таблица 4), в общей сложности 94,0% (79/84) изолятов в пределах K. pneumoniae комплекс был предсказан как генотипически МЛУ.В частности, высокие проценты МЛУ наблюдались у K. pneumoniae (47/50, 94,0%), K. variicola (24/25, 96,0%), K.quaspinepneumoniae subsp. квазипневмонии (4/5, 80,0%) и К. квазипневмонии подвид. similipneumoniae (3/3, 100,0%), но не K. oxytoca (3/16, 18,8%) и K. michiganensis (0/4, 0,0%). Единственный изолят K. quadricola также оказался МЛУ. Все MDR К.pneumoniae , K. variicola , K. Quasipneumoniae subsp. квазипневмонии и К. квазипневмонии подвид. изолята similipneumoniae содержали комбинацию детерминант устойчивости к бета-лактаму, фосфомицину и хинолонам.

    Большое разнообразие типов последовательностей

    Для дальнейшей характеристики Klebsiella spp. использовали метод типирования MLST. изолятов, основанных на различиях последовательностей в семи генах домашнего хозяйства.Среди Klebsiella spp. обнаружено высокое разнообразие ЗТ. изолирует. Для K. oxytoca было обнаружено 10 различных ST, причем ST176 был наиболее распространенным (4/16, 25,0%; рис. 4A), тогда как отдельный ST был определен для каждого из четырех изолятов K. michiganensis (ST85). , ST194, ST231 и ST356). Тридцать пять различных ST были идентифицированы для K. pneumoniae , причем ST14 (5/50, 10,0%; рисунок 4B) и ST5429 были наиболее распространенными (5/50, 10.0%; Рисунок 4Б). Для трех K. quadripneumoniae subsp. similipneumoniae изолята, два из которых были идентифицированы как ST1647 и один как ST4768. Для пяти K. quadripneumoniae subsp. квазипневмонии изолята, два из которых были идентифицированы как ST5443, и по одному ST1887, ST4630 и ST5444. Было определено, что единственный изолят K. quadricola представляет собой ST3497. Для K. variicola было идентифицировано 17 различных ST, из которых ST146 наиболее распространен (3/25, 12.0%; Рисунок 4С).

    Рисунок 4 . Распределение типов последовательностей (ST) для трех основных групп Klebsiella spp. в текущем исследовании. (А) К. окситока . «Другие ST» включают по одному изоляту из ST36, ST37, ST201, ST288, ST357, ST358 и ST359. «ND» относится к одному изоляту, для которого не удалось определить профиль ST. (В) К. пневмонии . «Другие ST» включают по одному изоляту из ST11, ST20, ST30, ST37, ST39, ST187, ST215, ST220, ST294, ST309, ST381, ST485, ST462, ST678, ST685, ST788, ST870, ST872, ST966, ST1114, ST1948. , ST3370, ST4069, ST4631, ST4725 и ST5442. (C) К. variicola . «Другие ST» включают по одному изоляту из ST149, ST261, ST280, ST281, ST282, ST283, ST284, ST285, ST286, ST287 и ST288. «ND» относится к одному изоляту, для которого не удалось определить профиль ST. MLST, мультилокусное типирование последовательности; НО, не определено; и тип последовательности ST.

    Плазмидные репликоны

    Всего с помощью PlasmidFinder было обнаружено 16 различных типов плазмидных репликонов (рис. 5). Наиболее распространенными предсказанными типами плазмидных репликонов были IncFIB, из которых 60 были обнаружены в 47 изолятах, и IncFII, из которых 47 были обнаружены в 40 изолятах.Было обнаружено, что три изолята (KLO1516 K. oxytoca , KLP307 K. variicola и KLP1815 K. pneumoniae ) содержат пять плазмидных репликонов. Эти изоляты были собраны из раны, носоглотки и крови соответственно. Кроме того, было обнаружено, что три изолята (KLP139 K. pneumoniae , KLP188 K. pneumoniae и KLP189 K. variicola ), собранные из мочи, имеют четыре плазмидных репликона. Количество плазмидных репликонов сравнивали между генотипическими видами и типами образцов.Между видами не наблюдалось существенных различий в количестве плазмидных репликонов (рис. 6А). Сравнение числа плазмидных репликонов между изолятами из разных типов образцов выполняли для всех типов образцов, но из-за слишком малого количества собранных изолятов ( n = 1). Значительно большее количество плазмидных репликонов было обнаружено в изолятах из носоглотки по сравнению с кровью ( p = 0,01) и мочой ( p = 0,003; рис. 6Б).

    Рисунок 5 .Процент изолятов, содержащих каждый тип репликона плазмиды, согласно прогнозу PlasmidFinder. Всего 142 предсказанных плазмидных репликона были распределены по видам следующим образом: K. michiganensis n = 3, K. oxytocan n = 13, K. pneumoniae n = 84, K. quadripneumoniae subsp. квазипневмонии n =3, К. квазипневмонии subsp. similipneumoniae n = 2, K. variicola n = 36 и K. quadricola n = 1.Было предсказано, что единственный изолят K. quadricola содержит плазмидный репликон Col156, данные не включены в рисунок. км, К. michiganensis ; Ко, К. oxytoca ; Kpn, К. pneumoniae ; Kqq, К. квазипневмония подвид. квазипневмония ; Kqs, К. квазипневмония подвид. подобная пневмония ; и Кв, К. variicola .

    Рисунок 6 . (A) Распределение числа плазмидных репликонов, предсказанных PlasmidFinder, по видам.Размер выборки для каждого вида составил K. oxytoca ( n = 16), K. michiganensis ( n = 4), K. pneumoniae ( n = 50), K. pneumoniae ( n = 50), K. подвид. квазипневмонии ( n = 5), К. квазипневмонии подвид. similipneumoniae ( n = 3), K. variicola ( n = 25) и K. Quasivariicola ( n = 1, данные не включены в рисунок).Никаких существенных различий в количестве предсказанных плазмидных репликонов не наблюдалось между любыми видами с использованием попарной регрессии Пуассона (все значения p > 0,05). (B) Распределение числа плазмидных репликонов, предсказанных PlasmidFinder, по типам образцов. Размер выборки для каждого типа пробы: кровь ( n = 29), носоглотка ( n = 4) и моча ( n = 70). Достоверные различия в количестве предсказанных репликонов плазмиды наблюдались между кровью и носоглоткой ( p = 0.01), а между мочой и носоглоткой ( p = 0,003), но не между кровью и мочой ( p = 0,60) с использованием попарной регрессии Пуассона с последующей корректировкой полученных p -значений по методу Холма. км, К. michiganensis ; Ко, К. oxytoca ; Kpn, К. pneumoniae ; Kqq, К. квазипневмония подвид. квазипневмония ; Kqs, К. квазипневмония подвид. подобная пневмония ; кв, к.ветряная оспа ; и НП, носоглотка.

    Секвенирование на основе нанопор

    Для оценки длительных прочтений для микробного профилирования 12 изолятов были секвенированы с использованием устройства MinION, а также повторно проанализированы с использованием обновленной версии базы данных MALDI-TOF MS (DB-7854). Только для шести изолятов идентификация видов с использованием MALDI-TOF MS (DB-7854) совпала с результатами ANI (50,0%, 95% ДИ 25,5–74,5), тогда как идентификация видов с помощью WIMP на данных длительного считывания MinION была по согласованию с ANI для девяти изолятов (75.0%, 95% ДИ 46,0–91,5; Таблица 6). Прогнозируется, что все 12 изолятов будут устойчивы к β-лактамным антибиотикам с ARMA на данных длительного считывания MinION, согласующихся с ResFinder на данных краткого считывания Illumina. Интересно, что все 12 изолятов также были предсказаны как устойчивые к колистину с помощью ARMA, в то время как гены устойчивости к колистину не были обнаружены с помощью ResFinder. В остальном прогнозы ARMA и ResFinder по чувствительности к антибиотикам в целом согласуются друг с другом.

    Таблица 6 . Сравнение идентификации видов с помощью MALDI-TOF MS и генотипической идентификации видов с помощью инструментов биоинформатики.

    Обсуждение

    В этом исследовании мы охарактеризовали коллекцию клинических Klebsiella spp. изолятов с использованием анализа на основе WGS. Идентификацию видов на основе данных краткого считывания Illumina выполняли путем расчета парного ANI относительно эталонных геномов, а результаты сравнивали с результатами, полученными обычными микробиологическими методами. Среди 82 изолятов, идентифицированных как K. pneumoniae с помощью MALDI-TOF MS (DB-4110), целых 32 были генотипически идентифицированы как еще Klebsiella spp.(39,0%, рис. 1) по ANI. Это согласуется с предыдущими исследованиями, в которых сообщалось, что около 30% клинических изолятов, первоначально идентифицированных как K. pneumoniae в клинической практике, позже были идентифицированы как K. variicola или K. Quasipneumoniae на основе генотипической идентификации (Maatallah et al. , 2014; Имаи и др., 2019). Обширная неправильная идентификация видов в комплексе Klebsiella , вероятно, привела к недооценке клинического значения других видов, кроме K.пневмонии . В предыдущем отчете из Стокгольма, Швеция (Maatallah et al., 2014), эти микроорганизмы рассматриваются как возможная малоизвестная причина бактериемии, включая инфекции со смертельным исходом. Что касается способности MALDI-TOF MS различать виды, составляющие комплекс K. pneumoniae , следует отметить, что недавние обновления справочной базы данных Bruker теперь должны позволить идентифицировать K. variicola из K. pneumoniae . но не для остальных членов К.pneumoniae комплекс (Long et al., 2017a; Rodrigues et al., 2018). Наши результаты для 12 изолятов, повторно проанализированных с помощью MALDI-TOF MS с использованием обновленной справочной базы данных (DB-7854), частично подтверждают это, поскольку три из четырех изолятов K. variicola были правильно идентифицированы (таблица 6). В дополнение к ошибочной идентификации членов комплекса K. pneumoniae виды для пяти из 21 изолятов, первоначально зарегистрированных как K. oxytoca с помощью MALDI-TOF MS (DB-4110), были исправлены при использовании ANI на коротком анализаторе Illumina. -чтение данных (рис. 1).Четыре изолята были генотипически идентифицированы как близкородственный K. michiganensis , как сообщалось ранее (Founou et al., 2019; Chapman et al., 2020), а один изолят — как E. coli .

    Ранее сообщалось о корреляции между генами β-лактамаз и видами, когда K. pneumoniae ассоциирован с bla SHV , K. quadripneumoniae с bla OKP , и , bla OKP , bla LEN (Haeggman et al., 2004). Это согласуется с нашими результатами из ResFinder, поскольку все K. variicola , а также изолят K. quadricola содержали ген bla LEN , все K. quadricolae subsp. квазипневмонии и К. квазипневмонии подвид. similipneumoniae имели bla OKP , а все изоляты K. pneumoniae содержали bla SHV . Ранее в качестве потенциальных методов дифференциации между Klebsiella spp.(Фонсека и др., 2017). Однако, хотя существует связь между вышеупомянутыми генами β-лактамазы с хромосомами K. pneumoniae , K. quadripneumoniae и K. variicola , в нескольких исследованиях сообщалось о результатах, противоречащих использованию таких лабораторных данных. разработали методы мультиплексной ПЦР для идентификации видов. Например, ранее было выявлено наличие гена bla SHV на плазмидах у изолятов, принадлежащих ко всем трем видам (Garza-Ramos et al., 2007; Лонг и др., 2017а). Кроме того, имеются сообщения с описанием изолятов K. variicola , у которых не идентифицирован хромосомный ген bla LEN (Long et al., 2017a; Barrios-Camacho et al., 2019).

    Хотя появление штамма K. pneumoniae с высокой лекарственной устойчивостью вызывает особое беспокойство, истинное клиническое значение другого Klebsiella spp. до конца не выяснен из-за неправильной идентификации вида.Это связано с необходимостью изучения распространенности МЛУ на уровне видов. МЛУ обычно определяют как приобретенную нечувствительность по крайней мере к одному агенту из трех или более классов антимикробных агентов из числа тех, которые считаются потенциально эффективными против патогенов дикого типа (Magiorakos et al., 2012). В настоящее время не существует определения генотипически МЛУ; поэтому мы определили его как обнаружение по крайней мере одного гена резистентности по крайней мере в трех классах антибиотиков, включенных в ResFinder (таблица 2).В общей сложности 94,0% изолятов в комплексе K. pneumoniae оказались генотипически МЛУ, тогда как доля изолятов с МЛУ была низкой как в K. oxytoca (18,8%), так и в K. michiganensis (0,0 %). Мы обнаружили значительно меньше генов устойчивости у K. oxytoca по сравнению с K. pneumoniae и K. variicola ( p < 0,001, рис. из р > 0.05, рис. 6А). Наиболее часто предсказываемыми плазмидными репликонами среди всех видов в нашем исследовании были IncFIB (60 плазмидных репликонов в 47 изолятах) и IncFII (47 плазмидных репликонов в 40 изолятах; рисунок 5). Ранее сообщалось, что плазмиды IncFIB и IncFII являются преобладающими плазмидами, обнаруженными в Klebsiella (Cao et al., 2014; Long et al., 2017a).

    Относительно высокое расхождение результатов определения чувствительности к антибиотикам наблюдалось между фенотипическим AST и WGS-AST независимо от используемого инструмента биоинформатики.В основном это связано с меньшим количеством случаев резистентности, наблюдаемых с помощью фенотипической ТЧА, по сравнению с предсказаниями, сделанными ResFinder и 1928 (табл. 3, 5), в том числе при исключении случаев, когда диско-диффузионное тестирование не проводилось. Однако основным ограничением генотипических методов является то, что обнаруженные генетические маркеры не обязательно экспрессируются и транслируются в фенотипическую устойчивость. Таким образом, можно ожидать ложной резистентности для генетических маркеров, которые строго регулируются, таких как помпы оттока или индуцируемые β-лактамазы (Ferreira et al., 2020). Таким образом, высокая частота ложнорезистентных результатов, наблюдаемая, например, для хинолона (таблицы 3, 5), скорее всего, связана с тем, что WGS-AST обнаружил присутствие гена oqxA , кодирующего эффлюксный насос, придающий устойчивость к фторхинолонам. Напротив, несколько случаев были определены как устойчивые с помощью фенотипической AST, но не с помощью ResFinder или 1928. Возможные объяснения этого несоответствия включают возникновение естественной устойчивости, не обнаруживаемой генотипически, или наличие неописанного в настоящее время аллельного варианта, связанного с устойчивостью.

    Неверная идентификация изолятов в комплексе K. pneumoniae привела к размещению ошибочно идентифицированных эталонных штаммов в общедоступных репозиториях, включая общедоступную схему K. pneumoniae MLST. Таким образом, схема MLST для K. pneumoniae ранее применялась для типирования других видов в комплексе K. pneumoniae . Это может ограничить использование MLST в качестве инструмента типирования для молекулярной эпидемиологии Klebsiella spp.и может дополнительно способствовать проблемам неправильной идентификации в комплексе K. pneumoniae (Long et al., 2017a). Следовательно, недавно был разработан MLST K. variicola , позволяющий проводить молекулярно-эпидемиологический анализ изолятов K. variicola путем присвоения ST (Barrios-Camacho et al., 2019).

    Было обнаружено, что изоляты Klebsiella очень разнообразны и включают, например, 35 различных ST для K. pneumoniae , 17 для K.variicola и 10 для K. oxytoca . Более ранние исследования также сообщали о высоком генетическом разнообразии среди клинических Klebsiella spp. изоляты (Wang et al., 2013; Ejaz et al., 2017; Wyres et al., 2020). Например, Wyres et al. (2020) наблюдали большое разнообразие в своем исследовании клинических Klebsiella spp. изоляты в Южной и Юго-Восточной Азии с ST14 (16,0%) и ST231 (17,0%) в качестве доминирующих ST для изолятов K. pneumoniae из мест Южной Азии (Wyres et al., 2020). Наиболее распространенным ST среди изолятов K. pneumoniae в этом исследовании был ST14 (10,0%), который был связан с клональным распространением резистентных K. pneumoniae (Giske et al., 2012; Mshana et al., 2013). ; Moubareck et al., 2018; Wyres et al., 2020).

    Хотя MinION не страдает от систематической ошибки ПЦР (Шагин и др., 2017), как в Illumina, он имеет более высокую долю ошибок из-за низкого качества и проблем с секвенированием гомополимерных областей (Istace et al., 2017). Таким образом, длинные чтения MinION могут обнаруживать устойчивость к противомикробным препаратам, опосредованную приобретенными генами устойчивости, но не обеспечивают достаточную точность для выявления устойчивости из-за точечных хромосомных мутаций (Judge et al., 2016). В нашем исследовании лонгриды MinION выявили аналогичные генотипические данные, например, идентификация видов с помощью WIMP в лонгридах MinION подтвердила результаты, полученные при анализе кратких ридов Illumina, за некоторыми исключениями. Автоматизированный рабочий процесс EPI2ME на лонгридах MinION быстро предоставил клинически значимую информацию (~ 6 ч.) и требует минимального ноу-хау в области биоинформатики, что кажется многообещающим для секвенирования на основе нанопор для будущих приложений в клинической микробиологии.

    Заключение

    Полученные результаты подчеркивают важность геномных методов высокого разрешения для идентификации и характеристики Klebsiella spp. Для 39% изолятов, зарегистрированных как K. pneumoniae с помощью рутинных микробиологических методов, виды были скорректированы на основании результатов идентификации генотипических видов с помощью ANI.При этом среди видов комплекса K. pneumoniae наблюдалась очень высокая распространенность (94%) генотипически МЛУ-изолятов. Эти результаты вместе указывают на недооцененное клиническое значение других членов комплекса K. pneumoniae , чем K. pneumoniae .

    Заявление о доступности данных

    Наборы данных, представленные в этом исследовании, можно найти в онлайн-репозиториях. Названия репозитория/репозиториев и регистрационные номера можно найти по адресу: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/, PRJNA606666.

    Заявление об этике

    Исследование было одобрено Региональным советом по этике Гётеборга (376-11). Поскольку настоящее исследование было сосредоточено только на бактериальных изолятах, выделенных из культур, включенных в рутинный уход за пациентами, индивидуальное письменное согласие не требовалось.

    Вклад авторов

    Концепция и дизайн исследования были разработаны всеми авторами. PS провела биоинформатический анализ краткосрочных данных Illumina.JB выполнил экспериментальную работу и биоинформатический анализ, связанный с данными длительного чтения MinION. AT, HE и MF контролировали PS и JB. DT написал первоначальный черновик рукописи, курировал данные и выполнил последующий анализ последовательности с использованием ANI, MLST и 1928, статистический анализ и визуализацию. Все авторы внесли свой вклад в статью и одобрили представленную версию.

    Финансирование

    Это исследование было поддержано внешними исследовательскими грантами от Шведского фонда знаний (грант BioMine №.206/0330), Stiftelsen Tornspiran и фонд внутренних исследований Unilabs AB.

    Конфликт интересов

    FD работал в компании 1928 Diagnostics. Он работал в компании Unilabs AB.

    Остальные авторы заявляют, что исследование проводилось при отсутствии каких-либо коммерческих или финансовых отношений, которые могли бы быть истолкованы как потенциальный конфликт интересов.

    Сокращения

    ANI, средняя идентичность нуклеотидов; ARMA, приложение для картирования устойчивости к противомикробным препаратам; AST, определение чувствительности к антибиотикам; CGE, Центр геномной эпидемиологии; БЛРС, бета-лактам расширенного спектра действия; EUCAST, Европейский комитет по тестированию чувствительности к противомикробным препаратам; MALDI-TOF MS, времяпролетная масс-спектрометрия с лазерной десорбцией с использованием матрицы; МЛУ, множественная лекарственная устойчивость; MLST, многолокусное типирование последовательности; NCBI, Национальный центр биотехнологической информации; ПЦР, полимеразная цепная реакция; QUAST, инструмент оценки качества сборки генома; Спадес, св.Петербургский ассемблер генома; ST, тип последовательности; WGS, полногеномное секвенирование; WIMP, What-In-My-Pot.

    Сноски

    Каталожные номера

    Агрести, А., и Коул, Б.А. (1998). Приблизительный лучше, чем «точный» для интервальной оценки биномиальных пропорций. утра. Стат. 52, 119–126.

    Академия Google

    Банкевич А., Нурк С., Антипов Д., Гуревич А. А., Дворкин М., Куликов А. С. и др. (2012). SPAdes: новый алгоритм сборки генома и его приложения для секвенирования отдельных клеток. Дж. Вычисл. биол. 19, 455–477. doi: 10.1089/cmb.2012.0021

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Барриос-Камачо Х., Агилар-Вера А., Белтран-Рохель М., Агилар-Вера Э., Дюран-Бедолла Дж., Родригес-Медина Н. и др. (2019). Молекулярная эпидемиология Klebsiella variicola , полученных из разных источников. Науч. Респ. 9, 1–10. doi: 10.1038/s41598-019-46998-9

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Бенгочеа, Дж.А. и Са Пессоа, Дж. (2019). Klebsiella pneumoniae Инфекционная биология: жизнь для противодействия защите хозяина. FEMS микробиол. Ред. 43, 123–144. doi: 10.1093/femsre/fuy043

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Бертелли, К., и Греуб, Г. (2013). Быстрое секвенирование бактериального генома: методы и приложения в клинической микробиологии. клин. микробиол. Заразить. 19, 803–813. дои: 10.1111/1469-0691.12217

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Бялек-Давенет, С., Criscuolo, A., Ailloud, F., Passet, V., Nicolas-Chanoine, M.-H., Decré, D., et al. (2014). Разработка мультиплексной ПЦР для идентификации Klebsiella pneumoniae гипервирулентных клонов капсульного серотипа К2. J. Med. микробиол. 63, 1608–1614. doi: 10.1099/jmm.0.081448-0

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Бреурек С., Мелот Б., Хоэн Б., Пассет В., Шеперс К., Бастиан С. и др. (2016). Абсцесс печени, вызванный внебольничной инфекцией Klebsiella pseudopneumoniae subsp. квазипневмония . Аварийный. Заразить. Дис. 22:529. дои: 10.3201/eid2203.151466

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Брис, С., Пассет, В., и Гримон, П. А. (2014). Описание Klebsiellaquasipneumoniae sp. nov., выделенный от инфекций человека, с двумя подвидами, Klebsiellaquasipneumoniae subsp. квазипневмония subsp. ноябрь и Klebsiellaquasipneumoniae subsp. similipneumoniae подвид.nov., и демонстрация того, что Klebsiella singaporensis является младшим гетеротипическим синонимом Klebsiella variicola . Междунар. Дж. Сист. Эвол. микробиол. 64, 3146–3152. doi: 10.1099/ijs.0.062737-0

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Брис, С., Ван Химберген, Т., Кустерс, К., и Верхуф, Дж. (2004). Разработка метода экспресс-идентификации Klebsiella pneumoniae филогенетических групп и анализ 420 клинических изолятов. клин. микробиол. Заразить. 10, 942–945. doi: 10.1111/j.1469-0691.2004.00973.x

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Брис, С., и Верхуф, Дж. (2001). Филогенетическое разнообразие клинических изолятов Klebsiella pneumoniae и Klebsiella oxytoca выявлено методом случайной амплификации полиморфной ДНК, секвенирования генов gyrA и parC и автоматизированного риботипирования. Междунар. Дж. Сист. Эвол. микробиол. 51, 915–924. дои: 10.1099/00207713-51-3-915

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Цао, X., Сюй X., Чжан З., Шен Х., Чен Дж. и Чжан К. (2014). Молекулярная характеристика клинических изолятов Klebsiella pneumoniae с множественной лекарственной устойчивостью. Энн. клин. микробиол. Антимикроб. 13, 1–5. дои: 10.1186/1476-0711-13-16

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Караттоли, А., Занкари, Э., Гарсия-Фернандес, А., Ларсен, М.В., Лунд, О., Вилла, Л., и др. (2014). Обнаружение и типирование плазмид in silico с использованием PlasmidFinder и мультилокусного типирования последовательности плазмид. Антимикроб. Агенты Чемотер. 58, 3895–3903. doi: 10.1128/AAC.02412-14

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Чепмен, П., Форде, Б.М., Робертс, Л.В., Берг, Х., Веси, Д., Дженнисон, А.В., и соавт. (2020). Геномное исследование выявило загрязненное моющее средство как источник вспышки Klebsiella michiganensis , продуцирующей БЛРС, в неонатальном отделении. Дж. Клин. микробиол. 58, e01980–e01919. doi: 10.1128/JCM.01980-19

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Чен, М., Ли Ю., Ли С., Тан Л., Чжэн Дж. и Ан К. (2016). Геномная идентификация азотфиксирующих Klebsiella variicola , K. pneumoniae и K. quadripneumoniae . J. Basic Microbiol. 56, 78–84. doi: 10.1002/jobm.201500415

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Ciufo, S., Kannan, S., Sharma, S., Badretdin, A., Clark, K., Turner, S., et al. (2018). Использование средней идентичности нуклеотидов для улучшения таксономических отнесений в геномах прокариот в NCBI. Междунар. Дж. Сист. Эвол. микробиол. 68:2386. doi: 10.1099/ijsem.0.002809

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Deurenberg, R.H., Bathoorn, E., Chlebowicz, M.A., Couto, N., Ferdous, M., García-Cobos, S., et al. (2017). Применение секвенирования нового поколения в клинической микробиологии и профилактике инфекций. Дж. Биотехнология. 243, 16–24. doi: 10.1016/j.jbiotec.2016.12.022

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Эджаз, Х., Wang, N., Wilksch, J.J., Page, A.J., Cao, H., Gujaran, S., et al. (2017). Филогенетический анализ Klebsiella pneumoniae от госпитализированных детей, Пакистан. Аварийный. Заразить. Дис. 23:1872. дои: 10.3201/eid2311.170833

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Enroth, H., Retz, K., Andersson, S., Andersson, C., Svensson, K., Ljungstrom, L., et al. (2019). Оценка QuickFISH и maldi Sepsityper для выявления бактерий при инфекциях кровотока. Заразить. Дис. 51, 249–258. дои: 10.1080/23744235.2018.1554258

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Феррейра И., Бейскен С., Люфтингер Л., Вейнмайер Т., Кляйн М., Бахер Дж. и соавт. (2020). Идентификация видов и прогнозирование устойчивости к антибиотикам путем анализа данных последовательности всего генома с использованием ARESdb: анализ изолятов из исследования инфекции нижних дыхательных путей Unyvero. Дж. Клин. микробиол. 58, e00273–e00220.doi: 10.1128/JCM.00273-20

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Фонсека, Э. Л., Да Вейга Рамос, Н., Андраде, Б. Г. Н., Мораис, Л. Л., Марин, М. Ф. А., и Висенте, А. С. П. (2017). Одноэтапная мультиплексная ПЦР для идентификации Klebsiella pneumoniae , Klebsiella variicola и Klebsiella quadripneumoniae в клинической практике. Диагн. микробиол. Заразить. Дис. 87, 315–317. doi: 10.1016/j.diagmicrobio.2017.01.005

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Founou, R.C., Founou, L.L., Allam, M., Ismail, A., и Essack, S.Y. (2019). Геномная характеристика Klebsiella michiganensis , совместно продуцирующих карбапенемазы OXA-181 и NDM-1, выделенных от онкологического больного в районе Умгунгундлову, провинция Квазулу-Натал, Южная Африка. Южная Африка Мед. Дж. 109, 7–8. doi: 10.7196/SAMJ.2018.v109i1.13696

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Гарса-Рамос, У., Мартинес-Ромеро, Э., и Сильва-Санчес, Дж. (2007). SHV-тип β-лактамазы расширенного спектра действия (ESBL) кодируется родственными плазмидами из клинических изолятов энтеробактерий из Мексики. Salud Publica Mex. 49, 415–421. дои: 10.1590/S0036-36342007000600008

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Гарса-Рамос, У., Сильва-Санчес, Дж., Мартинес-Ромеро, Э., Тиноко, П., Пина-Гонсалес, М., Барриос, Х., и др. (2015). Разработка зондовой системы мультиплексной ПЦР для надлежащей идентификации Klebsiella variicola . ВМС микробиол. 15, 1–4. doi: 10.1186/s12866-015-0396-6

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Giske, C.G., Fröding, I., Hasan, C.M., Turlej-Rogacka, A., Toleman, M., Livermore, D., et al. (2012). Различные типы последовательностей Klebsiella pneumoniae способствуют распространению blaNDM-1 в Индии, Швеции и Великобритании. Антимикроб. Агенты Чемотер. 56, 2735–2738. doi: 10.1128/AAC.06142-11

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Гуревич А., Савельев В., Вяххи Н. и Теслер Г. (2013). QUAST: инструмент оценки качества сборки генома. Биоинформатика 29, 1072–1075. doi: 10.1093/биоинформатика/btt086

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Haeggman, S., Löfdahl, S., Paauw, A., Verhoef, J., и Brisse, S. (2004). Разнообразие и эволюция хромосомного гена бета-лактамазы класса А у Klebsiella pneumoniae . Антимикроб. Агенты Чемотер. 48, 24:00–24:08.doi: 10.1128/AAC.48.7.2400-2408.2004

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Heinz, E., Ejaz, H., Scott, J.B., Wang, N., Gujaran, S., Pickard, D., et al. (2019). Механизмы резистентности и структура популяции высокорезистентной к лекарственным препаратам Klebsiella в Пакистане во время внедрения карбапенемазы NDM-1. Науч. Респ. 9, 1–13. doi: 10.1038/s41598-019-38943-7

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Холт, К.E., Wertheim, H., Zadoks, R.N., Baker, S., Whitehouse, C.A., Dance, D., et al. (2015). Геномный анализ разнообразия, структуры популяции, вирулентности и устойчивости к противомикробным препаратам у Klebsiella pneumoniae , серьезной угрозы для здоровья населения. Проц. Натл. акад. науч. США 112, E3574–E3581. doi: 10.1073/pnas.1501049112

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Имаи К., Исибаси Н., Кодана М., Тарумото Н., Сакаи Дж., Кавамура Т., и другие. (2019). Клинические характеристики инфекций кровотока, вызванных Klebsiella pneumoniae , Klebsiella variicola и Klebsiella quadripneumoniae : сравнительное исследование, Япония, 2014–2017 гг. BMC Заражение. Дис. 19, 1–10. doi: 10.1186/s12879-019-4498-x

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Истаче Б., Фридрих А., Д’Агата Л., Фэй С., Пайен Э., Белуч О. и др. (2017). сборка de novo и популяционный геномный анализ природных изолятов дрожжей с помощью секвенатора Oxford Nanopore MinION. Гигасайнс 6:giw018. doi: 10.1093/gigascience/giw018

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Джин, С.-С., Ли, Н.-Ю., Тан, Х.-Дж., Лу, М.-К., Ко, У.-К., и Сюэ, П.-Р. (2018). Инфекции, устойчивые к карбапенемам Enterobacteriaceae: тайваньские аспекты. Перед. микробиол. 9:2888. doi: 10.3389/fmicb.2018.02888

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Джадж К., Хант М., Рейтер С., Трейси А., Quail, M.A., Parkhill, J., et al. (2016). Сравнение программного обеспечения для сборки бактериального генома для данных MinION и его применимости в медицинской микробиологии. Микроб. Геном. 2:e000085. doi: 10.1099/mgen.0.000085

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Ларсен, М.В., Косентино, С., Расмуссен, С., Фриис, К., Хасман, Х., Марвиг, Р.Л., и соавт. (2012). Мультилокусное типирование последовательностей бактерий с полным геномом. Дж. Клин. микробиол. 50, 1355–1361.doi: 10.1128/JCM.06094-11

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Юнгстрём, Л., Андерссон, Р., и Якобссон, Г. (2019). Случаи развития тяжелого сепсиса, сепсиса сепсиса-3 и бактериемии в Швеции — проспективное популяционное исследование. PLoS One 14:e0225700. doi: 10.1371/journal.pone.0225700

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Юнгстрем Л., Энрот Х., Клаессон Б. Э., Овемир И., Karlsson, J., Froberg, B., et al. (2015). Клиническая оценка коммерческих тестов амплификации нуклеиновых кислот у пациентов с подозрением на сепсис. BMC Заражение. Дис. 15, 1–10. doi: 10.1186/s12879-015-0938-4

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Long, S.W., Linson, S.E., Saavedra, M.O., Cantu, C., Davis, J.J., Brettin, T., et al. (2017а). Полногеномное секвенирование человеческого клинического изолята нового вида Klebsiella quadricola sp.ноябрь Объявление генома. 5, e01057–e01017. doi: 10.1128/genomeA.01057-17

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Long, S.W., Linson, S.E., Saavedra, M.O., Cantu, C., Davis, J.J., Brettin, T., et al. (2017б). Полногеномное секвенирование клинических изолятов Klebsiella pneumoniae выявило неверную идентификацию и неправильное понимание Klebsiella pneumoniae , Klebsiella variicola и Klebsiella quadripneumoniae . Мсфера 2, e00290–e00217. doi: 10.1128/mSphereDirect.00290-17

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Мааталла М., Вейдинг М., Кабир М. Х., Бахруф А., Калин М., Науклер П. и др. (2014). Klebsiella variicola является частой причиной инфекции кровотока в районе Стокгольма и связана с более высокой смертностью по сравнению с K. pneumoniae . PLoS One 9:e113539. doi: 10.1371/journal.pone.0113539

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Маджиоракос, А.П., Сринивасан А., Кэри Р., Кармели Ю., Фалагас М., Гиске С. и соавт. (2012). Бактерии с множественной лекарственной устойчивостью, широкой лекарственной устойчивостью и панлекарственной устойчивостью: предложение международного эксперта по временным стандартным определениям приобретенной устойчивости. клин. микробиол. Заразить. 18, 268–281. doi: 10.1111/j.1469-0691.2011.03570.x

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Мубарек, К.А., Муфтах, С.Ф., Пал, Т., Газави, А., Халат, Д.Х., Наби, А., и другие. (2018). Появление клонов Klebsiella pneumoniae ST14, совместно продуцирующих карбапенемазы OXA-48 и NDM, с высокой степенью резистентности к колистину в Дубае, Объединенные Арабские Эмираты. Междунар. Дж. Антимикроб. Агенты 52, 90–95. doi: 10.1016/j.ijantimicag.2018.03.003

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Мшана С.Э., Хайн Т., Доманн Э., Лямуя Э.Ф., Чакраборти Т. и Имирзалиоглу К. (2013). Преобладание Klebsiella pneumoniae ST14, несущей CTX-M-15, вызывает неонатальный сепсис в Танзании. BMC Заражение. Дис. 13, 1–8. дои: 10.1186/1471-2334-13-466

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Николас, М.Ф., Рамос, П.И.П., Маркес Де Карвалью, Ф., Камарго, Д.Р., Де Фатима Мораис Алвес, К., Лосс Де Мораис, Г., и др. (2018). Сравнительный геномный анализ клинического изолята Klebsiella quadripneumoniae subsp. similipneumoniae , продуцент бета-лактамаз KPC-2 и OKP-B-6, содержащий две плазмиды лекарственной устойчивости из Юго-Восточной Бразилии. Перед. микробиол. 9:220. doi: 10.3389/fmicb.2018.00220

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Петерсен, Л.М., Мартин, И.В., Мошетти, В.Е., Кершоу, К.М., и Цонгалис, Г.Дж. (2019). Секвенирование третьего поколения в клинической лаборатории: изучение преимуществ и проблем секвенирования нанопор. Дж. Клин. микробиол. 58, e01315–e01319. doi: 10.1128/JCM.01315-19

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Рихтер, М.и Росселло-Мора, Р. (2009). Изменение золотого геномного стандарта для определения прокариотических видов. Проц. Натл. акад. науч. США 106, 19126–19131. doi: 10.1073/pnas.02106

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Родригес, К., Пассет, В., Ракотондрасоа, А., и Брис, С. (2018). Идентификация Klebsiella pneumoniae , Klebsiella quadripneumoniae , Klebsiella variicola и родственных филогрупп с помощью MALDI-TOF масс-спектрометрии. Перед. микробиол. 9:3000. doi: 10.3389/fmicb.2018.03000

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Родригес-Медина, Н., Барриос-Камачо, Х., Дюран-Бедолла, Дж., и Гарса-Рамос, У. (2019). Klebsiella variicola : новый патоген для человека. Аварийный. микробы заражают. 8, 973–988. дои: 10.1080/22221751.2019.1634981

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Розенблют, М., Мартинес, Л., Сильва, Дж., и Мартинес-Ромеро, Э. (2004). Klebsiella variicola, новый вид с клиническими и растительными изолятами. Сист. заявл. микробиол. 27, 27–35. дои: 10.1078/0723-2020-00261

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Россен, Дж. В., Фридрих, А., и Моран-Гилад, Дж. (2018). Практические вопросы внедрения полногеномного секвенирования в рутинную диагностическую микробиологию. клин. микробиол. Заразить. 24, 355–360. doi: 10.1016/j.cmi.2017.11.001

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Секи, М., Гото, К., Накамура, С., Акеда, Ю., Йошии, Т., Миягути, С., и др. (2013). Сепсис со смертельным исходом, вызванный необычным видом Klebsiella, который был ошибочно идентифицирован автоматизированной системой идентификации. J. Med. микробиол. 62, 801–803. doi: 10.1099/jmm.0.051334-0

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Шагин Д. А., Шагина И. А., Зарецкий А.Р., Барсова Е.В., Кельмансон И.В., Лукьянов С. и соавт. (2017). Высокопроизводительный анализ для количественного измерения ошибок ПЦР. Науч. Респ. 7, 1–11. doi: 10.1038/s41598-017-02727-8

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Таджини, Ф., и Греуб, Г. (2017). Секвенирование бактериального генома в клинической микробиологии: обзор, ориентированный на патогены. евро. Дж. Клин. микробиол. Заразить. Дис. 36, 2007–2020 гг. doi: 10.1007/s10096-017-3024-6

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Ван, К., Li, B., Tsang, A.K., Yi, Y., Woo, PC, and Liu, C.H. (2013). Генотипический анализ изолятов Klebsiella pneumoniae в пекинской больнице выявил высокое генетическое разнообразие и структуру клональной популяции лекарственно-устойчивых изолятов. PLoS One 8:e57091. doi: 10.1371/journal.pone.0057091

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Wyres, K.L., Nguyen, T.N., Lam, M.M., Judd, L.M., Van Vinh Chau, N., Dance, D.A., et al. (2020). Геномный надзор за гипервирулентностью и множественной лекарственной устойчивостью инвазивных Klebsiella pneumoniae из Южной и Юго-Восточной Азии. Геном Мед. 12, 1–16. doi: 10.1186/s13073-019-0706-y

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Zankari, E., Hasman, H., Cosentino, S., Vestergaard, M., Rasmussen, S., Lund, O., et al. (2012). Выявление генов приобретенной устойчивости к противомикробным препаратам. J. Антимикроб. Чемотер. 67, 2640–2644. doi: 10.1093/jac/dks261

    Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

    Инфекция панрезистентной Klebsiella pneumoniae: отчет о 2 случаях и краткий обзор литературы | Клинические инфекционные болезни

    Аннотация

    Инфекции, вызванные продуцирующим карбапенемазу штаммом Klebsiella pneumoniae , регистрируются все чаще, что ограничивает выбор эффективных противомикробных препаратов, доступных клиницистам.Это привело к более широкому использованию полимиксинов и тигециклина, но устойчивость к этим агентам уже возникает. Мы сообщаем о 2 случаях заражения панрезистентным K. pneumoniae .

    Внутрибольничные инфекции резистентными грамотрицательными микроорганизмами, особенно штаммами Klebsiella pneumoniae , стали серьезной проблемой в то время, когда на горизонте отсутствует многообещающий новый противомикробный препарат [1, 2]. В ответ на распространенность β-лактамаз расширенного спектра увеличилось использование карбапенемов, и вскоре последовала резистентность к карбапенемам.В 2001 г. Йигит и соавт. [3] сообщили о новой бета-лактамазе, названной «карбапенемаза K. pneumoniae » (KPC-1) в Северной Каролине. Вскоре после этого штаммы KPC-продуцирующих видов Klebsiella были зарегистрированы в Нью-Йорке, а затем в северной части штата Нью-Йорк [4-6]. Мы сообщаем о 2 случаях заражения высокорезистентным KPC-продуцирующим K. pneumoniae в больнице третичного уровня в Нью-Йорке. Изоляты были устойчивы ко всем протестированным антибиотикам, включая карбапенемы, полимиксин В и тигециклин.Насколько нам известно, ранее не сообщалось о случаях инфекции, вызванной панрезистентным K. pneumoniae в Соединенных Штатах.

    История болезни 1 . В июле 2007 года 70-летняя женщина была госпитализирована с инфекцией мочевыводящих путей. Она находилась в доме престарелых после недавней госпитализации по поводу пневмонии, вызванной KPC-продуцирующей K. pneumoniae , которую лечили тигециклином и полимиксином B. В доме престарелых был установлен постоянный катетер мочевого пузыря.При поступлении в стационар жалуется на дизурию и боли в надлобковой области в течение 2 дней. Анализ мочи выявил нитриты и количество лейкоцитов >100 клеток в поле зрения при большом увеличении. При осмотре отмечалась температура 37,4°С, болезненность в надлобковой области. Культура мочи показала> 100 000 колониеобразующих единиц (КОЕ) на мл высокорезистентного штамма K. pneumoniae , продуцирующего КПК. Минимальная ингибирующая концентрация (МИК) составляла 4 мкг/мл для тигециклина и 96 мкг/мл для полимиксина В.Катетер пациентке удалили, и она начала лечение тигециклином и рифампином. У нее появилась сыпь, и рифампин был прекращен. Результаты ее анализа мочи остались без изменений, а посев мочи снова показал присутствие >100 000 КОЕ/мл K. pneumoniae , МПК для тигециклина теперь составляла >8 мкг/мл. Через 10 дней лечения тигециклин был отменен, и больная выписана домой с сохраняющейся дизурией. Впоследствии у нее было спонтанное исчезновение симптомов, хотя последний доступный образец мочи, полученный более чем через год, продолжал показывать >100 000 КОЕ/мл панрезистентного К.пневмонии .

    История болезни 2 . В марте 2008 года 67-летний мужчина перенес операцию Уиппла в другой больнице. После операции у него развился абсцесс печени. Enterobacter cloacae и K. pneumoniae выращены из культур образцов из абсцесса печени. Оба микроорганизма были устойчивы к карбапенему, но чувствительны к полимиксину В и тигециклину. Ему было назначено лечение тигециклином и эмпирическое лечение даптомицином и каспофунгином.Послеоперационный период у больного был затяжным и осложнился полиорганной дисфункцией.

    В мае 2008 г. пациент был переведен в наше учреждение. В день поступления у больного была лихорадка, температура 38,7°С. Он поступил под действием седативных средств и с искусственной вентиляцией легких через трахеостомию и дренаж брюшной полости. Число лейкоцитов в периферической крови составило 5,6×10 3 клеток/мм 3 (процент нейтрофилов 77,1%), а уровень креатинина сыворотки — 4.2 мг/дл. Посев крови образцов, полученных при поступлении, не показал роста. Компьютерная томография брюшной полости и таза показала большой околопеченочный абсцесс и неоптимальное расположение дренажа. На основании результатов предыдущего посева даптомицин и каспофунгин были исключены из схемы лечения, а к тигециклину был добавлен полимиксин В. Дренаж брюшной полости был заменен, а образцы культуры отправлены в лабораторию.

    На 5-й день госпитализации у пациента сохранялась лихорадка и развилась гипотензия, требующая вазопрессорной поддержки.Культуры образцов из абсцесса печени показали E. cloacae, K. pneumoniae и Enterococcus faecium . Изоляты K. pneumoniae и E. cloacae были идентифицированы как продуценты KPC с помощью тестирования полимеразной цепной реакции (ПЦР). Штамм K. pneumoniae был устойчив ко всем протестированным антибиотикам, включая тигециклин, и имел повышенную МИК для полимиксина В. Штамм E. cloacae был также устойчив, за исключением промежуточного результата для тигециклина (МИК, 4). мкг/мл).Больного доставили в операционную для промывания и санации инфицированного материала.

    В послеоперационном периоде состояние больного продолжало ухудшаться. В культурах крови образцов, собранных на 8-й день госпитализации, вырос штамм K. pneumoniae , продуцирующий KPC, устойчивый ко всем протестированным антибиотикам, кроме полимиксина B (МИК, 0,75 мкг/мл). Суточные гемокультуры продолжали расти K. pneumoniae . На 12-й день госпитализации посев крови показал штаммов K. pneumoniae с МИК для полимиксина B 12 мкг/мл.В течение следующих нескольких дней состояние больного ухудшилось, несмотря на поддерживающую терапию и продолжение лечения тигециклином и полимиксином В. У него развились нарастающий сепсис и шок. На 14-й день госпитализации больной скончался.

    Обсуждение . Инфекция KPC-продуцирующим K. pneumoniae стала широко распространенной в Нью-Йорке. Тем не менее, в Соединенных Штатах не было сообщений о том, что КПК-продуцирует изолятов K. pneumoniae , которые также устойчивы к полимиксину и тигециклину.Имеются опубликованные сообщения о высокоустойчивых изолятах K. pneumoniae в Греции со сниженной чувствительностью к полимиксинам, но эти изоляты не тестировались на устойчивость к тигециклину [7-9]. Мы представляем наш опыт работы с этими двумя пациентами, чтобы заглянуть в будущее потенциально неизлечимых инфекций и выделить некоторые уникальные проблемы при работе с микроорганизмами, продуцирующими KPC.

    Мы назвали эти изоляты «панрезистентными», но, поскольку общепринятого определения этого термина нет, мы представляем данные о чувствительности к противомикробным препаратам для обоих изолятов в таблице 1.Изоляты тестировали с использованием специальной грамотрицательной карты для автоматизированной системы Vitek 2 (bioMérieux), которая включала тигециклин. Их также тестировали на наличие генов bla KPC с помощью ПЦР в реальном времени. Чувствительность к полимиксину В определяли с помощью коммерчески доступного Etest.

    Таблица 1

    Характеристика чувствительности к противомикробным препаратам для изолятов Klebsiella pneumoniae .

    Таблица 1

    Характеристика чувствительности к противомикробным препаратам для изолятов Klebsiella pneumoniae .

    Врачам необходимы точные данные о чувствительности для проведения эффективной терапии. Однако автоматизированные системы определения чувствительности могут быть ненадежными для выявления резистентности к карбапенемам [10, 11]. Обзор нескольких автоматизированных систем показал, что они неправильно маркировали до 87% изолятов K. pneumoniae , продуцирующих карбапенемазу, как чувствительные к имипенему, а также сообщали о различной чувствительности для одного и того же изолята изо дня в день [10]. Устойчивость к эртапенему, по-видимому, является маркером продукции карбапенемаз при использовании автоматизированных методов тестирования [10, 11].У нашего второго пациента автоматизированное тестирование показало, что МИК для имипенема составляет ⩽1 мкг/мл, но МИК для эртапенема была повышена. Для подтверждения наличия генов KPC использовали ПЦР-тестирование. ПЦР-тестирование генов bla KPC может быть полезным методом подтверждения устойчивости к карбапенему в Соединенных Штатах, где металло-β-лактамазы не являются распространенным механизмом устойчивости. Если ресурсы ограничены, можно использовать повышенную МИК для эртапенема в качестве метода скрининга, чтобы определить, какие изоляты нуждаются в дальнейшем тестировании [10, 11].Метод фенотипического тестирования, такой как анализ инактивации карбапенемов (тест Ходжа), также может быть надежным методом выявления микроорганизмов, продуцирующих карбапенемы, в лабораториях, не оборудованных для проведения ПЦР [10]. Клиницисты должны быть осведомлены о методах тестирования в своем учреждении и их возможных ограничениях.

    В настоящее время возможности лечения высокорезистентных микроорганизмов, продуцирующих карбапенемазы, ограничены. Полимиксин В и тигециклин, по-видимому, обладают надежной эффективностью, хотя в этом отчете предполагается, что к ним возникает резистентность.

    Определение чувствительности к тигециклину можно легко провести с помощью автоматизированных систем, а грамотрицательные карточки, содержащие тигециклин, имеются в продаже. Тестирование также можно проводить с использованием Etest, который, как было показано, относительно хорошо согласуется с методами микроразведений в бульоне и имеет несколько серьезных ошибок в результатах для K. pneumoniae , хотя были подняты некоторые вопросы относительно надежности тигециклинового Etest для других организмов. [12].

    В настоящее время система Vitek 2 предлагает автоматизированное тестирование на полимиксин E (колистин), но не на полимиксин B.Тем не менее, для полимиксина B доступен Etest. Институт клинических и лабораторных стандартов (CLSI) предоставляет ограниченные рекомендации в отношении полимиксина B, предоставляя отдельным лабораториям право определять соответствующие методы и пороговые значения. В обновлении документа CLSI M100-S18 отмечается, что тестирование чувствительности к полимиксину B для видов Enterobacteriaceae и видов Acinetobacter должно проводиться с использованием методологий MIC [13]. К ним относятся микроразведение бульона или Etest. Имеются опубликованные данные, свидетельствующие о том, что методы дисковой диффузии ненадежны и их следует избегать [14].Однако CLSI не предоставляет пороговых значений МПК для Enterobacteriaceae. Некоторые авторы рекомендуют использовать ⩾4 мкг/мл, что является пороговым значением CLSI для видов Acinetobacter [13, 14].

    Пожалуй, самой серьезной проблемой в борьбе с резистентными грамотрицательными возбудителями является отсутствие новых антибиотиков. Разумное использование противомикробных препаратов становится все более важным, поскольку мы сталкиваемся с сокращением арсенала эффективных лекарств. Недавний обзор резистентных к полимиксину патогенов показал, что единственным значительным фактором риска резистентности к полимиксину было предшествующее использование полимиксина [15].У обоих наших пациентов развилось прогрессирующее увеличение МИК для полимиксина В во время лечения. Это вызывает беспокойство, поскольку в нашем учреждении неуклонно растет использование полимиксина из-за преобладания устойчивых к карбапенемам грамотрицательных микроорганизмов. Перед лицом устойчивости к полимиксинам и тигециклину нам неизвестны какие-либо эффективные альтернативные методы лечения инфекции, вызванной энтеробактериями, продуцирующими карбапенемазы.

    В развитых странах редко бывает, когда пациент умирает от обширной инфекции, для которой нет терапевтических вариантов.Эти случаи были первым случаем в нашем клиническом опыте, когда мы не могли предложить эффективного лечения. Тенденции в городских больницах часто являются предвестниками будущего. Мы делимся этими случаями, чтобы осветить некоторые тревожные вопросы, которые вскоре могут стать актуальными для растущего числа врачей и пациентов в Соединенных Штатах.

    Благодарности

    Потенциальный конфликт интересов . Все авторы: конфликтов нет.

    Каталожные номера

    1,  ,  ,  ,  ,  .

    Плохие жуки нуждаются в лекарствах: обновленная информация о процессе разработки от Целевой группы по доступности противомикробных препаратов Американского общества инфекционных заболеваний

    42

    (стр.

    657

    657

    68

    ) 2

    NNIS System

    ,

    Национальные носокомиальные инфекции инфекции (NNIS) Системный отчет, сводка данных с января 1992 года по июнь 2004 года, выпущенная октябрь 2004 г.

    ,

    2004

    Atlanta , GA

    Центры по контролю и профилактике заболеваний, Департамент здравоохранения и социальных служб

     3,  ,  , et al.

    Новая карбапенем-гидролизующая β-лактамаза, KPC-1, из резистентного к карбапенемам штамма Klebsiella pneumoniae

    ,

    Противомикробные агенты Chemother

    ,

    2001

    , vol.

    45

     (стр. 

    1151

    61

    )4,  ,  , и др.

    Появление резистентных к карбапенемам видов Klebsiella , обладающих гидролизующими карбапенем класса А KPC-2 и устойчивыми к ингибиторам TEM-30 β-лактамазами, в Нью-Йорке

    ,

    Clin Infect Dis

    ,

    2004

    , vol.

    39

     (стр. 

    55

    60

    )5,  ,  ,  ,  .

    Обнаружение карбапенем-гидролизующих ферментов KPC в Enterobacter spp. из Бруклина, Нью-Йорк

    ,

    Antimicrob Agents Chemother

    ,

    2005

    , vol.

    49

     (стр. 

    776

    8

    )6,  ,  ,  .

    Распространение Klebsiella pneumoniae , продуцирующего карбапенемазы K. pneumoniae , в северную часть штата Нью-Йорк

    ,

    Clin Infect Dis

    ,

    2006

    , vol.

    43

     (стр. 

    e26

    8

    )7,  ,  ,  ,  ,  .

    Исход инфекций, вызванных панрезистентными (PDR) грамотрицательными бактериями

    ,

    BMC Infect Dis

    ,

    2005

    , vol.

    5

    стр.

    24

     8,  ,  , и др.

    Резистентные к колистину изоляты Klebsiella pneumoniae , появляющиеся в отделениях интенсивной терапии: первое сообщение о мультиклональном кластере

    59

     (стр.

    786

    90

    )9,  .

    Панрезистентные грамотрицательные бактерии: заря постантибиотической эры?

    ,

    Int J Antimicrob Agents

    ,

    2007

    , vol.

    29

     (стр. 

    630

    6

    )10,  ,  , и др.

    Устойчивость к карбапенемам у Klebsiella pneumoniae не обнаружена автоматическим тестом на чувствительность

    12

     (стр. 

    1209

    13

    )11,  ,  , и др.

    Оценка методов идентификации карбапенемазы Klebsiella pneumoniae в Enterobacteriaceae

    ,

    J Clin Microbiol

    ,

    2007

    , vol.

    45

     (стр. 

    2723

    5

    )12,  ,  ,  .

    Активность тигециклина in vitro в отношении грамположительных и грамотрицательных патогенов, оцененная с помощью микроразведений в бульоне и Etest

    ,

    J Clin Microbiol

    ,

    2008

    , vol.

    46

    (стр.

    28617 (стр.

    28617 (стр.

    2862

    7

    ) 13

    Институт клинических и лабораторных стандартов

    Стандарты эффективности для антимикробной восприимчивости: 18-я Информационная добавка

    ,

    CLSI Документ M100-S18

    ,

    2008

    Уэйн, PA

    Институт клинических и лабораторных стандартов

    14,  ,  .

    Современная оценка методов тестирования чувствительности к противомикробным препаратам для полимиксина B и колизитина: обзор доступных критериев интерпретации и руководств по контролю качества

    39

     (стр. 

    183

    90

    )15,  ,  , и др.

    Факторы риска, связанные с выделением устойчивых к колистину грамотрицательных бактерий: исследование случай-контроль

    ,

    Crit Care Med

    ,

    2008

    , том.

    36

     (стр. 

    807

    11

    )

    © Американское общество инфекционистов, 2009 г.

    Тенденции резистентности Klebsiella pneumoniae, вызывающей инфекцию мочевыводящих путей

    Введение

    Инфекции мочевыводящих путей (ИМП) являются наиболее частой бактериальной инфекцией в учреждениях первичной медико-санитарной помощи, ежегодно поражающей 150 миллионов человек во всем мире. 1 ИМП – воспалительная реакция, вызванная инвазией патогенных микроорганизмов в мочевыводящие пути, которая в последние годы является распространенной инфекцией среди стационарных больных, а нецелесообразное использование и злоупотребление антибиотиками широкого спектра действия для деколонизации не только приводит к снижение эффективности стандартных методов лечения, но и приводит к возникновению множественной лекарственной устойчивости. 2,3 Моделирующее исследование показало, что во всем мире около 3 миллионов тяжелых инфекций были вызваны устойчивыми к карбапенемам Escherichia coli ( E. coli ) и Klebsiella pneumoniae ( K. pneumoniae ). 4

    Ускоренное появление и эффективное распространение резистентного к карбапенемам K. pneumoniae (CR-KPN) во всем мире стало серьезной проблемой общественного здравоохранения из-за высокого уровня смертности от внутрибольничных инфекций, связанных с оказанием медицинской помощи. 5,6 Приблизительно 60-80% ИМП вызываются E. coli и 3-10% — K. pneumoniae . 7–9 Этот последний является важным патогеном, который вызывает широкий спектр инфекций, таких как пневмония и инфекции кровотока, обычно у новорожденных и пациентов, поступивших в отделения интенсивной терапии. Карбапенемы являются последним средством защиты от K. pneumoniae , продуцирующих β-лактамазы расширенного спектра (БЛРС), и их частое использование привело к образованию и распространению CR-KPN, клинически значимого резистентного к карбапенемам штамма Enterobacteriales (CRE). . 10 После вспышки CR-KPN в больницах Нью-Йорка в начале 2000-х годов этот возбудитель распространился по Соединенным Штатам и всему миру. 11,12 В Китае CR-KPN-инфекции преобладали от 2,9% в 2005 г. до 40% в 2017 г., и их распределение сильно различалось по регионам, с самым низким уровнем на северо-востоке и самым высоким в восточном регионе Китая. 13–15 Здесь мы исследовали тенденции распространения и лекарственной устойчивости K. pneumoniae , вызывающих ИМП, в клинической больнице третичного уровня в период с 2011 по 2019 год, чтобы получить рекомендации по рациональному использованию антибиотиков.

    Материалы и методы

    Сбор данных

    Данные этого ретроспективного исследования были собраны в лаборатории микробиологии Первого аффилированного госпиталя Медицинского университета Чунцина с использованием программного обеспечения WHONET. Штаммы выделяли из культур мочи различных пациентов в обычном порядке в соответствии с лабораторной процедурой больницы, и только первый изолят был включен в наше исследование. Повторяющиеся изоляты, определенные как одни и те же виды бактерий от одного и того же стационарного пациента во время одного и того же пребывания в стационаре, были исключены из анализа.

    Тестирование чувствительности к противомикробным препаратам

    В общей сложности 1543 изолятов K. pneumoniae , выделенных из мочи, были правильно идентифицированы с помощью времяпролетной масс-спектрометрии с лазерной десорбцией/ионизацией с матрицей (MALDI-TOF MS) (bioMérieux, Миссури, Франция) с помощью Vitek- 2 компактная система (bioMérieux, Миссури, Франция) в соответствии с инструкциями производителя. Все изоляты субкультивировали на чашках с кровяным агаром и агаром МакКонки для проверки чистоты и подтверждения вида.Определение чувствительности проводили в соответствии с критериями Института клинических и лабораторных стандартов (CLSI) с использованием автоматизированной компактной системы Vitek-2, а затем на агаре Мюллера-Хинтона методом диффузии на диске Кирби-Бауэра для следующих противомикробных препаратов: азтреонам (30 мкг), меропенем (10 мкг), ципрофлоксацин (5 мкг) и гентамицин (30 мкг). Тест БЛРС был идентифицирован с помощью теста синергизма клавулановой кислоты, который включен в карту AST-GN334 (bioMérieux, Marcy l’Etoile, Франция). 16 Изоляты определялись как CR-KPN, если они были устойчивы к любому из протестированных карбапенемов.Результаты МИК интерпретировали в соответствии с рекомендациями CLSI. 17 Контроль качества проводился при каждом анализе с использованием штаммов Enterobacter hormaechei ATCC 700323 и Escherichia coli ATCC 25922 для обеспечения воспроизводимости процедуры определения чувствительности к антибиотикам.

    Результаты

    Распределение штаммов

    Всего за 9 лет исследований в нашей больнице в Чунцине, Юго-Западный Китай, из мочи было выделено 17 966 штаммов.Пять основных видов среди общего числа идентифицированных изолятов включали E. coli, K. pneumoniae, Enterococcus faecium, Enterococcus faecalis и Pseudomonas aeruginosa . Ежегодное количество выделений K. pneumoniae колебалось от 91 до 205 в течение 9 лет, из них 91 (7,9%) штамм в 2011 г., 137 (6,7%) в 2012 г., 205 (9,2%) в 2013 г., 189 ( 8,4%) в 2014 г., 203 (8,6%) в 2015 г., 177 (8,0%) в 2016 г., 191 (9,3%) в 2017 г., 182 (9,6%) в 2018 г. и 167 (9,5%) в 2019 г. пик в К.pneumoniae в 2018 г., что составляет до 9,6% от общего количества изолятов (рис. 1). Следует отметить, что подавляющее большинство штаммов было выделено от госпитализированных пациентов (данные не показаны).

    Рисунок 1 Распределение штаммов, выделенных из мочи для 9-летнего исследования.

    Сокращения: E. coli, Escherichia coli; K.pneumoniae, Klebsiella pneumoniae; P. aeruginosa, синегнойная палочка; Э.фекальные, Enterococcus faecalis; E. faecium, Enterococcus faecium .

    Характеристики

    K. pneumoniae

    Временные тенденции и изменения показателей продукции БЛРС и устойчивости к карбапенемам, а также уровней устойчивости к противомикробным препаратам изолятов K. К. pneumoniae , продуцирующий БЛРС , уменьшен с 48.с 4% в 2011 г. до 32,9% в 2019 г., но отмечено заметное повышение резистентности к карбапенемам с 2,2 до 18,0%. Пик резистентности к карбапенемам (22,6%) наблюдался в 2017 г. наряду с низкой скоростью продукции БЛРС (30,9%) у K. Pneumoniae . (Рисунок 2)

    Таблица 1 Показатели резистентности (%) мочи K. pneumoniae Изоляты к противомикробным агентам

    Рисунок 2 Показатели ESBL-продуцирующих и устойчивых к карбапенемам -K.pneumoniae с 2011 по 2019 гг. БЛРС-КПН, БЛРС-продуцирующие K. pneumoniae.

    Профили антибиорезистентности

    K. pneumoniae

    Проверенные противомикробные препараты включали хинолоны (ципрофлоксацин и левофлоксацин), сульфаниламиды (котримоксазол), цефалоспорины третьего поколения (цефтазидим и цефтриаксон), цефалоспорины четвертого поколения (цефепим), цефамицины (цефокситин и цефотетан), другие пенициллины (пиперациллин/тазобактам), карбапенемы (эртапенем, имипенем и меропенем), аминогликозиды (гентамицин, амикацин и тобрамицин) и моноциклические β-лактамные антибиотики (азтреонам).Что касается лекарственной чувствительности K. pneumoniae , то на долю продуцентов БЛРС приходилось от 48,4% в 2011 г. до 32,9% в 2019 г. (рис. 2). K. pneumoniae , продуцирующий БЛРС , показал высокую степень устойчивости к антибиотикам, кроме цефокситина, цефотетана, пиперациллина/тазобактама, амикацина и карбапенемов, в то время как CRKP был высоко устойчив ко всем антибиотикам (таблица 2).

    Таблица 2 Показатели резистентности мочи K. pneumoniae Изоляты с различными характеристиками к противомикробным агентам

    Кроме того, уровни резистентности к пиперациллину/тазобактаму и цефепиму увеличились с 4.с 4% до 25,7% и с 18,2% до 30,5% соответственно (табл. 1). Уровень резистентности к карбапенемам и амикацину постепенно рос с 2011 по 2017 год, достигнув своего пика в 2017 году, а затем снижался из года в год. Однако уровни резистентности к цефтазидиму и азтреонаму оставались стабильными, колеблясь между 21,8% и 35,6%, 32,2% и 39,4% соответственно (таблица 1).

    Обсуждение

    Наше исследование подчеркивает снижение уровня обнаружения ESBL-продукции в сочетании с повышением уровня резистентности до K.pneumoniae к карбапенемам. Изоляты K. pneumoniae становятся все более устойчивыми к антибиотикам, и впоследствии их лечение становится еще труднее. 18 В целом мы обнаружили значительное снижение частоты выявления БЛРС K. pneumoniae при ИМП с 2011 по 2019 год. целью обеспечить соблюдение формулярных ограничений и общего потребления антибиотиков в стационаре (>40 установленных суточных доз/100 стационарных дней). 19 Вспышки CR-KPN становятся все более распространенными в Китае, 20,21 , и мы обнаружили растущую распространенность CR-KPN в ИМП с помощью ретроспективного анализа, что согласуется с результатами предыдущих крупных исследований. 13

    Мы обнаружили, что пик обнаружения изолятов CR-KPN у пациентов с ИМП пришелся на 2017 г., что сопровождалось высокими показателями резистентности к карбапенемам и амикацину. В то время как уровни устойчивости к пиперациллину/тазобактаму и цефепиму увеличивались из года в год, уровни устойчивости к цефтазидиму и азтреонаму оставались относительно стабильными.Следует отметить, что CR-KPN был почти устойчив ко всем протестированным антибиотикам. Высокие показатели бактериальной резистентности часто коррелируют с высокими показателями использования антибиотиков и внутрибольничным и межбольничным распространением устойчивых к антибиотикам бактерий. 22 Кроме того, увеличение потребления ингибиторов β-лактамов/β-лактамаз может также увеличить частоту резистентных к карбапенемам Klebsiella spp. 23–25

    K. pneumoniae может вызывать серьезные, опасные для жизни инфекции у людей в эндемичных и эпидемических условиях. 26 Устойчивость к карбапенемам Enterobacteriales в первую очередь связана с различными механизмами, в частности с продукцией карбапенемаз. 10 Карбапенемы являются основным средством защиты от патогенов, продуцирующих БЛРС, чрезмерное использование которых привело к образованию и распространению CR-KPN, который является клинически значимым CRE. Серия молекулярно-эпидемиологических исследований CRE в Китае показала, что вспышки, вызванные K. pneumoniae , продуцирующим KPC-2, в этих регионах были связаны с распространением преобладающего клона ST11, который является вариантом международного клона ST258. 26–30 ST258 тесно связан с продукцией KPC и множественной лекарственной устойчивостью, но он может иметь врожденные черты, ответственные за его высокую скорость передачи, которая является результатом двух различных генетических кладов с горячей точкой для рекомбинации ДНК. 31

    Есть некоторые ограничения этой работы. Это исследование носит ретроспективный характер, поэтому некоторые потенциальные искажающие факторы, такие как продолжительность пребывания, пациенты из разных отделений и время сбора образцов мочи, не могли быть установлены при наблюдении за тенденциями.В то же время продукция БЛРС не выявлялась молекулярно-биологическими методами, поэтому частота выявления может быть ниже из-за влияния продукции карбапенема в изолятах CR-KPN на выявление БЛРС.

    Заключение

    В совокупности наши данные показали, что имел место значительный рост распространенности резистентности к карбапенемам и снижение продукции БЛРС в изолятах K. pneumoniae от пациентов с ИМП в нашей больнице. Необходимы дальнейшая работа и постоянный надзор для продвижения рационального и разумного использования противомикробных препаратов.

    Заявление об обмене данными

    Наборы данных, использованные и проанализированные в ходе текущего исследования, можно получить у соответствующего автора по обоснованному запросу.

    Этическое одобрение

    Образцы были частью обычной лабораторной процедуры в больнице, они не собирались для этого исследования, поэтому экспертный совет учреждения не потребуется.

    Благодарности

    Авторы хотели бы поблагодарить Xiaofei Xi (преподаватель английского языка в Международном учебном центре средней школы при Юго-Западном университете, Чунцин, Китай) за усилия, направленные на то, чтобы сделать язык более точным и более подходящим.

    Вклад авторов

    Все авторы прочитали и одобрили окончательный вариант рукописи. Все авторы внесли значительный вклад в отчетную работу, будь то концепция, дизайн исследования, выполнение, сбор данных, анализ и интерпретация или во всех этих областях; принимал участие в составлении, редактировании или критическом рецензировании статьи; дал окончательное одобрение версии для публикации; согласовали журнал, в который была подана статья; и соглашаетесь нести ответственность за все аспекты работы.

    Финансирование

    Это исследование было поддержано Национальным фондом естественных наук Китая (грант № 82072349) и Программой медицинских исследований Чунцинской комиссии по здравоохранению и планированию семьи (№ 2018MSXM009).

    Раскрытие информации

    Авторы сообщают об отсутствии конфликта интересов в этой работе.

    Каталожные номера

    1. Флорес-Мирелес А.Л., Уокер Дж.Н., Капарон М., Халтгрен С.Дж. Инфекции мочевыводящих путей: эпидемиология, механизмы заражения и варианты лечения. Nat Rev Microbiol . 2015;13(5):269–284. дои: 10.1038/nrmicro3432

    2. Икрам Р., Псутка Р., Картер А., Прист П. Вспышка инфекции мочевыводящих путей Escherichia coli с множественной лекарственной устойчивостью у пожилых людей: исследование факторов риска случай-контроль. BMC Infect Dis . 2015;15:224–230. дои: 10.1186/s12879-015-0974-0

    3. Сунь Д.Д., Хуан С.Ф., Ян С.С., Пу С.Л., Чжан С.М., Чжан Л.П. Влияние гетерорезистентности к карбапенемам среди клинических изолятов инвазивной Escherichia coli в Чунцине, юго-западный Китай. Clin Microbiol Infect . 2015;21(5):469.e1–e10. doi:10.1016/j.cmi.2014.12.013

    4. Темкин Э., Фаллах Н., Альмагор Дж. и соавт. Оценка числа инфекций, вызванных устойчивыми к антибиотикам штаммами Escherichia coli и Klebsiella pneumoniae в 2014 г.: модельное исследование. Ланцет Глоб Здоровье . 2018;6(9):e969–e979. дои: 10.1016/S2214-109X(18)30278-X

    5. Pitout JDD, Nordmann P, Poirel L. Карбапенемазопродуцирующий Klebsiella pneumoniae , ключевой патоген, установленный для глобального доминирования внутрибольничных инфекций. Антимикробные агенты Chemother . 2015;59(10):5873–5884. doi: 10.1128/AAC.01019-15

    6. Davarci I, Senbayrak S, Aksaray S, Kocoglu ME, Kuskucu MA, Samasti M. Молекулярная эпидемиология резистентных к карбапенемам изолятов Klebsiella pneumoniae . Анадолу Клиниджи . 2019;24(1):1–7. doi:10.21673/anadoluklin.423081

    7. Koeijers JJ, Verbon A, Kessels AGH, et al. Инфекции мочевыводящих путей у мужчин общей практики: уропатогены и чувствительность к антибиотикам. Урология . 2010;76(2):336–340. doi:10.1016/j.urology.2010.02.052

    8. Sokhn ES, Salami A, Roz AEI, Salloum L, Bahmad HF, Ghssein G. Чувствительность к противомикробным препаратам и лабораторные профили изолятов Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae и Proteus mirabilis как агентов инфекции мочевыводящих путей в Ливане: путь к лучшей диагностике. Med Sci (Базель) . 2020;8(3):32–42.

    9. Van Driel AA, Notermans DW, Meima A, et al.Антибиотикорезистентность Escherichia coli , выделенная из неосложненных ИМП у пациентов общей практики в течение 10-летнего периода. Eur J Clin Microbiol Infect Dis . 2019;38(11):2151–2158. doi: 10.1007/s10096-019-03655-3

    10. Рави Шанкар П., Баласубраманиум Р. Устойчивость к противомикробным препаратам Всемирной организации здравоохранения: глобальный отчет о эпиднадзоре, 2014 г. (обзор книги). Медицина Австралии J . 2014;7(5):238–239.

    11. Арнольд Р.С., Том К.А., Шарма С., Филлипс М., Кристи Джонсон Дж., Морган Д.Дж.Появление Klebsiella pneumoniae бактерий, продуцирующих карбапенемазы. Южный Мед J . 2011;104(1):40–45. дои: 10.1097/SMJ.0b013e3181fd7d5a

    12. Гу А.Ю., Лимбаго Б.М., Каллен А.Дж. Эпидемиология и профилактика резистентности к карбапенемам Enterobacteriaceae в США. Expert Rev Anti Infect Ther . 2014;12(5):565–580. дои: 10.1586/14787210.2014.

    6

    13. Hu F-P, Guo Y, Zhu DM, et al. Тенденции резистентности среди клинических изолятов в Китае, согласно данным эпиднадзора CHINET за резистентностью бактерий, 2005–2014 гг. Clin Microbiol Infect . 2016; 22 (Приложение 1): S9–S14. doi:10.1016/j.cmi.2016.01.001

    14. Кьюсак Т.П., Эшли Э.А., Линг С.Л. и соавт. Пришло время перейти с CLSI на EUCAST? Перспектива Юго-Восточной Азии. Clin Microbiol Infect . 2019;25(7):782–785. doi:10.1016/j.cmi.2019.03.016

    15. Xu A, Zheng B, Xu Y-C, Huang Z-G, Zhong N-S, Zhuo C. Национальная эпидемиология устойчивых к карбапенемам и широко устойчивых к лекарствам грамотрицательных бактерий, выделенных из образцов крови в Китае в 2013 г. Clin Microbiol Infect . 2016;22(Приложение 1):S1–S8. doi:10.1016/j.cmi.2015.09.015

    16. VITEK ® 2 (AST-N334) [вкладыш]. Марси И’Этуаль, Франция: bioMérieux SA; 2018.

    17. Институт клинических и лабораторных стандартов (CLSI). Стандарты эффективности для тестирования чувствительности к противомикробным препаратам . 29-е изд. Дополнение CLSI M100. Уэйн, Пенсильвания: CLSI; 2019

    18. Хан Ф., Сиддики Н., Султан А., Ризви М., Шукла И., Хан Х.М. Сезонные изменения в Klebsiella pneumoniae инфекции кровотока: пятилетнее исследование. Клин Микробиол . 2016;5(2):247. дои: 10.4172/2327-5073.1000247

    19. Сяо И, Чжан Дж, Чжэн Б, Чжао Л, Ли С, Ли. L. Изменения в политике Китая по содействию рациональному использованию антибиотиков. ПЛОС Мед . 2013;10(11):e1001556. doi:10.1371/journal.pmed.1001556

    20. Wang X, Xu X, Li Z, et al. Вспышка нозокомиального штамма Klebsiella pneumoniae ST147, продуцирующего NDM-1, в клинической больнице в материковом Китае. Устойчивость к микробам . 2014;20(2):144–149.doi:10.1089/mdr.2013.0100

    21. Zhou J, Li G, Ma X, Yang Q, Yi J. Вспышка колонизации Klebsiella pneumoniae , продуцирующей карбапенемазы, в отделении интенсивной терапии новорожденных: исследование, меры контроля и оценка. Am J Инфекционный контроль . 2015;43(10):1122–1124. doi:10.1016/j.ajic.2015.05.038

    22. Agodi A, Barchitta M, Quattrocchi A, et al. Тенденции показателей устойчивости к антибиотикам Klebsiella pneumoniae и Acinetobacter baumannii в отделении интенсивной терапии на юге Италии, 2008–2013 гг. Противомикробное средство для борьбы с инфекциями . 2015; 4:43–49. doi: 10.1186/s13756-015-0087-y

    23. Федерико М.П., ​​Фуртадо Г.Х. Немедленное и последующее воздействие потребления противомикробных препаратов на резистентные к карбапенемам виды Acinetobacter , Pseudomonas aeruginosa и Klebsiella spp. . в клинической больнице в Бразилии: 10-летнее исследование тенденций. Eur J Clin Microbiol Infect Dis . 2018;37(11):2153–2158. doi: 10.1007/s10096-018-3352-1

    24. Кандевир Улу А., Куртаран Б., Инал А.С. и соавт.Факторы риска карбапенем-резистентной инфекции Klebsiella pneumoniae : серьезная угроза в отделениях интенсивной терапии. Med Sci Monit . 2015;21:219–224. дои: 10.12659/MSM.8

    25. Qu X, Wang H, Chen C, et al. Эпиднадзор за резистентной к карбапенемам Klebsiella pneumoniae в больницах Китая — пятилетнее ретроспективное исследование. J Заражение попыток разработчиков . 2019;13(12):1101–1107. doi:10.3855/jidc.11798

    26. Jiang Y, Wei Z, Wang Y, Hua X, Feng Y, Yu Y. Отслеживание госпитальной вспышки KPC-продуцирующего ST11 Klebsiella pneumoniae с помощью полногеномного секвенирования. Clin Microbiol Infect . 2015;21(11):1001–1007. doi:10.1016/j.cmi.2015.07.001

    27. Li H, Zhang J, Liu Y, et al. Молекулярные характеристики Enterobacteriaceae , продуцирующих карбапенемазу, в Китае с 2008 по 2011 год: преобладание фермента KPC-2. Диагностика Microbiol Infect Dis . 2014;78(1):63–65. doi:10.1016/j.diagmicrobio.2013.10.002

    28. Qi Y, Wei Z, Ji S, Du X, Shen P, Yu Y. ST11, доминирующий клон KPC-продуцирующей Klebsiella pneumoniae в Китае. J Антимикроб Химический . 2011;66(2):307–312. дои: 10.1093/jac/dkq431

    29. Zou C, Wei J, Shan B, Chen X, Wang D, Niu S. Активность in vitro цефтазидима-авибактама и азтреонам-авибактама против устойчивых к карбапенемам изолятов Enterobacteriaceae , собранных в трех вторичных больницах на юго-западе Китая. В период с 2018 г. и 2019. Заразить резистентность к наркотикам . 2020;13:3563–3568. doi: 10.2147/IDR.S273989

    30. Wei J, Zou C, Wang D, Huang A, Niu S. Генетическое разнообразие и активность in vitro цефтазидима/авибактама и азтреонама/авибактама против имипенем-резистентных изолятов Enterobacteriaceae на юго-западе Китая: одноцентровое исследование. J Glob Antimicrob Resist . 2020; 22: 448–451. doi:10.1016/j.jgar.2020.04.023

    31. Deleo FR, Chen L, Porcella SF, et al. Молекулярный анализ эволюции карбапенеморезистентной мультилокусной последовательности типа 258 Klebsiella pneumoniae . Proc Natl Acad Sci U S A . 2014;111(13):4988–4993. doi:10.1073/pnas.1321364111

    Характер резистентности и клинические исходы Klebsiella pneumoniae и инвазивной Klebsiella variicola у пациентов с травмами

    Abstract

    Недавняя реклассификация рода Klebsiella с включением Klebsiella variicola и ее связь с бактериемией и смертностью вызвали озабоченность.Мы исследовали Klebsiella spp. инфекции среди пострадавших с боевой травмой, в том числе возникновение инвазивных K . ветряная оспа болезнь. Изоляты Klebsiella , собранные у 51 раненого военнослужащего (2009–2014 гг.) в рамках исследования исходов инфекционных заболеваний после травм, были исследованы с использованием полимеразной цепной реакции (ПЦР) и гель-электрофореза в пульсирующем поле. К . изолятов variicola оценивали на фенотип повышенной слизистой вязкости с помощью теста струны.Пациенты были серьезно ранены, в основном в результате взрывной волны, и все они получали антибиотики до выделения Klebsiella . Изоляты клебсиеллы с множественной лекарственной устойчивостью выявлены у 23 (45%) пациентов; однако при сравнении пациентов с множественной лекарственной устойчивостью Klebsiella и без нее не было выявлено существенных различий. Всего 237 изолятов, первоначально идентифицированных как K . Было проанализировано pneumoniae , из которых 141 клинический изолят был связан с инфекциями (остальные были колонизирующими изолятами, собранными с помощью контрольных мазков из паха).С помощью ПЦР-секвенирования было подтверждено, что 221 (93%) изолят имеет размер K . pneumoniae , 10 (4%) были K . variicola , и 6 (3%) были K . квазипневмония . Пять К . изолятов variicola были связаны с инфекциями. По сравнению с К . pneumoniae , заражающий K . изолятов variicola с большей вероятностью были получены из крови (4/5 по сравнению с 24/134, p = 0,04) и с меньшей вероятностью имели множественную лекарственную устойчивость (0/5 по сравнению с 99/134, p<0.01). № К . изолятов variicola продемонстрировали фенотип повышенной слизистой вязкости. Хотя К . Изоляты variicola часто выделялись из инфекций кровотока, они с меньшей вероятностью обладали множественной лекарственной устойчивостью. Необходима дальнейшая работа для облегчения диагностики K . variicola и выяснить его клиническую значимость в более крупных проспективных исследованиях.

    Образец цитирования: Kiley JL, Mende K, Beckius ML, Kaiser SJ, Carson ML, Lu D, et al.(2021) Характер резистентности и клинические исходы Klebsiella pneumoniae и инвазивной Klebsiella variicola у пациентов с травмами. ПЛОС ОДИН 16(8): e0255636. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0255636

    Редактор: Иддья Карунасагар, Университет Нитте, ИНДИЯ

    Получено: 29 марта 2021 г.; Принято: 20 июля 2021 г .; Опубликовано: 2 августа 2021 г.

    Эта статья находится в открытом доступе, свободна от каких-либо авторских прав и может свободно воспроизводиться, распространяться, передаваться, изменяться, дополняться или иным образом использоваться любым лицом в любых законных целях.Работа доступна в качестве общественного достояния Creative Commons CC0.

    Доступность данных: Все соответствующие данные содержатся в рукописи и файлах вспомогательной информации.

    Финансирование: Поддержка этой работы (IDCRP-024) была предоставлена ​​Программой клинических исследований инфекционных заболеваний (IDCRP), программой Министерства обороны, осуществляемой через Университет унифицированных служб медицинских наук, Департамент профилактической медицины и биостатистики. по соглашению о сотрудничестве с The Henry M.Фонд Джексона по развитию военной медицины, Inc. (HJF). Этот проект финансируется Национальным институтом аллергии и инфекционных заболеваний, Национальным институтом здравоохранения, https://www.niaid.nih.gov/, в соответствии с межведомственным соглашением Y1-AI-5072 с DRT, программой Defense Health. , Министерство обороны США, в соответствии с наградой HU00011

    для DRT, Департамента военно-морского флота в рамках программы помощи раненым, больным и раненым (HU0001-10-1-0014) для DRT и Программы исследований военных инфекционных заболеваний, https://midrp.amedd.army.mil/ (HU0001-15-2-0045) на КМ. Спонсоры не участвовали в разработке исследования, сборе и анализе данных, принятии решения о публикации или подготовке рукописи. Поддержка в виде заработной платы была предоставлена ​​HJF для авторов KM, SJK, MLC и DL; HJF не играл никакой дополнительной роли в дизайне исследования, сборе и анализе данных, принятии решения о публикации или подготовке рукописи. Конкретные роли этих авторов сформулированы в разделе «вклад авторов».

    Конкурирующие интересы: KM, SJK, MLC и DL являются сотрудниками компании Henry M.Фонд Джексона по развитию военной медицины, Inc. (HJF), некоммерческий фонд, уполномоченный Конгрессом поддерживать исследования в Университете медицинских наук для вооруженных сил (USU) и во всей военной медицине. Это не меняет нашей приверженности политике PLOS ONE в отношении обмена данными и материалами. См. Заявление о доступности данных.

    Введение

    Klebsiella pneumoniae признана частой причиной инфекций, связанных с оказанием медицинской помощи, включая инфекции кровотока (BSI), инфекции мочевыводящих путей, вентилятор-ассоциированную пневмонию и инфекции области хирургического вмешательства [1].Среди военнослужащих, получивших боевые ранения в Ираке и Афганистане, тыс. . pneumoniae была одной из наиболее распространенных колонизирующих грамотрицательных бактерий, идентифицированных в культурах паховой области, собранных при поступлении в больницу, при этом примерно 22% изолятов были классифицированы как мультирезистентные (МЛУ) [2,3]. Кроме того, К . pneumoniae был третьим наиболее часто идентифицируемым изолятом от раненых воинов с МЛУ-инфекцией грамотрицательными бациллами [4].

    Переклассификация рода Klebsiella и описание новых видов Klebsiella подняли вопросы относительно видоспецифичной вирулентности [5–9]. Некоторые темы возникли в результате ранних исследований, проведенных после этой переклассификации. В частности, существует связь между Klebsiella variicola и инфекциями, связанными с оказанием медицинской помощи, с потенциальным ухудшением исходов и более инвазивным заболеванием (например, бактериемией) по сравнению с K . pneumoniae [5–10]. Однако большинство современных клинических лабораторий ошибочно идентифицируют K . ветряная оспа как K . pneumoniae , и только недавно были описаны методы полимеразной цепной реакции (ПЦР) и масс-спектрометрии для идентификации [11–13]. Таким образом, эпидемиология, клинические проявления и характер вирулентности K . variicola остаются спорными.

    С важностью K . variicola в качестве нового патогена, мы оценили инфекций, вызванных Klebsiella , у пациентов, перенесших травму на поле боя [8].В частности, мы изучили эпидемиологию и модели резистентности Klebsiella spp. инфекций, выявили предыдущие неверные классификации видов Klebsiella и оценили распространенность и заболеваемость инвазивными K . натуральной оспы в этой популяции.

    Материалы и методы

    Исследуемая популяция и определения

    Данные были собраны в рамках исследования исходов инфекционных заболеваний после травм (TIDOS), которое представляет собой ретроспективное обсервационное исследование инфекционных осложнений среди военнослужащих, раненых в Ираке или Афганистане (2009–2014 гг.) [14,15].Все пациенты в популяции TIDOS были военнослужащими ≥18 лет или бенефициарами Министерства обороны (DoD), которые первоначально получали помощь на театре боевых действий, а затем были эвакуированы по медицинским показаниям в региональный медицинский центр Ландштуль (LRMC) в Германии с окончательным переводом в участвующие военные госпитали в Соединенных Штатах. Участвующими военными госпиталями США были Армейский медицинский центр Брук в Сан-Антонио, штат Техас, и Национальный военно-медицинский центр Уолтера Рида в столичном регионе (до сентября 2011 года Национальный военно-морской медицинский центр и Армейский медицинский центр Уолтера Рида) [14].

    Институциональный наблюдательный совет (IRB) Университета силовых структур (Бетезда, Мэриленд) одобрил это исследование. Данные были собраны у субъектов, которые предоставили разрешение на сбор и анализ своих данных посредством процессов информированного согласия и авторизации HIPAA или посредством одобренного IRB отказа от согласия на использование деидентифицированных данных, не полученных в результате взаимодействия или вмешательства с людьми.

    Включение в этот анализ потребовало выделения Klebsiella spp.изолят, связанный с клиническим диагнозом инфекции. Демографические данные, характеристики травм и информация об оказании помощи пострадавшим были собраны из Регистра травм Министерства обороны США (DoDTR) [16], а информация, связанная с инфекциями (например, инфекционные синдромы, микробиология и лечение антибиотиками), была получена из модуля TIDOS Infectious Disease модуля TIDOS. ДоДТР. Инфекционные заболевания были идентифицированы с использованием комбинации клинических и лабораторных данных и классифицированы с использованием определений Национальной сети безопасности здравоохранения, как описано ранее [14,17].Колонизация была определена как выделение изолятов из паховых мазков, полученных в рамках целевого надзора за инфекцией при поступлении в больницу из-за травм, связанных с их использованием. Все остальные изоляты были определены как заражающие изоляты, поскольку они были обнаружены во время обследований на клиническую инфекцию. Множественная лекарственная устойчивость определялась с использованием критериев Центров по контролю и профилактике заболеваний как резистентность к ≥3 классам аминогликозидов, β-лактамов, карбапенемов и/или фторхинолонов или продукция бета-лактамаз расширенного спектра (БЛРС) или карбапенамазы [18].

    Klebsiella spp. анализ изолята

    Первоначальная идентификация микроорганизмов была проведена лабораториями клинической микробиологии участвующих больниц. Во всех больничных лабораториях использовалась либо автоматизированная микробиологическая система BD (BD Diagnostics, Sparks, MD), либо Vitek 2 (bioMérieux Inc., Хейзелвуд, Миссури). Эти две платформы могут идентифицировать только K . pneumoniae и не отличать эту идентификацию от K . variicola или другие представители комплекса Klebsiella [9].Изоляты хранились при температуре -80⁰C в центральном хранилище образцов TIDOS.

    Все первичные и серийные инфицированные изоляты, идентифицированные как K . Для анализа были включены pneumoniae , хранящиеся в репозитории образцов TIDOS. Серийная изоляция определялась как изолят, полученный в течение ≥7 дней от предшествующего изолята. Были включены все колонизирующие изоляты, связанные с инфицированными изолятами (определяемыми как выделение из мазка из паховой области до заражения). Удобный образец оставшихся колонизирующих изолятов (50 МЛУ и 50 не МЛУ, колонизирующих K . pneumoniae архивных изолятов) были выбраны случайным образом из репозитория.

    Все изоляты дважды подвергались пассированию на 5% агаре с овечьей кровью перед подтверждающей идентификацией и тестированием чувствительности к противомикробным препаратам с использованием панели BD Phoenix для грамотрицательных бактерий (NMIC/ID-304) и автоматизированной системы микробиологии BD (BD Diagnostics, Sparks, MD) — этот метод повторяет типичные клинические лабораторные процедуры и может идентифицировать только K . пневмонии . Пограничные значения были определены в соответствии с рекомендациями Института клинических лабораторных стандартов (M100, 28 -е издание , 2018 г.).Испытанные противомикробные препараты включали цефазолин, цефтриаксон, цефепим, левофлоксацин, амоксициллин-клавуланат, пиперациллин-тазобактам, азтреонам, меропенем, эртапенем, амикацин и триметоприм/сульфаметоксазол.

    Все изоляты подвергались выделению ДНК с использованием набора QIAamp DNA Mini Kit (QIAGEN, Hilden, Germany) и последующему анализу гель-электрофореза в пульсирующем поле (PFGE) для оценки клональности. Любые неинтерпретируемые гелевые узоры на PFGE повторялись. Для идентификации K . пневмонии , К . квазипневмонии и К . variicola , все выделенные образцы ДНК подвергли ПЦР с использованием метода и последовательностей олигонуклеотидных праймеров, описанных Garza-Ramos et al. [12,19]. Следует отметить, что эта работа была завершена до обширной молекулярно-эпидемиологической работы, которая привела к дальнейшему расширению комплекса Klebsiella pneumoniae [8,9]. В связи с ранними сообщениями о случаях K . variicola связаны с фенотипами повышенной слизистой вязкости, для всех K были проведены нитевые тесты. изоляты натуральной оспы . Длину нити теста на положительный результат определяли как скручивание одной колонии на расстоянии более 5 миллиметров от поверхности агара. Мы не проводили тест строки на K . пневмония e или K . квазипневмонии изолятов, поскольку наше внимание было сосредоточено на описании любой связи между гиперслизисто-вязким фенотипом и K . ветряная оспа .

    Статистический анализ

    Все пациенты с выделением Klebsiella spp.первоначально анализировались как группа. Пациенты, у которых впоследствии было выявлено K . Выделение variicola методом ПЦР оценивали во вторичном анализе для изучения клинических предикторов выделения и фенотипического поведения. Однофакторный анализ с помощью Χ 2 и точного критерия Фишера был выполнен для категориальных переменных, где это уместно. Непрерывные переменные были проанализированы с использованием Mann-Whitney U. Статистический анализ был выполнен с использованием IBM SPSS Statistics 22 (версия 22 IBM, Нью-Йорк, 2013 г.).Значение p <0,05 считалось значимым. Доступность данных: все соответствующие данные представлены в документе и сопровождающей его документации.

    Результаты

    Исследуемая популяция

    Среди 2699 пациентов с TIDOS 51 пациент с инфекцией изолятов Klebsiella соответствовал критериям включения в анализ. Все пациенты были молодыми мужчинами со средним возрастом 23 года, получившими тяжелые травмы, 82% из которых получили взрывную травму, в основном от самодельных взрывных устройств (таблица 1).Все 51 пациент получали антибиотики до выздоровления от инфекции Klebsiella spp. изолирует. Наиболее распространенными антибиотиками, назначаемыми до выделения инфекционного изолята, были тетрациклины (N = 46, 90%), цефалоспорины первого поколения (N = 45, 88%) и ванкомицин (N = 39, 76%). Средняя продолжительность госпитализации составила 49 дней. Всего умерло четыре (8%) пациента.

    Источниками первичного заражения 51 изолятов Klebsiella были респираторные (N = 16, 31%), раневые (N = 13, 26%), кровь (N = 10, 20%), моча (N = 5, 10% ), интраабдоминальный (N = 4, 8%) и другие (N = 3, 6%).Медиана составляла 23 (межквартильный диапазон [IQR]: 22–55) дней между выделением исходного инфекционного изолята и смертью четырех умерших пациентов.

    Двадцать три пациента (45%) изначально имели Klebsiella spp. инфекции, которые были МЛУ. По сравнению с пациентами с исходной не-МЛУ Klebsiella spp. инфекции (N = 28, 55%), не было существенной разницы в возрасте (медиана 22 года [МКИ: 21–29] для инфекций с МЛУ против 22 лет [МКИ: 21–26] для инфекций без МЛУ, p = 0.42), или продолжительность между повреждением и изоляцией первого инфицированного изолята (медиана 10 [МКИ: 7–27] дней против 19 [МКИ: 9–37] дней, p = 0,25). Кроме того, тяжесть травмы была одинаковой между двумя группами пациентов с инфекциями MDR Klebsiella , имеющими средний балл тяжести травмы (ISS) 38 (IQR: 32–46) по сравнению со средним значением 35 (IQR: 28–45). ; p = 0,65) для пациентов с инфекциями, не вызывающими МЛУ Klebsiella .

    У шестнадцати (31% из 51) пациентов была серийная изоляция Klebsiella spp.с источниками дыхания (N = 7, 43%), раны (N = 4, 25%), крови (N = 3, 19%) и мочи (N = 2, 13%). Возраст, ISS и количество дней между травмой и первым инфицированием изолята пациентов, у которых была серийная изоляция любого Klebsiella spp. и без (N = 35, 69%) не были статистически значимыми; однако у пациентов с серийным выделением Klebsiella наблюдалась тенденция к более высокой смертности (19%) по сравнению с пациентами, у которых была только начальная изоляция (3%, p = 0,07; таблица 2).

    Модели гель-электрофореза в импульсном поле

    Было выявлено 12 уникальных паттернов/типов PFGE (PFT), каждый из которых был идентифицирован более чем у 1 пациента с PFT 78, восстановленным у десяти уникальных пациентов, и PFT 80 у трех уникальных пациентов.Остальные 10 ПФТ были выявлены у двух пациентов каждая. Семь (58% из 12) ПФТ были связаны с инфекциями; однако ни один из штаммов не был выделен от пациентов, которые лечились в тех же начальных учреждениях. Было выявлено пять (42%) уникальных PFT среди колонизирующих изолятов, полученных от пациентов, эвакуированных из того же первоначального учреждения (Бастион, Афганистан). Только один из этих PFT (PFT 78; идентифицированный у пяти колонизированных пациентов) был идентичен PFT инфицированного изолята от одного пациента (таблица 3).Инфицирующий изолят был извлечен из раневой инфекции через восемь дней после того, как первый колонизирующий изолят был собран у других пациентов. Выделение этого штамма с PFT 78 от пациентов, эвакуированных из Бастиона, завершилось через четыре месяца после выделения первого изолята. Все инфицированные и колонизирующие изоляты, соответствующие PFT 78, были MDR.

    Анализ изолята

    Двести тридцать семь изолятов от 121 пациента, включенного в исследование, первоначально были идентифицированы как K . pneumoniae , из которых 141 были инфицированными изолятами и 96 были колонизирующими изолятами (четыре изначально выбранных колонизирующих изолята были исключены после того, как было обнаружено, что они были неправильно идентифицированы как видов Klebsiella ). После проведения ПЦР 221 (93% [95% доверительный интервал [ДИ]: 90–96]) изолята были подтверждены как K . pneumoniae (от 108 пациентов; 134 инфицированных изолята, 87 колонизирующих изолятов из паховых мазков), 10 (4% [95% ДИ: 1,5–6,5]) были идентифицированы как K . variicola (от 8 пациентов; 5 инфицированных изолятов, 5 колонизирующих изолятов) и 6 (3% [95% ДИ: 0,8–5,2]) как K . квазипневмонии (от 5 пациентов; 2 инфицированных изолята, 4 колонизирующих изолята). Годы К . В коллекции pneumoniae было 28 (13% из 221) изолятов в 2009 г., 95 (43%) в 2010 г., 30 (14%) в 2011 г., 51 (23%) в 2012 г., 13 (6%) в 2013 г. и 4 (2%) в 2014 году. Не было тыс. . изолятов variicola , собранных в 2009 г., три – в 2010 г., четыре – в 2011 г. и по одному изоляту в год в период 2012–2014 гг.Четыре из K . квазипневмонии изолятов было собрано в 2011 г., один изолят в 2013 г. и один изолят в 2014 г.

    Источники 134 K . pneumoniae инфицированных изолятов были раневыми (N = 57, 42%), респираторными (N = 29, 22%), кровяными (N = 24, 18%), интраабдоминальными (N = 4, 3%) и другими (N = 20, 15%). Из 68 первично инфицированных Klebsiella spp. изолятов, 43 были МЛУ (63%). Точно так же 11 (65%) из 17 колонизирующих изолятов, полученных до инфицирования изолятов, были МЛУ.Характер чувствительности к противомикробным препаратам продемонстрировал существенную устойчивость к цефалоспоринам, фторхинолонам и пиперациллину/тазобактаму (таблица 4). Пять инфицированных изолятов, выздоровевших после колонизации не-МЛУ изолятов от того же пациента, продемонстрировали устойчивость к новым противомикробным препаратам: у двух развилась устойчивость к цефазолину через 10 и 17 дней после колонизации, у одного к пиперациллину/тазобактаму через 19 дней, у одного к эртапенему через 7 дней и один к гентамицину через 200 дней после колонизации.

    Клебсиелла ветряная оспа

    Выявлено 10 (4% от 237 изолятов Klebsiella ) изолятов K . variicola идентифицирован у восьми пациентов (7%). Пять изолятов были колонизаторами из паховых мазков, в то время как пять изолятов, связанных с инфекциями, были взяты из крови (N = 4) и интраабдоминальных образцов (N = 1). Среди 51 пациента с инфекциями у 48 (94%) были инфекции, связанные с K . pneumoniae и 3 (6%) имели K . натуральной оспы инфекции. Три пациента с K . Средний возраст инфицированных variicola составлял 25 лет (МКР: 21–46), средний возраст по шкале ISS — 38 (МКИ: 30–45), и все они были ранены самодельными взрывными устройствами.Статистически значимых различий между этими характеристиками и характеристиками пациентов с К не было. пневмоний инфекций.

    Четыре из пяти K . Из образцов крови было собрано изолятов variicola . Для сравнения, 24 (18%) из 134 K . pneumoniae инфицированных изолятов были получены из образцов крови (p = 0,04). Не заражать K . изолятов variicola были МЛУ по сравнению с 99 (74%) инфицированных изолятов K . пневмоний (р<0,01). Все К . изолятов variicola дали отрицательный результат теста на строку.

    Анализ PFGE выявил восемь генетически уникальных K . изолятов variicola (рис. 1). Три заражающих K . Из культур крови одного пациента на 28 и 29 сутки после травмы выделено изолятов variicola , идентичных по ПФГЭ. Три пациента с неродственными K . изолятов variicola лечили в одном и том же учреждении в Кандагаре (Афганистан) в течение 12 месяцев.Остальные два пациента с К . variicola лечились в одном и том же учреждении в провинции Бастион (Южный Афганистан) с интервалом в 15 месяцев, но были уникальными штаммами по данным PFGE.

    Обсуждение

    В этом исследовании подчеркиваются сложные модели сопротивления K . pneumoniae инфекции, осложняющие боевую травму, даже при первоначальной изоляции. Это также первый анализ обширного архива K . pneumoniae образцов для систематической оценки K . ветряная оспа неправильная идентификация. Примечательно, что в то время как K . Инфекции variicola с большей вероятностью были связаны с бактериемией, они с меньшей вероятностью были МЛУ.

    Считается, что резистентность грамотрицательных бактерий

    развивается в ответ на давление противомикробных препаратов, и наши пациенты не являются исключением, поскольку все они длительное время находились в больнице и подвергались воздействию противомикробных препаратов до выделения инфекции MDR Klebsiella . Хотя не было статистически значимых различий между пациентами с исходной МЛУ по сравнению с пациентами без МЛУ, это, вероятно, связано с небольшим числом пациентов.Как и в этом исследовании, обследование пациентов с травмами как в развивающихся странах, так и в странах, переживающих конфликты, продемонстрировало высокие показатели грамотрицательных инфекций с МЛУ [20–22]. Например, было отмечено, что у гражданских пациентов с травмами в результате продолжающегося конфликта в Сирии показатель MDR K . pneumoniae инфекций >80% [23]. Кроме того, почти 74% зараженных K . pneumoniae изолятов от группы пациентов с травмами в Южной Африке были МЛУ [20].Эти исследования, наряду с другими, не только продемонстрировали высокую частоту МЛУ-грамотрицательных инфекций, связанных с травмой, но также подтвердили факторы риска МЛУ-инфекций, в том числе пожилой возраст, более высокий уровень ISS и длительное пребывание в отделении интенсивной терапии [24–24]. 26]. Наши данные, которые показали медиану 15 дней между травмой и Klebsiella spp. изоляция среди этих пациентов с тяжелыми травмами также подчеркивает внутрибольничный характер этого возбудителя. Соблюдение методов инфекционного контроля и методов управления противомикробными препаратами жизненно важно для смягчения проблемы, связанной с МЛУ-организмами [27–29].

    В отношении K можно выделить три важных момента. ветряная оспа . Во-первых, это первое исследование, которое систематически оценивает и всесторонне оценивает уровень ошибочной идентификации K . variicola в уникальной популяции пациентов с травмами. Общая заболеваемость К . изолятов variicola в нашей группе раненых на поле боя (4%) находится на нижней границе диапазона, описанного в литературе. В одном исследовании Maatallah и его коллеги [7] сообщили о K . variicola BSI, где они отметили, что 24% K . pneumoniae изолятов за трехлетний период (2007–2009 гг.) были изначально ошибочно идентифицированы, а затем правильно идентифицированы как K . ветряная оспа . Вспышка BSI у новорожденных в отделении интенсивной терапии новорожденных в Бангладеш также характеризовалась высокой частотой K . variicola (38% среди 36 больных бактериемией) [6]. Наши данные выявили относительно небольшую заболеваемость K . variicola (4% [95% ДИ: 1,5–6,5]), что, вероятно, связано с нашим использованием более широкой популяции травм, а не сосредоточением внимания на конкретном источнике инфекции, таком как изоляты кровотока. Результаты нашего исследования аналогичны результатам, описанным Родригес-Мединой и его коллегами [8], которые исследовали 1060 K . pneumoniae клинических изолятов из группы больниц в Мексике и сообщили о K . variicola распространенность 2,1%. Кроме того, Long и коллеги [30] при изучении ошибочной идентификации K , продуцирующих БЛРС. pneumoniae , идентифицировано почти 2% как K . ветряная оспа . Общая доля ошибочно идентифицированных K . изолятов variicola из кровотока (4 изолята идентифицированы неправильно; 14% из 28) в нашем исследовании сопоставимы с этими ранее опубликованными отчетами. Это может свидетельствовать о том, что помимо BSI ошибочная идентификация K . variicola встречается редко; однако требуется дальнейший анализ.

    Вторым примечательным моментом является то, что четыре из пяти заражающих K .Из крови выявлено изолятов variicola . Несмотря на то, что это небольшие цифры, в сочетании с тем, что было опубликовано ранее, они вызывают важные вопросы. Есть какая-то характеристика К . variicola , что приводит к повышенной склонности к проникновению в кровоток? И предвещает ли эта или какая-либо другая характеристика худшие результаты для пациентов? Когда Мааталла и его коллеги опубликовали свою работу о K . variicola BSIs в 2014 году, ассоциация с K . variicola BSI и смертность вызывали тревогу (30-дневная смертность приблизилась к 30% по сравнению с 13,5% с K . pneumoniae ) [7]. Обеспокоенность продолжает вызывать исследование, сообщающее о 54% ​​смертности среди пациентов, инфицированных K . variicola в отделении интенсивной терапии новорожденных в Бангладеш [6]. Описание первого гиперслизисто-вязкого К . variicola в 2015 году подняли дополнительные вопросы о том, что гиперслизистая вязкость может быть основным механизмом, объясняющим его инвазивное поведение [11].Хотя наши результаты показали связь между K . variicola и BSI, у этих пациентов не было повышения смертности, и ни у одного из них не было фенотипа повышенной слизистой вязкости. В частности, нет пациентов с K . В нашем анализе умерло случаев заражения ветряной оспой , в отличие от тревожных показателей смертности, о которых сообщалось ранее. Важно отметить, что отсутствие гиперслизисто-вязкого фенотипа не обязательно исключает гипервирулентный фенотип конкретного изолята [31].

    Третий момент заключается в том, что K . изолятов variicola в этой группе были значительно более чувствительны к противомикробным препаратам первого ряда, чем K . изолятов pneumoniae (табл. 4). Данные о картинах восприимчивости для K . variicola немногочисленны из-за ограниченного числа опубликованных исследований; тем не менее, повышенная восприимчивость, похоже, является общей новой темой. В частности, Маатала и его коллеги не сообщили об отсутствии паттернов МЛУ у 34 K . изолятов variicola из их репозитория анализа [7]. При этом оценка К . pneumoniae (6 изолятов) и K . variicola (2 изолята), выделенные от одного пациента, продемонстрировали, что в то время как K . pneumoniae был устойчив к имипенему, K . variicola был чувствителен [32]. Наши результаты предоставляют дополнительные доказательства того, что хотя K . variicola может быть более инвазивным, но менее вероятным МЛУ.

    Наш анализ ограничен небольшим числом инфекций и изолятов Klebsiella , что могло повлиять на возможность выявления статистических различий между пациентами с МЛУ-инфекцией и не-МЛУ-инфекцией. Судя по изменению количества изолятов за годы исследования, отчасти это ограничение, вероятно, связано с замедлением темпов эвакуации в ходе боевых действий по мере деэскалации конфликтов и с прекращением боевых действий в Афганистане к концу 2014 г. , Тем не менее, результаты дают полезную информацию, помогающую ранжировать вероятность этой специфической инфекции у пациентов с травмами с этими характеристиками.Наше второе ограничение заключается в анализе PFGE, который обязательно обеспечивает более широкое представление о родстве среди изолированных организмов. Однако в этом случае PFGE обеспечивает важный первичный анализ клональности среди изолятов и утверждает, что сходство между изолятами, которые были связаны с группой пациентов Bastion, перекрывающееся местоположение, временная связь их изоляции и исторические проблемы с инфекционным контролем в развернутая среда свидетельствует в пользу вспышки [27,33].Наконец, анализ ограничен отсутствием детализации в анализе MDR — например, дальнейшая работа была бы полезна для включения механизмов резистентности, таких как дерепрессированный AmpC. Роль K . Ранее предполагалось, что variicola играет роль в инфекциях и вспышках, связанных с оказанием медицинской помощи [6,7], и дальнейшее изучение рода Klebsiella за последние четыре года [8,30] быстро расширило понимание того, как вид variicola вписывается в более широкий комплекс.

    В целом, наши данные подтверждают результаты предыдущих исследований инфекций, осложняющих боевые травмы: эти пациенты были серьезно ранены, длительное время находились в больнице с воздействием антибиотиков и K . Инфекции pneumoniae характеризовались высокой частотой множественной лекарственной устойчивости даже на ранних стадиях госпитализации [2,4,14,15]. К . variicola с большей вероятностью идентифицировали из BSI и инвазивного заболевания. Необходима дальнейшая работа, чтобы помочь клиницистам интерпретировать клиническую значимость K . ветряная оспа . Крупные репозитории изолятов Klebsiella , которые можно было бы проанализировать на предмет резистентности, клинических характеристик и ошибочной идентификации K . В этом отношении может помочь variicola . Дальнейшая филогенетическая работа, расширяющая наше понимание рода Klebsiella , жизненно важна для дальнейшей характеристики роли конкретных видов и их соответствующих патогенных характеристик.

    Благодарности

    Мы признательны Исследовательской группе клинических координаторов, техников-микробиологов, администраторов данных, менеджеров клинических участков и вспомогательного административного персонала Программы клинических исследований инфекционных заболеваний, которые обеспечили успех этого проекта.

    Отказ от ответственности

    Выраженные взгляды принадлежат авторам и не отражают официальную точку зрения Университета медицинских наук силовых структур, Фонда развития военной медицины Генри М. Джексона, Национального института здравоохранения или Департамента Службы здравоохранения и социальных служб, Армейский медицинский центр Брук, Национальный военно-медицинский центр Уолтера Рида, Региональный медицинский центр Ландштуль, Медицинский департамент армии США, Управление главного хирурга армии США, Министерство обороны или министерства армии, флота или ВВС.Упоминание торговых наименований, коммерческих продуктов или организаций не означает их одобрения правительством США.

    Каталожные номера

    1. 1. Калфи ДП. Последние достижения в понимании и лечении Klebsiella pneumoniae . F1000рез. 2017; 6:1760. пмид:269
    2. 2. Gilbert LJ, Li P, Murray CK, Yun HC, Aggarwal D, Weintrob AC, et al. Факторы риска колонизации полирезистентными грамотрицательными бациллами у пострадавших с травмами.Диагностика Microbiol Infect Dis. 2016; 84(4):358–360. пмид:26867965
    3. 3. Weintrob AC, Murray CK, Lloyd B, Li P, Lu D, Miao Z и др. Активное наблюдение за бессимптомной колонизацией полирезистентными грамотрицательными бациллами среди раненых военнослужащих — трехлетняя оценка. МСМР. 2013; 20(8):17–22. пмид:24011372
    4. 4. Кэмпбелл В.Р., Ли П., Уитмен Т.Дж., Блит Д.М., Шнаубелт Э.Р., Менде К. и др. Грамотрицательные инфекции с множественной лекарственной устойчивостью у пациентов с травмами, связанными с развертыванием.Surg Infect (лиственница). 2017; 18(3):357–367. пмид:2

      84

    5. 5. Берри Г.Дж., Леффельхольц М.Дж., Уильямс-Буйер Н. Исследование лабораторной ошибочной идентификации инфекции Klebsiella variicola кровотока . Дж. Клин Микробиол. 2015 г.; 53 (8): 2793–2794. пмид:26063851
    6. 6. Фарзана Р., Джонс Л.С., Рахман М.А., Андрей Д.О., Сэндс К., Портал Э. и др. Вспышка гипервирулентной мультирезистентной к лекарственным препаратам Klebsiella variicola , вызывающей высокую смертность новорожденных в Бангладеш.Клин Инфекция Дис. 2019; 68 (7): 1225–1227. пмид:30204843
    7. 7. Мааталла М., Вейдинг М., Кабир М.Х., Бахруф А., Калин М., Науклер П. и др. Klebsiella variicola является частой причиной инфекции кровотока в районе Стокгольма и связан с более высокой смертностью по сравнению с K . пневмонии . ПЛОС Один. 2014; 9(11):e113539. пмид:25426853
    8. 8. Родригес-Медина Н., Барриос-Камачо Х., Дюран-Бедолла Дж., Гарса-Рамос У. Klebsiella variicola : новый патоген у людей.Новые микробы заражают. 2019; 8(1):973–988. пмид:31259664
    9. 9. Барриос-Камачо Х., Агилар-Вера А., Бельтран-Рохель М., Агилар-Вера Э., Дюран-Бедолла Дж., Родригес-Медина Н. и др. Молекулярная эпидемиология Klebsiella variicola , полученных из разных источников. Научный представитель 2019; 9(1): 10610. pmid:31337792
    10. 10. Секи М., Гото К., Накамура С., Акеда Ю., Йошии Т., Миягучи С. и др. Сепсис со смертельным исходом, вызванный необычным видом Klebsiella , который был ошибочно идентифицирован автоматизированной системой идентификации.J Med Microbiol. 2013; 62 (часть 5): 801–803. пмид:23449877
    11. 11. Гарса-Рамос У., Сильва-Санчес Дж., Барриос Х., Родригес-Медина Н., Мартинес-Барнетче Дж., Андраде В. Черновая последовательность генома первого клинического изолята Klebsiella variicola с гиперслизистой вязкостью . Объявление генома. 2015 г.; 3(2):e01352–01314. пмид:25858850
    12. 12. Гарса-Рамос У., Сильва-Санчес Дж., Мартинес-Ромеро Э., Тиноко П., Пина-Гонсалес М., Барриос Х. и др. Исправление к: Разработка системы зондов для мультиплексной ПЦР для надлежащей идентификации Klebsiella variicola .БМС микробиол. 2016; 16:43. пмид:26984789
    13. 13. Родригес С., Пассет В., Ракотондрасоа А., Брис С. Идентификация Klebsiella pneumoniae , Klebsiella quadripneumoniae , Klebsiella variicola и родственных филогрупп с помощью масс-спектрометрии MALDI-TOF. Фронт микробиол. 2018; 9:3000. пмид:30581423
    14. 14. Tribble DR, Conger NG, Fraser S, Gleeson TD, Wilkins K, Antonille T, et al. Клинические исходы, связанные с инфекцией, у госпитализированных эвакуированных по медицинским показаниям после травм: исследование результатов инфекционных заболеваний при травмах.J Травма. 2011 г.; 71 (1 Дополнение): S33–S42. пмид:21795875
    15. 15. Tribble DR, Murray CK, Lloyd BA, Ganesan A, Mende K, Blyth DM, et al. После боя: инфекционные осложнения у раненых воинов в исследовании результатов травматических инфекционных заболеваний. Мил Мед. 2019; 184 (Приложение 2): 18–25. пмид:31778199
    16. 16. Истридж Б.Дж., Дженкинс Д., Флаэрти С., Шиллер Х., Холкомб Д.Б. Развитие системы травм на театре военных действий: опыт операций «Иракская свобода» и «Несокрушимая свобода».J Травма. 2006 г.; 61 (6): 1366–1372. пмид:17159678
    17. 17. Центры по контролю и профилактике заболеваний. Определения эпиднадзора CDC/NHSN для конкретных типов инфекций. Доступно по адресу: https://www.cdc.gov/nhsn/pdfs/pscmanual/17pscnosinfdef_current.pdf.
    18. 18. Отдел повышения качества здравоохранения. Руководство Национальной сети безопасности здравоохранения (NHSN). Компонент безопасности пациентов. Модуль мультирезистентных микроорганизмов и инфекций Clostridium difficile (MDRO/CDI).Доступно по адресу: https://www.cdc.gov/nhsn/PDFs/pscManual/12pscMDRO_CDADcurrent.pdf.
    19. 19. Гарса-Рамос У., Сильва-Санчес Дж., Мартинес-Ромеро Э., Тиноко П., Пина-Гонсалес М., Барриос Х. и др. Разработка зондовой системы мультиплексной ПЦР для надлежащей идентификации Klebsiella variicola . БМС микробиол. 2015 г.; 15:64. пмид:25886267
    20. 20. Pillai J, Yazicioglu C, Moeng S, Rangaka T, Monareng T, Jayakrishnan R, et al. Распространенность и характер инфекции у пациентов с травмами в критическом состоянии, поступивших в отделение интенсивной терапии травм, Южная Африка.J Infect Dev Cries. 2015 г.; 9(7):736–742. пмид:26230124
    21. 21. Зоргани А., Абофайед А., Глиа А., Албарбар А., Ханиш С. Распространенность внутрибольничных инфекций, связанных с устройством, вызванных грамотрицательными бактериями, в отделении интенсивной терапии травм в Ливии. Oman Med J. 2015; 30(4):270–275. пмид:26366261
    22. 22. Тейхер С.Л., Ронат Дж.-Б., Фахри Р.М., Базель М., Лабар А.С., Херард П. и соавт. Бактерии, устойчивые к противомикробным препаратам, выделены от сирийских пациентов, пострадавших в результате войны, август 2011 г. — март 2013 г.Эмердж Инфекция Дис. 2014; 20 (11): 1949–1951. пмид:25340505
    23. 23. Эльго А., Вонг С., Шоаиб М., Лундгрен К., Гиске К.Г., фон Шреб Дж. и др. Заражение высокой долей полирезистентных бактерий в травмах, связанных с конфликтом, связано с плохими результатами и избыточным потреблением ресурсов: когортное исследование сирийских пациентов, прошедших лечение в Иордании. BMC Infect Dis. 2018; 18(1):233. пмид:29788910
    24. 24. Паттерсон С.Б., Менде К., Ли П., Лу Д., Карсон М.Л., Мюррей К.К. и др.Инфекции Stenotrophomonas maltophilia : клинические характеристики в популяции военных травм. Диагностика Microbiol Infect Dis. 2020; 96(2):114953. пмид:317

    25. 25. Murray CK, Yun HC, Griffith ME, Thompson B, Crouch HK, Monson LS, et al. Восстановление полирезистентных бактерий у военнослужащих, эвакуированных из Ирака и Афганистана, в едином военном лечебном учреждении. Мил Мед. 2009 г.; 174 (6): 598–604. пмид:19585772
    26. 26. Менде К., Стюарт Л., Шейх Ф., Брэдли В., Лу Д., Краусс М.Р. и др.Микробиология ранений конечностей, связанных с боевыми действиями: исследование результатов травматических инфекционных заболеваний. Диагностика Microbiol Infect Dis. 2019; 94(2):173–179. пмид:306

    27. 27. Юн ХК, Мюррей КК. Предотвращение заражения в развернутой среде. Медицинский советник армии США Дж. 2016 г .; (2–16): 114–118. пмид:27215877
    28. 28. Барсумян А.Э., Рот А.Л., Солберг С.Л., Ханхерст А.С., Фунари Т.С., Крауч Х. и др. Проблемы рационального использования противомикробных препаратов в развернутых условиях. Мил Мед. 2020; 185 (5–6): e818–e824.пмид:31786601
    29. 29. Аке Дж., Скотт П., Вортманн Г., Хуан XZ, Барбер М., Ван З и др. Колонизация грамотрицательными микроорганизмами с множественной лекарственной устойчивостью в военном медицинском учреждении США в Ираке. Infect Control Hosp Epidemiol. 2011 г.; 32(6):545–552. пмид:21558766
    30. 30. Лонг С.В., Линсон С.Е., Сааведра М.О., Канту С., Дэвис Дж.Дж., Бреттин Т. и др. Полногеномное секвенирование клинических изолятов Klebsiella pneumoniae выявило неверную идентификацию и неправильное понимание Klebsiella pneumoniae , Klebsiella variicola и Klebsiella quadripneumoniae .мсфера. 2017; 2(4): e00290–17. пмид:28776045
    31. 31. Catalan-Najera JC, Garza-Ramos U, Barrios-Camacho H. Гипервирулентность и гиперслизистая вязкость: два разных, но дополняющих друг друга Klebsiella spp. фенотипы? Вирулентность. 2017; 8(7): 1111–1123. пмид:28402698
    32. 32. Гарса-Рамос У., Морено-Домингес С., Эрнандес-Кастро Р., Сильва-Санчес Дж., Барриос Х., Рейна-Флорес Ф. и др. Идентификация и характеристика устойчивых к имипенему изолятов Klebsiella pneumoniae и чувствительных изолятов Klebsiella variicola , полученных от одного и того же пациента.Устойчивость к микробам. 2016; 22(3):179–184. пмид:26571390
    33. 33. Hospenthal DR, Crouch HK, English JF, Leach F, Pool J, Conger NG, et al. Реагирование на проблемы инфекционного контроля в условиях развертывания: операции «Ирак» и «Несокрушимая свобода». J Травма. 2010 г.; 69 (Приложение 1): S94–S101. пмид: 20622627

    Популяционная геномика Klebsiella pneumoniae

  • Адеолу, М., Альнаджар, С., Наушад, С. и Гупта, Р. С. Геномная филогения и таксономия «Enterobacteriales»: предложение для Enterobacterales ord.ноябрь делятся на семейства Enterobacteriaceae, Erwiniaceae fam. nov., сем. Pectobacteriaceae. nov., сем. Yersiniaceae. nov., сем. Hafniaceae. nov., сем. Morganellaceae. nov. и сем. Budviciaceae. ноябрь Междунар. Дж. Сист. Эвол. микробиол. 66 , 5575–5599 (2016).

    КАС пабмед Google ученый

  • Пендлтон, Дж. Н., Горман, С. П. и Гилмор, Б. Ф. Клиническая значимость патогенов ESKAPE. Эксперт.Преподобный Анти Инфекция. тер. 11 , 297–308 (2013).

    КАС пабмед Google ученый

  • Okomo, U. et al. Этиология инвазивной бактериальной инфекции и устойчивости к противомикробным препаратам у новорожденных в странах Африки к югу от Сахары: систематический обзор и метаанализ в соответствии с руководящими принципами отчетности STROBE-NI. Ланцет Заражение. Дис. 19 , 1219–1234 (2019).

    КАС пабмед Google ученый

  • Заиди А.К. М. и соавт. Внутрибольничные неонатальные инфекции в развивающихся странах. Ланцет 365 , 1175–1188 (2005).

    ПабМед Google ученый

  • Всемирная организация здравоохранения. Глобальный приоритетный список устойчивых к антибиотикам бактерий для руководства исследованиями, открытием и разработкой новых антибиотиков (ВОЗ, 2017 г.).

  • Кассини, А. и др. Атрибутивная смертность и годы жизни с поправкой на инвалидность, вызванные инфекциями устойчивыми к антибиотикам бактериями, в ЕС и Европейской экономической зоне в 2015 г.: анализ моделирования на уровне населения. Ланцет Заражение. Дис. 19 , 56–66 (2019).

    ПабМед ПабМед Центральный Google ученый

  • Музиха, П. и др. Тенденции устойчивости к противомикробным препаратам в изолятах инфекций кровотока в крупной городской больнице в Малави (1998–2016 гг.): обзорное исследование. Ланцет. Заразить. Дис. 17 , 1042–1052 (2017).

    ПабМед ПабМед Центральный Google ученый

  • Бэгли, С.Т. Местообитание видов Klebsiella . Заразить. контр. 6 , 52–58 (1985).

    КАС Google ученый

  • Холт, К. Э. и др. Геномный анализ разнообразия, структуры популяции, вирулентности и устойчивости к противомикробным препаратам у Klebsiella pneumoniae , серьезной угрозы для здоровья населения. Проц. Натл акад. науч. США 112 , E3574–E3581 (2015 г.). Это крупномасштабное сравнительное геномное исследование различных K.pneumoniae и родственных представителей видового комплекса из семи стран устанавливает глобальную геномную структуру, а также масштаб и неоднородность пангенома, а также идентифицирует генетические локусы, которые статистически связаны с инвазивным заболеванием по сравнению с бессимптомной колонизацией у людей .

    КАС пабмед Google ученый

  • Wyres, K.L. et al. Отчетливая эволюционная динамика горизонтального переноса генов в устойчивых к лекарствам и вирулентных клонах Klebsiella pneumoniae . Генетика PLoS. 15 , e1008114 (2019).

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Гу, Д. и др. Фатальная вспышка резистентной к карбапенемам ST11 гипервирулентной Klebsiella pneumoniae в китайской больнице: молекулярно-эпидемиологическое исследование. Ланцет Заражение. Дис. 3099 , 1–10 (2017). В этом исследовании представлен первоначальный отчет о MDR-ST11, содержащем вариант плазмиды вирулентности KpVP-1, который демонстрирует повышенную выживаемость в анализе нейтрофилов человека и повышенную вирулентность в модели инфекции Galleria mellonella по сравнению с типичным MDR- СТ11 .

    Google ученый

  • Lam, M. M. C. et al. Конвергенция вирулентности и MDR в одном плазмидном векторе в MDR Klebsiella pneumoniae ST15. J. Антимикроб. Чемотер. 74 , 1218–1222 (2019).

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Long, S.W. et al. Полногеномное секвенирование клинических изолятов Klebsiella pneumoniae выявило неверную идентификацию и неправильное понимание Klebsiella pneumoniae , Klebsiella variicola и Klebsiella quadripneumoniae . mSphere 2 , e00290–e00317 (2017 г.).

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Gorrie, C.L. et al. Желудочно-кишечный носитель является основным резервуаром инфекции K. pneumoniae у пациентов интенсивной терапии. клин. Заразить. Дис. 65 , 208–215 (2017).

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Родригес, К., Пассет, В., Ракотондрасоа, А. и Брис, С. Идентификация Klebsiella pneumoniae, Klebsiella quadripneumoniae, Klebsiella variicola и родственных филогрупп с помощью масс-спектрометрии MALDI-TOF. Перед. микробиол. 9 , 1–7 (2018).

    Google ученый

  • Long, S.W. et al. Популяционный геномный анализ 1777 продуцирующих β-лактамазы расширенного спектра изолятов Klebsiella pneumoniae , Хьюстон, Техас: неожиданное обилие клональной группы 307. м Био 8 , e00489–e00517 (2017).

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Henson, S.P. et al. Молекулярная эпидемиология инвазивных инфекций Klebsiella pneumoniae за десятилетие в больнице округа Килифи в Кении. Междунар. Дж. Мед. микробиол. 307 , 422–429 (2017).

    ПабМед ПабМед Центральный Google ученый

  • Хайнц, Э.и другие. Механизмы резистентности и структура популяции высокорезистентной к лекарственным препаратам Klebsiella в Пакистане во время внедрения карбапенемазы NDM-1. Науч. Респ. 9 , 2392 (2019).

    ПабМед ПабМед Центральный Google ученый

  • Gorrie, C.L. et al. Устойчивое к противомикробным препаратам Klebsiella pneumoniae носительство и инфекция в специализированных гериатрических отделениях, связанные с приобретением в направляющей больнице. клин. Заразить. Дис. 67 , 161–170 (2018).

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Wyres, K.L. & Holt, K.E. Klebsiella pneumoniae как ключевой поставщик генов лекарственной устойчивости от экологических до клинически важных бактерий. Курс. мнение микробиол. 45 , 131–139 (2018).

    КАС пабмед Google ученый

  • Маркес, К.и другие. Доказательства распространения Klebsiella pneumoniae между здоровыми животными-компаньонами и людьми. Дж. Клин. микробиол. 57 , e01537–e01618 (2019).

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Садокс Р. Н. и др. Источники видов Klebsiella и Raoultella на молочных фермах: будьте осторожны при ходьбе. J. Dairy Sci. 94 , 1045–1051 (2011).

    КАС пабмед Google ученый

  • Конлан, С., Конг, Х. Х. и Сегре, Дж. А. Анализ данных последовательности ДНК на уровне видов из проекта микробиома человека NIH. PLoS One 7 , e47075 (2012 г.).

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Martin, R. M. et al. Молекулярная эпидемиология колонизации и заражения изолятами Klebsiella pneumoniae . mSphere 1 , e00261–e00316 (2016 г.).

    ПабМед ПабМед Центральный Google ученый

  • Ludden, C. et al. Исследование One Health генетического родства Klebsiella pneumoniae и их мобильных элементов на востоке Англии. клин. Заразить. Дис. 70 , 219–226 (2020).

    ПабМед Google ученый

  • Чанг Д.Р. и др. Фекальное носительство штаммов серотипа K1 Klebsiella pneumoniae ST23, тесно связанных с изолятами абсцесса печени у корейцев, проживающих в Корее. евро. Дж. Клин. микробиол. Заразить. Дис. 31 , 481–486 (2012).

    КАС пабмед Google ученый

  • Лин Ю.-Т. и другие. Сероэпидемиология Klebsiella pneumoniae , колонизирующих кишечный тракт здоровых китайцев и взрослых китайцев, живущих за границей, в азиатских странах. ВМС микробиол. 12 , 13 (2012).

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Löhr, I.H. et al. Длительное фекальное носительство у младенцев и внутридомовая передача Klebsiella pneumoniae , продуцирующих CTX-M-15, после внутрибольничной вспышки. J. Антимикроб. Чемотер. 68 , 1043–1048 (2013).

    ПабМед Google ученый

  • Пн, Ю.и другие. Продолжительность носительства Enterobacteriaceae, продуцирующих карбапенемазы, в госпитальной когорте — последствия для мер инфекционного контроля. medRxiv . https://doi.org/10.1101/179 (2019 г.).

    Артикул Google ученый

  • Podschun, R. & Ullmann, U. Klebsiella spp. как внутрибольничные возбудители: эпидемиология, таксономия, методы типирования, факторы патогенности. клин. микробиол. 11 , 589–603 (1998).

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Шимасаки, Т. и др. Повышенная относительная численность Klebsiella pneumoniae , продуцирующих карбапенемазы Klebsiella pneumoniae , в кишечной микробиоте связана с риском инфицирования кровотока у пациентов, длительно находящихся в больнице неотложной помощи. клин. Заразить. Дис. 68 , 2053–2059 (2019).

    ПабМед Google ученый

  • Сюй Л., Sun, X. & Ma, X. Систематический обзор и метаанализ смертности пациентов, инфицированных устойчивыми к карбапенемам Klebsiella pneumoniae . Энн. клин. микробиол. Антимикроб. 16 , 18 (2017).

    ПабМед ПабМед Центральный Google ученый

  • Бассетти М., Пегин М., Вена А. и Джакоббе Д. Р. Лечение инфекций, вызванных грамотрицательными бактериями с МЛУ. Перед. Мед. 6 , 74 (2019).

    Google ученый

  • Манохар, П., Тамханкар, А. Дж., Лундборг, К. С. и Начимуту, Р. Терапевтическая характеристика и эффективность коктейлей бактериофагов, заражающих видов Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae и Enterobacter . Перед. микробиол. 10 , 574 (2019).

    ПабМед ПабМед Центральный Google ученый

  • Мизералл, Б.Л., Грегсон Д., Росс Т., Питут Дж. Д. Д. и Лаупланд К. Б. Заболеваемость, факторы риска и исходы Klebsiella pneumoniae бактериемии. утра. Дж. Мед. 122 , 866–873 (2009).

    ПабМед Google ученый

  • Russo, T.A. & Marr, C.M. Гипервирулентный Klebsiella pneumoniae . клин. микробиол. Ред. 32 , e00001–e00019 (2019 г.).

    ПабМед Google ученый

  • Ко, ЗападнаяС. и др. Внебольничная бактериемия Klebsiella pneumoniae : глобальные различия в клинических моделях. Аварийный. Заразить. Дис. 8 , 160–166 (2002).

    ПабМед ПабМед Центральный Google ученый

  • Ким, Дж. К., Чанг, Д. Р., Ви, С. Х., Ю, Дж. Х. и Парк, С. В. Анализ факторов риска инвазивного абсцесса печени, вызванного серотипом K1 Klebsiella pneumoniae . евро. Дж.клин. микробиол. Заразить. Дис. 28 , 109–111 (2009).

    ПабМед Google ученый

  • Брокхерст, Массачусетс и др. Экология и эволюция пангеномов. Курс. биол. 29 , R1094–R1103 (2019).

    КАС пабмед Google ученый

  • Биалек-Давенет, С. и др. Геномное определение гипервирулентных и полирезистентных клональных групп Klebsiella pneumoniae . Аварийный. Заразить. Дис. 20 , 1812–1820 (2014). В этой работе устанавливается схема cgMLST для K. pneumoniae и комплекса ассоциированных видов, которая основана на 694 основных генах и доступна в онлайновой базе данных BIGSdb- Kp 9.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Дианкур Л., Пассет В., Verhoef, J., Grimont, P.A. & Brisse, S. Многолокусное типирование последовательности внутрибольничных изолятов Klebsiella pneumoniae . Дж. Клин. микробиол. 43 , 4178–4182 (2005).

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Brisse, S. et al. Вирулентные клоны Klebsiella pneumoniae : идентификация и эволюционный сценарий, основанный на геномной и фенотипической характеристике. PLoS One 4 , e4982 (2009 г.).

    ПабМед ПабМед Центральный Google ученый

  • Breurec, S. et al. Klebsiella pneumoniae , устойчивая к цефалоспоринам третьего поколения, в пяти африканских и двух крупных городах Вьетнама: многоклональная структура популяции с двумя основными международными клональными группами, CG15 и CG258. клин. микробиол. Заразить. 19 , 349–355 (2013).

    КАС пабмед Google ученый

  • Макинерни, Дж.О., МакНалли, А. и О’Коннелл, М.Дж. Почему у прокариот есть пангеномы. Нац. микробиол. 2 , 17040 (2017).

    КАС пабмед Google ученый

  • Wyres, K.L. et al. Обширная изменчивость локуса капсулы и крупномасштабная геномная рекомбинация в пределах клональной группы Klebsiella pneumoniae 258. Genome Biol. Эвол. 7 , 1267–1279 (2015).

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Лам, М.M.C. и соавт. Популяционная геномика гипервирулентной Klebsiella pneumoniae клональной группы 23 показывает раннее возникновение и быстрое глобальное распространение. Нац. коммун. 9 , 2703 (2018).

    ПабМед ПабМед Центральный Google ученый

  • Bowers, J. R. et al. Геномный анализ возникновения и быстрого глобального распространения клональной группы 258 Klebsiella pneumoniae пандемии. PLoS One 10 , e0133727 (2015 г.).

    ПабМед ПабМед Центральный Google ученый

  • Навон-Венеция, С., Кондратьева, К. и Караттоли, А. Klebsiella pneumoniae : основной мировой источник и шаттл устойчивости к антибиотикам. FEMS микробиол. 41 , 252–275 (2017).

    КАС пабмед Google ученый

  • Конлан, С. и др. Плазмидная динамика у KPC-положительных Klebsiella pneumoniae при длительной колонизации пациентов. м Био 7 , e00742–e00816 (2016).

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Shen, J., Lv, L., Wang, X., Xiu, Z. & Chen, G. Сравнительный анализ систем CRISPR-Cas в геномах Klebsiella . Дж. Базовый. микробиол. 57 , 325–336 (2017).

    КАС пабмед Google ученый

  • Эллингтон, М.Дж. и др. Контрастные закономерности продольной динамики популяции и механизмов устойчивости к противомикробным препаратам у двух приоритетных бактериальных патогенов за 7 лет в одном центре. Геном Биол. 20 , 184 (2019).

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Wyres, K.L. & Holt, K.E. Klebsiella pneumoniae Популяционная геномика и устойчивые к противомикробным препаратам клоны. Тенденции микробиол. 24 , 944–956 (2016).

    КАС пабмед Google ученый

  • Wyres, K.L. et al. Появление и быстрое глобальное распространение CTX-M-15-ассоциированного штамма Klebsiella pneumoniae ST307. J. Антимикроб. Чемотер. 74 , 577–581 (2019).

    КАС пабмед Google ученый

  • Дэвид, С. и др. Эпидемия резистентной к карбапенемам Klebsiella pneumoniae в Европе обусловлена ​​внутрибольничным распространением. Нац. микробиол. 4 , 1919–1929 (2019). Это исследование представляет собой геномный анализ >1700 CRKp и карбапенем-чувствительных K. pneumoniae инфекций, выделенных у пациентов в 244 больницах в 32 странах Европы, что представляет собой первую крупномасштабную систематическую выборку для сравнения клонов и распределения генов устойчивости .

    КАС пабмед Google ученый

  • Тертон, Дж.Ф. и др. Гены вирулентности в изолятах Klebsiella pneumoniae из Великобритании в течение 2016 г., в том числе среди положительных по гену карбапенемазы гипервирулентных K1-ST23 и «негипервирулентных» типов ST147, ST15 и ST383. J. Med. микробиол. 67 , 118–128 (2017).

    ПабМед Google ученый

  • Siu, L.K. et al. Молекулярное типирование и анализ вирулентности штаммов серотипа K1 Klebsiella pneumoniae , выделенных от пациентов с абсцессом печени и образцов стула неинфекционных субъектов в Гонконге, Сингапуре и Тайване. Дж. Клин. микробиол. 49 , 3761–3765 (2011).

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Lin, J.C. et al. Генотипы и вирулентность серотипа K2 Klebsiella pneumoniae от абсцесса печени и неинфекционных носителей в Гонконге, Сингапуре и Тайване. Патог кишечника. 12 , 21 (2014).

    Google ученый

  • Ши, К.и другие. Разнообразие уровня вирулентности фенотипа гипервирулентного Klebsiella pneumoniae из линии разного типа последовательности. ВМС микробиол. 18 , 1–6 (2018).

    Google ученый

  • Lee, I. R. et al. Дифференциальная восприимчивость хозяина и факторы бактериальной вирулентности, вызывающие абсцесс печени Klebsiella в этнически разнообразной популяции. Науч. Респ. 13 , 29316 (2016).

    Google ученый

  • Zhang, Y. et al. Высокая распространенность гипервирулентной инфекции Klebsiella pneumoniae в Китае: географическое распространение, клинические характеристики и устойчивость к противомикробным препаратам. Антимикроб. Агенты Чемотер. 60 , 6115–6120 (2016).

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Уайрес, К.Л. и др. Геномный надзор за гипервирулентностью и множественной лекарственной устойчивостью инвазивных Klebsiella pneumoniae из Южной и Юго-Восточной Азии. Геномная мед. 12 , 11 (2019).

    Google ученый

  • Heinz, E., Brindle, R., Morgan-McCalla, A., Peters, K. & Thomson, N. R. Карибское многоцентровое исследование Klebsiella pneumoniae: секвенирование всего генома , устойчивость к противомикробным препаратам и факторы вирулентности. Микроб. Геномика. 5 , e000266 (2019).

    Google ученый

  • Музиха, П. и др. Геномный анализ изолятов Klebsiella pneumoniae из Малави выявил приобретение множественных детерминант БЛРС в различных линиях. J. Антимикроб. Чемотер. 74 , 1223–1232 (2019).

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Чжан Р.и другие. Наличие NDM у не- E. coli Enterobacteriaceae в среде птицеводческого производства. J. Антимикроб. Чемотер. 74 , 2209–2213 (2019).

    КАС пабмед Google ученый

  • Маркес, К. и др. Klebsiella pneumoniae , вызывающая инфекции мочевыводящих путей у домашних животных и человека: структура популяции, устойчивость к противомикробным препаратам и гены вирулентности. J. Антимикроб.Чемотер. 74 , 594–602 (2019).

    КАС пабмед Google ученый

  • Anzai, E.K. et al. Сообщение о первом случае приматов ( Alouatta clamitans ) с гипервирулентным Klebsiella pneumoniae серотипа K1 штамма ST23: возможный новый патоген дикой природы. J. Med. Приматол. 46 , 337–342 (2017).

    КАС пабмед Google ученый

  • Боуринг, Б.Г., Фахи, В. А., Моррис, А. и Коллинз, А. М. Необычный виновник: Klebsiella pneumoniae , вызывающая вспышки септицемии у новорожденных свиней? Вет. микробиол. 203 , 267–270 (2017).

    ПабМед Google ученый

  • Runcharoen, C. et al. Секвенирование всего генома выявило эпидемиологические связи с высоким разрешением между клинической и окружающей средой Klebsiella pneumoniae . Геном Мед. 9 , 6 (2017).

    ПабМед ПабМед Центральный Google ученый

  • Дэвис, Г. С. и др. Смешанные популяции Klebsiella pneumoniae между розничным мясом и инфекциями мочевыводящих путей человека. клин. Заразить. Дис. 61 , 892–899 (2015).

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Сингх, А., Лекшми М., Пракасан С., Наяк Б. и Кумар С. Множественные устойчивые к антибиотикам энтеробактерии, продуцирующие бета-лактамазы расширенного спектра (БЛРС), в свежих морепродуктах. Микроорганизмы 5 , E53 (2017).

    Google ученый

  • Zekar, F.M. et al. От ферм к рынкам: Грамотрицательные бактерии, устойчивые к цефалоспоринам третьего поколения, во фруктах и ​​овощах в регионе Северной Африки. Перед. микробиол. 8 , 1569 (2017).

    Google ученый

  • Yaici, L. et al. Распространение ESBL/AmpC-продуцирующих Escherichia coli и Klebsiella pneumoniae в обществе через готовые к употреблению бутерброды в Алжире. Междунар. Дж. Пищевая микробиология. 245 , 66–72 (2017).

    КАС пабмед Google ученый

  • Проян, М.и другие. Заражение куриного мяса штаммами Klebsiella pneumoniae и Escherichia coli , продуцирующими бета-лактамазы расширенного спектра действия, при ошпаривании и обезвоживании тушек бройлеров. Пищевой микробиол. 77 , 185–191 (2019).

    ПабМед Google ученый

  • Родригес, К. и др. Описание Klebsiella africanensis sp. nov., Klebsiella variicola subsp. tropicalensis subsp. ноябрь и Klebsiella variicola subsp. натуральной оспы subsp. ноябрь Рез. микробиол. 170 , 165–170 (2019).

    ПабМед Google ученый

  • Ford, P. & Avison, M. Эволюционное картирование SHV β-лактамазы и свидетельство двух отдельных IS 26 -зависимых bla событий мобилизации SHV из хромосомы Klebsiella pneumoniae . J. Антимикроб. Чемотер. 54 , 69–75 (2004).

    КАС пабмед Google ученый

  • Liakopoulos, A., Mevius, D. & Ceccarelli, D. Обзор β-лактамаз расширенного спектра SHV: забытые, но повсеместные. Перед. микробиол. 5 , 1374 (2016).

    Google ученый

  • Тернер, М. и др. Плазмида bla генов SHV в Klebsiella pneumoniae связаны с сильными промоторами. J. Антимикроб. Чемотер. 64 , 960–964 (2009).

    КАС пабмед Google ученый

  • Ито, Р. и др. Широко распространенная устойчивость к фосфомицину у грамотрицательных бактерий, связанная с хромосомным геном fosA . м Био 8 , e00749–e00817 (2017).

    ПабМед ПабМед Центральный Google ученый

  • Ли, Дж.и другие. Природа и эпидемиология OqxAB, мультилекарственного эффлюксного насоса. Антимикроб. Сопротивляться. Заразить. Контроль. 8 , 44 (2019).

    ПабМед ПабМед Центральный Google ученый

  • Бернардини, А. и др. Внутренний резистом Klebsiella pneumoniae . Междунар. Дж. Антимикроб. Агенты. 53 , 29–33 (2019).

    КАС пабмед Google ученый

  • Яна Б.и другие. Вторичный резистом мультирезистентной Klebsiella pneumoniae . Науч. Респ. 7 , 42483 (2017).

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Николя-Шанойн, М.-Х., Майер, Н., Гайо, К., Дюмон, Э. и Паже, Ж.-М. Взаимодействие между проницаемостью мембраны и ферментативным барьером приводит к антибиотикозависимой устойчивости у Klebsiella pneumoniae . Перед. микробиол. 9 , 1422 (2018).

    ПабМед ПабМед Центральный Google ученый

  • Сюй, К. и др. Эффлюксные насосы AcrAB и OqxAB способствуют устойчивости к нитрофурантоину у уропатогенного изолята Klebsiella pneumoniae . Междунар. Дж. Антимикроб. Агенты 54 , 223–227 (2019).

    КАС пабмед Google ученый

  • Он, Ф.и другие. Чувствительность к тигециклину и роль эффлюксных насосов в устойчивости к тигециклину у KPC-продуцирующих Klebsiella pneumoniae . PLoS one 10 , e0119064 (2015 г.).

    ПабМед ПабМед Центральный Google ученый

  • Фахардо-Лубиан, А., Бен Закур, Н. Л., Агиекум, А., Ци, К. и Иределл, Дж. Р. Адаптация хозяина и конвергентная эволюция повышают устойчивость к антибиотикам без потери вирулентности основного патогена человека. PLoS Pathog. 15 , e1007218 (2019). Это исследование показывает, что делеции или мутации в поринах OmpK35/36 широко распространены и возникли в нескольких независимых линиях K. колонизировать кишечник или вызывать пневмонию (в мышиных моделях) .

    ПабМед ПабМед Центральный Google ученый

  • Вонг, Дж.Л. С. и соавт. OmpK36-опосредованная резистентность к карбапенему ослабляет ST258 Klebsiella pneumoniae in vivo. Нац. коммун. 10 , 3957 (2019). Это исследование экспериментально подтверждает предсказания о том, что специфические вставки диаминокислот в OmpK36 сужают его центральную пору, ограничивая диффузию питательных веществ и карбапенемов, и демонстрирует с помощью тестов конкуренции, что эти мутации действительно снижают приспособленность в контексте мышиной модели пневмонии .

    ПабМед ПабМед Центральный Google ученый

  • Лунха, К.и другие. Высокоуровневая резистентная к карбапенемам OXA-48-продуцирующая Klebsiella pneumoniae с новым вариантом OmpK36 и низкоуровневая, устойчивая к карбапенемам, недефицитная поринам OXA-181-продуцирующая Escherichia coli из Таиланда. Диагн. микробиол. Заразить. Дис. 85 , 221–226 (2016).

    КАС пабмед Google ученый

  • Каин А.К. и др. Морфологические, геномные и транскриптомные ответы Klebsiella pneumoniae на антибиотик последней линии колистин. Науч. Респ. 8 , 9868 (2018).

    ПабМед ПабМед Центральный Google ученый

  • Чанг, Х.-Х. и другие. Возникновение и распространение множественной лекарственной устойчивости у бактериальных патогенов. Микробиолог. Мол. биол. 79 , 101–116 (2015).

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Лехтинен, С. и др.Развитие устойчивости к антибиотикам связано с любым генетическим механизмом, влияющим на продолжительность бактериального носительства. Проц. Натл акад. науч. США 114 , 1075–1080 (2017).

    КАС пабмед Google ученый

  • Конлан, С. и др. Секвенирование одиночных молекул для отслеживания плазмидного разнообразия энтеробактерий, продуцирующих карбапенемазы в больницах. Науч. Перевод мед. 6 , 254ра126 (2014).

    ПабМед ПабМед Центральный Google ученый

  • Martin, J. et al. Скрытое распространение продуцирующего карбапенемазу Klebsiella pneumoniae (KPC) в ходе успешно контролируемой вспышки: полногеномное секвенирование с длинным и коротким чтением демонстрирует несколько генетических путей передачи. J. Антимикроб. Чемотер. 72 , 3025–3034 (2017).

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Шеппард, А.Э. и др. Генетическая мобильность, подобная матрешке, способствует быстрому распространению гена устойчивости к карбапенемам bla КПК . Антимикроб. Агенты Чемотер. 60 , 3767–3778 (2016). В этом исследовании с использованием геномного сравнения устойчивых к карбапенемам энтеробактерий, выделенных из одного медицинского учреждения, подчеркивается важность передачи штаммов, плазмид и транспозонов для распространения bla KPC гены карбапенемазы .

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Buckner, M. M. C. et al. Клинически значимые взаимодействия плазмида-хозяин указывают на то, что транскрипционные, а не геномные модификации снижают затраты на приспособленность Klebsiella pneumoniae , несущих карбапенемазы плазмид. м Био 9 , e02303–e02317 (2018). Это исследование демонстрирует, что плазмида pKpQIL ST258 изменяет К.pneumoniae и демонстрирует различия в эффективности переноса pKpQIL и родственных плазмид в зависимости от генетического фона донорских и реципиентных штаммов .

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Hardiman, C. et al. Горизонтальный перенос плазмид, кодирующих карбапенемазы, и сравнение с больничными эпидемиологическими данными. Антимикроб. Агенты Чемотер. 60 , 4910–4919 (2016).

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Лепушиц, С. и др. Полногеномное секвенирование выявило сходство между продуцирующими БЛРС и устойчивыми к карбапенемам изолятами Klebsiella pneumoniae из австрийских рек и клиническими изолятами из больниц. Науч. Всего. Окружающая среда. 662 , 227–235 (2019).

    КАС пабмед Google ученый

  • Пачоса, М.K. & Mecsas, J. Klebsiella pneumoniae : переход в нападение с сильной защитой. Микробиолог. Мол. биол. Ред. 80 , 629–661 (2016).

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Bengoechea, J. A. & Sa Pessoa, J. Klebsiella pneumoniae биология инфекции: жизнь для противодействия защите хозяина. FEMS микробиол. 43 , 123–144 (2019).

    КАС пабмед Google ученый

  • Фолладор, Р. и др. Разнообразие Klebsiella pneumoniae поверхностных полисахаридов. Микроб. Геном. 2 , e000073 (2016).

    ПабМед ПабМед Центральный Google ученый

  • Wyres, K.L. et al. Идентификация локусов синтеза капсул Klebsiella из данных полного генома. Микроб. Геном. 2 , e000102 (2016).

    ПабМед ПабМед Центральный Google ученый

  • Бахман, М. А., Ленио, С., Шмидт, Л., Ойлер, Дж. Э. и Вайзер, Дж. Н. Взаимодействие липокалина 2, трансферрина и сидерофоров определяет репликативную нишу Klebsiella pneumoniae во время пневмонии. м Био 3 , e00224-11 (2012).

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Пан Ю.-Дж. и другие. Генетический анализ кластеров генов синтеза капсульных полисахаридов у 79 капсульных типов Klebsiella spp. Науч. Респ. 5 , 15573 (2015).

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Whitfield, C. Биосинтез и сборка капсулярных полисахаридов в Escherichia coli . год. Преподобный Биохим. 75 , 39–68 (2006).

    КАС пабмед Google ученый

  • Эрсков И.DA & Fife-Asbury, MA New Klebsiella капсулярный антиген, K82 и удаление пяти из ранее назначенных. Междунар. Дж. Сист. бактериол. 27 , 386–387 (1977).

    Google ученый

  • Wick, R. R., Heinz, E., Holt, K. E. & Wyres, K. L. Kaptive Web: удобная для пользователя капсула и предсказание серотипа липополисахарида для геномов Klebsiella . Дж. Клин. микробиол. 56 , e00197–e00218 (2018 г.).

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Clarke, B.R. et al. Молекулярная основа структурного разнообразия полисахаридов серогруппы O2-антигена у Klebsiella pneumoniae . Дж. Биол. хим. 293 , 4666–4679 (2018).

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Гуачалла, Л.М. и др. Открытие моноклональных антител, перекрестно реагирующих с новыми подсеротипами K. pneumoniae O3. Науч. Респ. 7 , 6635 (2017).

    ПабМед ПабМед Центральный Google ученый

  • Мостоуи Р. Дж. и Холт К. Э. Машины, создающие разнообразие: генетика бактериального сахарного покрытия. Тенденции микробиол. 26 , 1008–1021 (2018).

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Хатер Ф.и другие. Анализ in silico генов, кодирующих Usher, в Klebsiella pneumoniae и характеристика их роли в адгезии и колонизации. PLoS One 10 , e0116215 (2015 г.).

    ПабМед ПабМед Центральный Google ученый

  • Murphy, CN, Mortensen, MS, Krogfelt, KA & Clegg, S. Роль фимбрий Klebsiella pneumoniae типа 1 и типа 3 в колонизации силиконовых трубок, имплантированных в мочевой пузырь мышей в качестве модели катетер-ассоциированного мочевого пузыря. инфекции тракта. Заразить. Иммун. 81 , 3009–3017 (2013).

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Бахман, М. А. и др. Klebsiella pneumoniae yersiniabactin способствует инфекции дыхательных путей за счет уклонения от липокалина 2. Infect. Иммун. 79 , 3309–3316 (2011).

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Руссо Т.A., Olson, R., Macdonald, U., Beanan, J. & Davidson, BA Аэробактин, но не иерсиниабактин, сальмохелин или энтеробактин, способствует росту/выживанию гипервирулентных (сверхслизисто-вязких) Klebsiella pneumoniae ex vivo и в естественных условиях . Заразить. Иммун. 83 , 3325–3333 (2015).

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Russo, T.A. et al. Аэробактин опосредует вирулентность и отвечает за повышенную выработку сидерофоров в условиях дефицита железа гипервирулентными (сверхслизисто-вязкими) Klebsiella pneumoniae . Заразить. Иммун. 82 , 2356–2367 (2014).

    ПабМед ПабМед Центральный Google ученый

  • Fischbach, M. A. et al. Связанный с патогеном кластер генов iroA опосредует уклонение бактерий от липокалина 2. Proc. Натл акад. науч. США 103 , 16502–16507 (2006 г.).

    КАС пабмед Google ученый

  • Лам, М.M.C. и соавт. Генетическое разнообразие, мобилизация и распространение кодирующего иерсиниабактин мобильного элемента ICE Kp в популяциях Klebsiella pneumoniae . Микроб. Геном. https://doi.org/10.1099/mgen.0.000196 (2018 г.).

    Артикул пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Lam, M.C.C. и др. Отслеживание ключевых локусов вирулентности, кодирующих синтез сидерофора аэробактина и салмохелина у Klebsiella pneumoniae . Геном Мед. 10 , 77 (2018).

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Холден В.И., Бахман М.А. и Холден В.И. Различные роли бактериальных сидерофоров во время инфекции. Металломика 7 , 986–995 (2015).

    КАС пабмед Google ученый

  • Саха, П. и др. Бактериальный сидерофор энтеробактин дает преимущество в выживании Salmonella в макрофагах. Микробы кишечника 10 , 412–423 (2019).

    КАС пабмед Google ученый

  • Achard, M.E.S. et al. Антиоксидантная роль катехолатных сидерофоров в Salmonella . Биохим. J. 454 , 543–549 (2013).

    КАС пабмед Google ученый

  • Холден В.И., Брин П., Хоул С., Дозуа К.M. & Bachman, MA Сидерофоры Klebsiella pneumoniae вызывают воспаление, диссеминацию бактерий и стабилизацию HIF-1α во время пневмонии. м Био 7 , e01397–e01416 (2016).

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Линь, Т.-Л., Ли, К.-З., Се, П.-Ф., Цай, С.-Ф. и Ван, Дж.-Т. Характеристика интегративного и конъюгативного элемента геномной гетерогенности, связанной с ICEKp1, в штамме Klebsiella pneumoniae , выделенном из первичного абсцесса печени. J. Бактериол. 190 , 515–526 (2008).

    КАС пабмед Google ученый

  • Нассиф, X., Фурнье, Дж., Арондел, Дж. и Сансонетти, П.Дж. Мукоидный фенотип Klebsiella pneumoniae представляет собой кодируемый плазмидой фактор вирулентности. Заразить. Иммун. 57 , 546–552 (1989).

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Ян, X., Вай-Чи Чан, Э., Чжан, Р. и Чен, С. Конъюгативная плазмида, повышающая вирулентность Klebsiella pneumoniae . Нац. микробиол. 4 , 2039–2043 (2019).

    ПабМед Google ученый

  • Nougayrède, J.P. et al. Escherichia coli индуцирует двухцепочечные разрывы ДНК в эукариотических клетках. Наука 313 , 848–851 (2006).

    ПабМед Google ученый

  • Лай Ю.С. и др. Genotoxic Klebsiella pneumoniae на Тайване. PLoS One 9 , e96292 (2014 г.).

    ПабМед ПабМед Центральный Google ученый

  • Лу, М.-К. и другие. Колибактин способствует гипервирулентности pks + K1 CC23 Klebsiella pneumoniae при инфекциях мышиного менингита. Перед. Клетка. Заразить. микробиол. 7 , 1–14 (2017).

    Google ученый

  • Вачаротаянкун, Р.и другие. Усиление экстракапсулярного синтеза полисахаридов у Klebsiella pneumoniae с помощью RmpA2, что демонстрирует гомологию с NtrC и FixJ . Заразить. Иммун. 61 , 3164–3174 (1993).

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Arakawa, Y. et al. Биосинтез капсульного полисахарида Klebsiella K2 в Escherichia coli HB101 требует функций rmpA и хромосомного кластера генов cps вирулентного штамма Klebsiella pneumoniae Chedid ( Заразить. Иммун. 59 , 2043–2050 (1991).

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Walker, K. A. et al. Регуляторный мутант Klebsiella pneumoniae имеет сниженную экспрессию капсулы, но сохраняет гиперслизистую вязкость. м Био 10 , e00089–e00119 (2019). В этом исследовании исследуются роли rmpA и недавно идентифицированного гена непосредственно ниже него ( rmpC ) в гипермукоидии и образовании капсул .

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Wu, C.C., Huang, YJ, Fung, C.P. & Peng, HL. Регулирование фимбрий Klebsiella pneumoniae Kpc сайт-специфической рекомбиназой KpcI. Микробиология 156 , 1983–1992 (2010).

    КАС пабмед Google ученый

  • Earle, S.G. et al. Выявление эффектов происхождения при контроле структуры популяции повышает эффективность исследований ассоциаций бактерий. Нац. микробиол. 1 , 16041 (2016).

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Martin, R. M. et al. Выявление локусов, ассоциированных с патогенностью Klebsiella pneumoniae от госпитализированных больных. mSystems 3 , e00015–e00018 (2018 г.). Это полногеномное ассоциативное исследование тестирует генов K. pneumoniae , связанных с клиническими изолятами (бактериемия или пневмония) по сравнению с бессимптомными изолятами, колонизирующими кишечник, и демонстрирует независимые эффекты оперона устойчивости к теллуриту ter и локус использования психоза.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Russo, T.A. et al. Идентификация биомаркеров для дифференциации гипервирулентной Klebsiella pneumoniae от классической K. pneumoniae . Дж. Клин. Микробиол . 56 , e00776-18 (2018). Это исследование является первым систематическим исследованием маркеров вирулентности и их относительного влияния на предсказание фенотипа гипервирулентности, подчеркивая важность локуса синтеза аэробактина iuc и других локусов , расположенных совместно с плазмидами.

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Liu, C. & Guo, J. Гипервирулентный Klebsiella pneumoniae (гиперслизисто-вязкая и аэробактин-положительная) инфекция в течение 6 лет у пожилых людей в Китае: модели устойчивости к противомикробным препаратам, молекулярная эпидемиология и фактор риска. Энн. клин. микробиол. Антимикроб. 18 , 4 (2019).

    ПабМед ПабМед Центральный Google ученый

  • Е М.и другие. Клинический и геномный анализ вызывающей абсцесс печени Klebsiella pneumoniae выявил новые гены вирулентности, связанные с абсцессом печени. Перед. Заражение клетки. микробиол. 6 , 1–12 (2016).

    Google ученый

  • Ву, К. М. и др. Секвенирование генома и сравнительный анализ Klebsiella pneumoniae NTUH-K2044, штамма, вызывающего абсцесс печени и менингит. J. Бактериол. 191 , 4492–4501 (2009 г.).

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Chen, Y., Chang, H., Lai, Y., Pan, C. & Tsai, S. Секвенирование и анализ большой вирулентной плазмиды pLVPK Klebsiella pneumoniae CG43. Ген 337 , 189–198 (2004).

    КАС пабмед Google ученый

  • Лери Л.М. и др. Сравнительный анализ геномов Klebsiella pneumoniae идентифицирует белок семейства фосфолипазы D как новый фактор вирулентности. БМС Биол. 12 , 41 (2014).

    ПабМед ПабМед Центральный Google ученый

  • Ту, Ю. К. и др. Генетические требования к абсцессу печени, вызванному Klebsiella pneumoniae , в модели оральной инфекции. Заразить. Иммун. 77 , 2657–2671 (2009).

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Bulger, J., MacDonald, U., Olson, R., Beanan, J. & Russo, T. A. Переносчик метаболита PEG344 необходим для полной вирулентности гипервирулентного штамма Klebsiella pneumoniae hvKP1 после легочного, но не подкожного заражения. Заразить. Иммун . 85 , e00093-17 (2017).

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Се Ю.и другие. Появление резистентной к цефалоспоринам гипервирулентной Klebsiella pneumoniae третьего поколения в связи с приобретением самопереносимой bla DHA-1 — несущий плазмиду штамма ST23. Вирулентность 9 , 838–844 (2018).

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Surgers, L., Boyd, A., Girard, P.M., Arlet, G. & Decré, D. БЛРС-продуцирующий штамм гипервирулентного Klebsiella pneumoniae K2, Франция. Аварийный. Заразить. Дис. 22 , 1687–1688 (2016).

    ПабМед ПабМед Центральный Google ученый

  • Шен, Д. и др. Появление полирезистентной гипервирулентной Klebsiella pneumoniae ST23 с редкой bla CTX-M-24 — содержащий вирулентную плазмиду. Антимикроб. Агенты Чемотер. 63 , e02273–e02318 (2019).

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Донг Н., Лин Д., Чжан Р., Чан Э. В. К. и Чен С. Перевозка bla KPC-2 с помощью плазмиды вирулентности в гипервирулентных Klebsiella pneumoniae . J. Антимикроб. Чемотер. 73 , 3317–3321 (2018).

    КАС пабмед Google ученый

  • Донг, Н. и др. Анализ генома клинической мультилокусной последовательности типа 11 Klebsiella pneumoniae из Китая. Микроб.Genomics 4 , https://doi.org/10.1099/mgen.0.000149 (2018).

  • Weingarten, R. A. et al. Геномный анализ больничной сантехники выявил разнообразный резервуар бактериальных плазмид, придающих устойчивость к карбапенемам. м Био 9 , e02011–e02017 (2018).

    ПабМед ПабМед Центральный Google ученый

  • Sherry, N.L. et al. Геномика для молекулярной эпидемиологии и выявления передачи Enterobacterales, продуцирующих карбапенемазы, в Виктории, Австралия, 2012–2016 гг. Дж. Клин. микробиол. 57 , e00573-19 (2019).

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Brisse, S. & Verhoef, J. Филогенетическое разнообразие клинических изолятов Klebsiella pneumoniae и Klebsiella oxytoca , выявленных путем случайной амплификации полиморфной ДНК, gyrA и parC Междунар. Дж. Сист.Эвол. микробиол. 51 , 915–924 (2001).

    КАС пабмед Google ученый

  • Brisse, S., Passet, V. & Grimont, P. A. D. Описание Klebsiella quadripneumoniae sp., выделенных из человеческих инфекций, с двумя подвидами, Klebsiella quadripneumoniae subsp. квазипневмония subsp. ноябрь и Клебсиелла квазипневмония подвид. similipneumoniae subsp. нояб., и. демонстрация того, что Klebsiella singaporensis является младшим гетеротипическим синонимом Klebsiella variicola . Междунар. Дж. Сист. Эвол. микробиол. 64 , 3146–3152 (2014).

    ПабМед Google ученый

  • Rosenblueth, M., Martinez, L., Silva, J. & Martinez-Romero, E. Klebsiella variicola , новый вид с клиническими и растительными изолятами. Сист. заявл. микробиол. 27 , 27–35 (2004).

    КАС пабмед Google ученый

  • Лонг, С.В. и др. Полногеномное секвенирование человеческого клинического изолята нового вида Klebsiella quadricola sp. ноябрь Объявление генома. 5 , e01057-17 (2017).

    ПабМед ПабМед Центральный Google ученый

  • Блин, К., Пассет, В., Тушон, М., Роша, Е.П.К. и Брис, С. Метаболическое разнообразие новых патогенных линий Klebsiella pneumoniae . Конверт. микробиол. 19 , 1881–1898 (2017). Это исследование является первым исследованием метаболических вариаций среди различных линий K. pneumoniae и других представителей комплекса видов, показывающим, что метаболические возможности — в частности, использование углеродного субстрата — могут существенно различаться между штаммами .

    КАС Google ученый

  • Potter, R. F. et al. Структура популяции, устойчивость к антибиотикам и уропатогенность Klebsiella variicola . м Био 9 , e02481-18 (2018).

    ПабМед ПабМед Центральный Google ученый

  • Mathers, A.J. et al. Клебсиелла квазипневмония дает представление о переносе генов карбапенемазы, плазмидных перестройках и взаимодействии пациентов с больничной средой. Антимикроб. Агенты Чемотер. 63 , e02513–e02518 (2019).

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Бринкац Л.М. и др. Появление металло-β-лактамазы Нью-Дели (NDM-5) у Klebsiella quadripneumoniae у новорожденных в нигерийской больнице. mSphere 4 , e00685-18 (2019).

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Родригес-Медина, Н., Барриос-Камачо, Х., Дюран-Бедолла, Дж. и Гарса-Рамос, У. Klebsiella variicola : новый патоген для человека. Аварийный. микробы заражают. 8 , 973–988 (2019).

    ПабМед ПабМед Центральный Google ученый

  • Breurec, S. et al. Абсцесс печени, вызванный внебольничной инфекцией Klebsiella pseudopneumoniae subsp. квазипневмония . Аварийный. Заразить. Дис. 22 , 529–531 (2016).

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Брис, С.и Van Duijkeren, E. Идентификация и чувствительность к противомикробным препаратам 100 клинических изолятов животных Klebsiella . Вет. Миробиол. 105 , 307–312 (2005).

    КАС Google ученый

  • Мартинес-Ромеро, Э. и др. Неправильная классификация генома Klebsiella variicola и Klebsiella quadripneumoniae , выделенных из растений, животных и человека. Общественный привет. мекс. 60 , 52–62 (2018).

    Google ученый

  • Ramirez, M.S., Iriarte, A., Reyes-Lamothe, R., Sherratt, D.J. & Tolmasky, M.E. Small Klebsiella pneumoniae плазмиды: забытые факторы устойчивости к антибиотикам. Перед. микробиол. 10 , 2182 (2019).

    ПабМед ПабМед Центральный Google ученый

  • Караттоли, А.и другие. In silico обнаружение и типирование плазмид с использованием PlasmidFinder и типирование плазмидной мультилокусной последовательности. Антимикроб. Агенты Чемотер. 58 , 3895–3903 (2014).

    ПабМед ПабМед Центральный Google ученый

  • Robertson, J. & Nash, JHE MOB-suite: программные инструменты для кластеризации, реконструкции и типирования плазмид из черновых сборок. Микроб. Геном . 4 , https://doi.org/10.1099/mgen.0.000206 (2018 г.).

  • Орлек А. и др. Заказ толпы: понимание схем типизации репликона и MOB на основе анализа тщательно отобранного набора данных общедоступных плазмид. Plasmid 91 , 42–52 (2017).

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Арредондо-Алонсо, С., Виллемс, Р. Дж., ван Шайк, В. и Шюрх, А. К. О (не)возможности реконструкции плазмид из данных краткого секвенирования всего генома. Микроб. Геном. 3 , e000128 (2017).

    ПабМед ПабМед Центральный Google ученый

  • Де Майо, Н. и др. Сравнение технологий секвенирования длинных считываний в гибридной сборке сложных бактериальных геномов. Микроб. Геном . https://doi.org/10.1099/mgen.0.000294 (2019 г.).

  • Вилла, Л. и др. Разнообразие, вирулентность и устойчивость к противомикробным препаратам клона Klebsiella pneumoniae ST307, продуцирующего КПК. Микроб. Геном . https://doi.org/10.1099/mgen.0.000110 (2017 г.).

  • Ех, К.-М. и другие. Возвращаясь к важности детерминанты вирулентности magA и окружающих ее генов в Klebsiella pneumoniae , вызывающей гнойные абсцессы печени: точная роль в формировании капсулы серотипа K1. Дж. Заражение. Дис. 201 , 1259–1267 (2010).

    КАС пабмед Google ученый

  • Ю, В.-Л., Ли, М.-Ф., Тан, Х.-Дж., Чанг, М.-К. и Чуанг, Ю.-К. Низкая распространенность rmpA и высокая склонность к мутации rmpA соответствуют низкой вирулентности изолятов Klebsiella pneumoniae , продуцирующих β-лактамазы расширенного спектра. Вирулентность 6 , 162–172 (2015).

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Мартинес Дж., Мартинес Л., Розенблют М., Сильва, Дж. и Мартинес-Ромеро, Э. Как анализ последовательности генов изменяет таксономию бактерий? Дело Клебсиелла . Междунар. микробиол. 7 , 261–268 (2004).

    КАС пабмед Google ученый

  • Эджаз Х. и др. Филогенетический анализ Klebsiella pneumoniae от госпитализированных детей, Пакистан. Аварийный. Заразить. Дис. 23 , 1872–1875 (2017).

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Серкейра, Г.С. и др. Анализ резистентности к карбапенемам, проведенный несколькими институтами, выявил удивительное разнообразие, необъяснимые механизмы и ограниченные клональные вспышки. Проц. Натл акад. науч. США 114 , 1135–1140 (2017).

    КАС пабмед Google ученый

  • Морадигараванд, Д., Мартин, В., Пикок, С.Дж. и Паркхилл, Дж. Эволюция и эпидемиология полирезистентного штамма Klebsiella pneumoniae в Соединенном Королевстве. м Био 8 , e01976-16 (2017).

    КАС пабмед ПабМед Центральный Google ученый

  • Лю, Л. и др. Резистентные к карбапенемам изоляты комплекса Klebsiella pneumoniae в западном Китае: распространенный штамм ST11 и неожиданные специфичные для больниц типы. клин. Заразить. Дис. 67 С263–С265 (2018).

    КАС пабмед Google ученый

  • Окампо, А.М. и др. Двухлетнее наблюдение в пяти колумбийских больницах третичного уровня выявило высокую частоту не-CG258 клонов резистентной к карбапенемам Klebsiella pneumoniae с отчетливыми клиническими характеристиками. Антимикроб. Агенты Чемотер. 60 , 332–342 (2015).

    ПабМед ПабМед Центральный Google ученый

  • Андраде Л. Н. и др. Гены вирулентности, капсульные и плазмидные типы мультирезистентных к лекарственным препаратам CTX-M(-2, -8, -15) и KPC-2-продуцирующих изолятов Klebsiella pneumoniae из четырех крупных больниц Бразилии. Диагн. микробиол. Заразить. Дис. 91 , 164–168 (2018).

    КАС пабмед Google ученый

  • Делео, Ф. Р. и др. Молекулярная диссекция эволюции карбапенеморезистентной мультилокусной последовательности типа 258 Klebsiella pneumoniae . Проц. Натл акад. науч. США 111 , 4988–4993 (2014).

    КАС пабмед Google ученый

  • Лоу, М.и другие. Klebsiella pneumoniae ST307 с bla OXA-181 , ЮАР, 2014–2016 гг. Аварийный. Заразить. Дис. 25 , 739–747 (2019).

    ПабМед ПабМед Центральный Google ученый

  • Chung The, H. et al. Геномный анализ с высоким разрешением вспышек в больницах с множественной лекарственной устойчивостью Klebsiella pneumoniae . EMBO Мол. Мед. 7 , 227–239 (2015).

    ПабМед ПабМед Центральный Google ученый

  • Klebsiella pneumoniae — microbewiki

    Страница микробной биосферы, посвященная роду Klebsiella pneumoniae

    Классификация

    Таксоны высшего порядка

    Домен: Бактерии;

    Тип: Протеобактерии;

    Класс: Гаммапротеобактерии;

    Заказ: Enterobacteriales;

    Семейство: Enterobacteriaceae;

    Род: Klebsiella ;

    Виды: К.pneumoniae

    Вид

    Клебсиелла пневмония

    Описание и значение

    K. pneumoniae является грамотрицательной бактерией. Это факультативные анаэробы. Он имеет форму палочки и имеет размеры 2 мкм на 0,5 мкм. В 1882 году Friedlander C. Uber впервые обнаружил Klebsiella как патоген, вызывающий пневмонию (8). Многие больничные случаи по всему миру были связаны с K. pneumoniae . Поэтому были важны и проведены дополнительные исследования штаммов.Бактерия была выделена и секвенирована у пациента в 2004 г. K. pneumoniae обычно обнаруживается в желудочно-кишечном тракте и на руках медицинского персонала (3). Причиной его патогенности является толстый капсульный слой, окружающий бактерию. Тонкие волокна толщиной 160 нм отходят от наружной мембраны под прямым углом (6) (5). Еще одним местом на теле человека, где могут быть обнаружены эти бактерии, является носоглотка. Его среда обитания не ограничивается людьми, но повсеместно встречается в окружающей среде.Сюда входят поверхностные воды, сточные воды и почва (4). Частое появление резистентных инфекций, вызванных K. pneumoniae, по-прежнему вызывает большой интерес к исследованиям по борьбе с этими резистентными инфекциями, возможно, путем их предотвращения с помощью вакцин (7).

    Структура генома

    Полный геном был определен в 2006 году в Центре секвенирования генома Вашингтонского университета в Сент-Луисе. Геном был назван Klebsiella pneumoniae subsp. пневмония MGH 78578.Он включает одну хромосому размером 5,3 Мпн. Содержание GC составляет 57%. Существует пять плазмид: pKPN3, pKPN4, pKPN5, pKPN6 и pKPN7. Соответственно длина каждой плазмиды составляет 0,18 Мб, 0,11 Мб, 0,089 Мб, 0,0043 Мб и 0,0035 Мб. ДНК кольцевая. Всего в геноме кодируется около 5300 генов. Из этих 5300 генов 5184 — белковые гены, 111 — гены РНК и 3 — псевдогены. Все гены РНК расположены в хромосоме, а 1 псевдоген кодируется в хромосоме, pKPN3 и pKPN4 соответственно [1].Было обнаружено, что последовательность генома K. pneumoniae тесно связана с последовательностью генома Escherichia coli K-12 (1).

    Структура клетки и метаболизм

    Структура ячейки: K. pneumoniae содержит капсулу вокруг клетки. Известный как антиген К, он защищает бактерии от фагоцитоза. Штаммы K. pneumoniae серотипов 01:K1, 01:K10 и O1:K16, которые имеют только антиген K, экспонированный на клеточной поверхности, сопротивляются комплемент-опосредованному уничтожению, препятствуя активации комплемента.Также ясно, что очищенные капсулярные полисахариды (антиген К) из девяти различных серотипов (способные или неспособные маскировать ЛПС) не были способны активировать комплемент (19). Klebsiella . Два олигонуклеотидных зонда и гидроксилированная жирная кислота C14:0-2OH являются отличительными чертами K. pneumoniae (2). Капсула разделена на два слоя, внутренний и внешний, различающиеся расположением пучковые волокна, составляющие саму капсулу.Пучки волокон внутреннего слоя располагаются перпендикулярно поверхности наружной клеточной мембраны, в то время как волокна внешнего слоя тонко расположены, образуя «тонкую сетчатую структуру» [7]. Показано, что помимо капсулы патогенные штаммы K. pneumoniae синтезируют фимбрии 3-го типа [6].

    Метаболизм:

    Фиксация азота (nif) уникальна для K. penumoniae . Enterobacteriaceae не обладают свойством фиксации азота. Но, К.pneumoniae может поглощать атмосферный азот и восстанавливать его до аммиака и аминокислот. Это было обнаружено при анализе hisD-сцепленных nif генов и hisD-несцепленных nif генов (9). Позже было обнаружено, что структурный ген глутаминсинтетазы (G.S.), glnA и близкородственный glnG регулирует гены nif нитрогеназы (10). Другим продуктом метаболизма K. pneumoniae является 1,3-пропандиол. Он создается путем анаэробной ферментации (двухступенчатая ферментация от глюкозы до глицерина и 1,3-пропандиола) или легкой аэробной ферментации (11).K. pneumoniae использует оперон nifLA для регуляции синтеза нитрогеназы [5]. NifA действует как активатор транскрипции, тогда как nifL ингибирует продукцию nifA в присутствии кислорода. В дополнение к этим генам было показано, что другие гены nif также регулируют активность нитрогеназы [5]. У K. pneumoniae насчитывается около 20 генов nif, которые в совокупности регулируют метаболическую активность. Из-за своей метаболической специфичности K. pneumoniae будет использовать фиксацию азота только в отсутствие кислорода, поскольку кислород может повредить часть фермента нитрогеназы [5].

    Экология

    K. pneumoniae встречается повсеместно, поскольку встречается у млекопитающих и в окружающей среде. Он оказывает патогенное действие во всем мире. Имеются данные о внебольничных и внутрибольничных инфекциях в таких странах, как Тайвань и Южная Африка. Было обнаружено, что в некоторых местах внебольничная инфекция K. pneumoniae связана с алкоголизмом. Существует большое количество инфекций, приобретаемых при поражении различных органов тела. Это может повлиять на печень, мочевыводящие пути, легкие и многие другие (18).

    Патология

    K. pneumoniae является важным возбудителем инфекций человека (см. также раздел «Описание и значение»). Инфекции или заболевания обычно носят внутрибольничный или внутрибольничный характер. В 1998 г. на K. pneumoniae и K. oxytoca приходилось 8% внутрибольничных бактериальных инфекций в США и в Европе. Заболевания включают инфекции мочевыводящих путей, пневмонию, септицемию и инфекции мягких тканей (3). Заболевания, вызванные К.pneumoniae может привести к смерти пациентов с иммунодефицитом. Различия в заболеваниях определяются разными факторами вирулентности. Например, мукоидный фенотип варьируется по мере изменения штаммов мукоидного лейкоцита (14). Боковые цепи CPS и LPS O являются двумя наиболее важными факторами вирулентности K. pneumoniae (7). Они служат для защиты бактерии от фагоцитоза хозяином. Лечение проводится антибиотиками, такими как клинафлоксацин (13). Но растет число штаммов, устойчивых к антибиотикам.Ципрофлоксацин — антибиотик, эффективность которого снижается (12).

    У калифорнийских морских львов ( Zalophus californianus ) изолят фенотипически характерной гипермуковискозности (HMV) бактерий Klebsiella pneumoniae был обнаружен в общей сложности в 25 случаях. Фенотип HMV K. pneumoniae был выделен из случаев гнойной пневмонии и плеврита у морских львов; также он был выделен от морских львов с абсцессами. Это первый случай заражения человека возбудителем, который может передаваться от морских животных.Поэтому очень важно проводить скрининг морских млекопитающих на наличие патогенных бактерий, которые могут вызывать проблемы со здоровьем у людей. Кроме того, K. pneumoniae HMV становится все более распространенным среди морских прибрежных млекопитающих в качестве основного патогена. В результате необходимы дальнейшие исследования K. pneumoniae HMV для дальнейшего улучшения и определения степени нашего понимания этого патогена и его влияния на эпидемиологию (21).

    Klebsiella pneumoniae — очень распространенный патоген, с которым сталкиваются многие медицинские работники.Помимо внутрибольничного возбудителя, который вызывает несколько инфекций, таких как мочевыводящие пути, нозокомиальная пневмония и интраабдоминальные инфекции, Pneumoniae была идентифицирована как внебольничная инфекция с колеблющейся распространенностью. Была установлена ​​сильная корреляция между демографическим и географическим распределением среди населения мира и случаями внебольничных инфекций, вызванных K. penumoniae . K. pneumoniae считается респираторным патогеном, вызывающим Pneumoniae, симптомы которого включают: токсическое проявление с внезапным началом, высокую температуру и кровохарканье.Диагностика с помощью рентгенограммы грудной клетки направлена ​​на выявление аномалий, таких как выпячивание междолевой щели и полостные абсцессы. За прошедшие годы вклад 90 123 K. pneumoniae 90 124 в общее число внебольничных случаев Pneumoniae резко снизился, в то время как его вклад в другие болезненные состояния увеличился. Внебольничная инфекция K. pneumoniae была причиной увеличения числа случаев бактериемического абсцесса печени, особенно в Центральной и Дальней Азии. Пациенты с абсцессом печени Klebsiella также показали более высокую частоту возникновения следующих осложнений: легочная эмболия или абсцесс, абсцесс головного мозга, пиогенный менингит, эндофтальмит, абсцесс предстательной железы, остеомиелит, септический артрит или абсцесс поясничной мышцы.Важно отметить, что частота инфекций, вызванных внебольничной K. pneumoniae , различается среди населения мира. Например: уровень менингита, вызванного K. pneumoniae , увеличился более чем в два раза в некоторых больницах Центральной Азии, в то время как на ту же инфекцию, вызванную K. pneumoniae , приходилось менее 2% в больнице в Соединенных Штатах. Штаты (24).


    К. pneumoniae является патогенной и ежегодно вызывает большое количество инфекций.Наиболее распространенными патогенными штаммами K. pneumoniae являются капсульные серотипы К1 и К2 [6]. Кроме того, исследование, проведенное на серотипах K1 и K2, показало, что мукоидный фенотип присутствует более чем в 94% инфекций K. pneumoniae [6]. Основным фактором вирулентности патогенных штаммов K. pneumoniae является аэробактин (продуцируемый серотипами К1 и К2), который также является основным фактором вирулентности патогенных штаммов E. coli [6]. В недавнем исследовании гипервирулентные штаммы стали причиной смерти пяти пациентов в Китае в 2013 г. [6].Большинство случаев инфекций, вызванных K. pneumoniae, возникали в результате передачи от пациента к пациенту и приобретались в больницах. Общие симптомы инфекции K. pneumoniae в крови включают лихорадку, озноб, сыпь и головокружение [7]. Инфекции в легких могут привести к менингиту и проблемам с дыханием. Наиболее распространенным методом лечения инфекций, вызванных K. pneumoniae, являются антибиотики, но недавно было обнаружено, что штаммы устойчивы ко многим обычным антибиотикам, включая карбапенем.

    Текущие исследования

    (1) В настоящее время доктор философии Стивен Клегг из Университета Айовы проводит исследование по выявлению регуляции генов, которые кодируют фимбрии кишечных бактерий. K. pneumoniae используется путем взятия генов, кодирующих фимбрии, и вставки их в плазмиду E. coli . Поскольку фимбрии E. coli могут прикрепляться к поверхности слизистых оболочек эукариот, можно провести исследование регуляции экспрессии, белков и аминокислот. Понимание роста K. pneumoniae на эукариотах или поверхности слизистой оболочки прольет свет на понимание биопленок этой бактерии внутри человеческого тела.Инфекции и профилактика этих инфекций также могут быть определены (15).

    (2) Вспышка инфекции Klebsiella pneumoniae , продуцирующей β-лактамазу IMP-1, произошла в японских больницах и была получена для расследования. Кишечные бактерии развили резистентность к металло-β-лактамазам (MBL). Когда-то бактерии были чувствительны к бета-лактамным антибиотикам, за исключением пенициллинов, но теперь у них развилась устойчивость к бета-лактамам расширенного спектра действия из-за бета-лактамаз расширенного спектра действия (БЛРС).Были проведены тесты на антибиотики для определения резистентных и чувствительных. Все виды устойчивы к бета-лактамам, включая карбапенемы, такие как имипенем и меропенем. Восприимчивы те, которые производят MBL. Пациентам с бактериями в больнице будет дан антибиотик левофлоксацин из резистентного к имипенему штамма. Это привело к восприимчивости. Тем не менее, MBL-продуцирующие инфекции K. pneumoniae в этой больнице были вызваны инфекцией, связанной с устройством или медицинской помощью.К настоящему времени сделан вывод о списке чувствительных препаратов против Klebsiellan pneumoniae, продуцирующих β-лактамазу IMP-1. Его изоляция привела к решению о надлежащем обращении в больнице, поскольку инфекции возникают в результате роста на больничных устройствах во время лечения пациентов (16).

    (3) Поскольку количество эффективных антибиотиков сокращается, ученые измерили эффективность антивирулентных молекул на K. pneumoniae . Эта молекула антибактериальная; он не предотвращает рост in vitro, но предотвращает биосинтез капсулы Klebsiella и липополисахаридов, двух важных факторов вирулентности.D1 и D41 (родственные триазины) и D0 (неактивный триазин) измеряли их минимальную ингибирующую концентрацию. Рост либо в D1, либо в D41, но не в D0, определял степень сохранения молекулы вирулентности. Могут быть проведены дальнейшие тесты и распространены на людей, чтобы найти альтернативу противовирусным средствам, если антибиотики не работают (17).

    (4) K. pneumoniae является одним из основных микроорганизмов, вызывающих инфекции у госпитализированных пациентов. Эти микроорганизмы могут вызывать серьезные инфекции кровотока и другие интрузивные инфекции, которые потенциально могут привести к летальному исходу.В ямайской больнице было проведено исследование, посвященное штаммам с множественной лекарственной устойчивостью (МЛУ) K. pneumoniae в течение 5 лет. Эти штаммы с МЛУ включают резистентность к цефалоспоринам широкого спектра действия и другим широко используемым антибиотикам. Это исследование привело к выводу, что K. pneumoniae показали эндемическую персистенцию выбранных клонов, в отличие от пандемической персистенции. Это привело к гипотезе о том, что передача микроорганизма в значительной степени была связана с контактами между пациентами и контактами медицинских работников с пациентами в больнице.(20).

    (5) С 1980-х годов были зарегистрированы случаи внебольничной инфекции Klebsiella pneumonia, приводящей к первичным абсцессам печени. Эти абсцессы печени вызываются капсульным серотипом К1 и геном magA. Большинство этих случаев произошло на Тайване и в Юго-Восточной Азии. Поэтому исследователи считают, что у людей этого происхождения наблюдается повышенная генетическая предрасположенность. Антиген К представляет собой капсулярный полисахарид и считается важным фактором вирулентности К.пневмония. Существует 77 серологических типов К-антигена, и исследования, проведенные в Тайване, показали, что К1 является основным серотипом, вызывающим эти абсцессы печени. Абсцессы печени, вызванные геном K1 и magA, связаны с новым фенотипом, который имеет особенности, позволяющие отличить его от традиционных абсцессов печени. Эти особенности включают в себя внебольничное происхождение, отсутствие сопутствующих гепатобилиарных заболеваний и наличие абсцессов печени с другими инвазивными осложнениями.Абсцессы печени этого штамма менее опасны, чем другие бактериальные абсцессы печени. Фенотип magA чаще наблюдается у штаммов Klebsiella pneumonia, которые инвазивны в печень, чем у тех, которые не являются инвазивными. Распространенность гена magA была самой высокой среди штаммов из северного Тайваня, что предполагает географическую изменчивость. Исследователи наблюдали, что 98% бактериальных изолятов из абсцессов печени несут этот ген magA. Считается, что этот ген участвует в биосинтезе экзополисахарида.Эти экзополисахариды могут защищать бактерии и способствовать их вирулентности. Все изоляты, содержащие ген magA, относились к серотипу K1, что наводит исследователей на мысль, что капсулярный серотип K1 является важным фактором вирулентности. Эти конкретные инфекции были обнаружены только с 1980-х годов, что наводит исследователей на мысль, что недавняя мутация в геноме Klebsiella pneumonia, вызванная приобретением гена magA, повысила патогенность этого штамма с особым сходством с генетическими особенностями у людей с Юго-Восточного азиатского происхождения.(22)

    Появление внутрибольничных инфекций по всему миру привело к исследованию влияния Klebsiella pneumoniae на иммунную систему. Цитокины IL-17 и INF-γ имеют решающее значение для защиты хозяина от легочной инфекции K. pneumonaie. Эти цитокины регулируются IL-23 и IL-12 соответственно. Эти цитокины отвечают за провоспалительный ответ в защите от инфекции K. pneumoniae. (23)

    (6) В 2006 г. в Korean Medical Journal была опубликована статья о бактериемии Klebsiella pneumoniae, в которой особое внимание уделялось изучению последствий внебольничной и нозокомиальной бактериемии.Исследование показало, что внутрибольничная бактериемия, как правило, чаще всего связана с опухолевыми состояниями, а уровень смертности более чем в два раза выше, чем при внебольничной бактериемии. Кроме того, 33,3% внутрибольничных изолятов продемонстрировали устойчивость к цефалоспорину и 22% к ципрофлоксацину. Инвазивные медицинские процедуры повышали вероятность внутрибольничной инфекции, а предшествующее использование цефалоспорина и ципрофлоксацина повышало вероятность развития резистентности.Исследование также показало, что сахарный диабет и хронические заболевания печени чаще всего связаны с внебольничной бактериемией. Эти изоляты показали более низкий уровень устойчивости к цефалоспорину и ципрофлоксацину (3,7% и 4,2% соответственно). (25)

    (7) Было замечено, что существует множество организмов, способных продуцировать β-лактамазы расширенного спектра (БЛРС), при этом Klebsiella pneumoniae является наиболее распространенным видом, продуцирующим БЛРС. Бактерии, способные продуцировать БЛРС, нечувствительны к лечению цефалоспоринами третьего поколения, что создает проблему для эффективного лечения пациентов, инфицированных микроорганизмами, продуцирующими БЛРС.В Восточной Европе до 50% изолятов K. pneumoniae способны продуцировать БЛРС. Исследование, представленное в этой статье, было проведено для изучения влияния различных видов лечения антибиотиками на инфекции, вызванные K. pneumoniae. Это было обсервационное исследование, проведенное Paterson et al (2004) по бактериемии, вызванной K. pneumonia, у 65 пациентов, которые выжили по крайней мере через 14 дней после начала заболевания. Используемые типы терапии: монотерапия карбапенемами, монотерапия хинолонами, монотерапия цефалоспоринами, комбинация β-лактамов/ингибиторов β-лактамаз и монотерапия аминогликозидами.Это исследование выявило значительно более высокую смертность среди пациентов, получавших лечение некарбапенем-β-лактамными антибиотиками и хинолонами. Смертность среди больных, получавших лечение карбапенемными антибиотиками, составила 3,7%. Было обнаружено, что более 98% микроорганизмов, продуцирующих БЛРС, по-прежнему чувствительны либо к имипенему, либо к меропенему, оба из которых являются карбепенемами. Исследование пришло к выводу, что лечением выбора при тяжелых инфекциях, вызванных ESBL-продуцирующими организмами, должны быть карбапенемы.(26)

    (8) Изоляты Klebsiella pneumoniae продуцируют β-лактамазы расширенного спектра действия, что делает их устойчивыми ко многим классам антибиотиков, таким как комбинации β-лактамов/ингибиторов β-лактамаз, хинолоны и аминогликозиды. Это ограничивает выбор лечения карбапенемами для лечения серьезных инфекций. Однако наблюдается увеличение распространения устойчивых к карбапенемам штаммов Klebsiella pneumoniae (KPC-Kp). Это оставляет ограниченные терапевтические возможности против KPC-Kp (тигециклин и колистин).Тем не менее, они даже начинают находить штаммы KPC-Kp, устойчивые к коллистину, а тигецицин не так хорошо действует против инфекций крови. По этой причине существует необходимость в разработке новых противомикробных агентов, которые могут бороться с мультирезистентными штаммами Klebsiella pneumoniae . В настоящее время исследователи находятся на ранних стадиях разработки «неогликозида», известного как ACHN-490. Предполагается, что это следующее поколение аминогликозидов, способных обходить механизмы резистентности внутри бактерий.Исследовательская группа оценила, насколько эффективен ACHN-490 против 102 штаммов Klebsiella pneumoniae с множественной лекарственной устойчивостью (25 из этих штаммов были KPC-Kp). Штаммы отбирали на основе устойчивости к трем и более антибиотикам. Они проверили восприимчивость штаммов к ACHN-490 и различным другим антибиотикам. Результаты показали, что ACHN-490 значительно снижал концентрацию Klebsiella pneumoniae в большей степени, чем все другие аминогликозиды. Концентрации разведения штаммов против АХН-490 были даже ниже, чем у препарата с наименьшей резистентностью в их арсенале.Это показывает, что ACHN-490 является многообещающей будущей альтернативой аминогликозидам для лечения мультирезистентных штаммов Klebsiella pneumoniae , включая штаммы KPC-Kp. (27)

    (9) Еще одной областью исследований, связанных с Klebsiella pneumoniae, является изучение ее присутствия в различных регионах мира и понимание каждого из различных штаммов бактерий. В одном исследовании было рассмотрено примерно 450 случаев заражения Klebsiella pneumoniae по всему миру, чтобы определить влияние региональности (в частности, разные среды и разные пациенты).Авторы этого исследования пришли к выводу, что главным фактором изменчивости каждой из инфекций были характеристики пациентов, а не окружающая среда региона [29]. Регионы с более низким социально-экономическим уровнем и высокой распространенностью других заболеваний, как правило, имели штаммы с самой высокой вирулентностью. Штаммы, обнаруженные в Южной Африке и на Тайване, имели самую высокую смертность у мышей, однако исследователи не смогли получить убедительных доказательств причин различий между штаммами [29].Другое исследование, проведенное на гипервирулентном штамме Klebsiella pneumoniae в Китае, было направлено на изучение генов, связанных с гипервирулентностью. Исследователи обнаружили новый тип последовательности (ST1797), который содержит гены, кодирующие лекарственную устойчивость и передачу инфекции. Исследуемый штамм (K1 hvKP) был особенно опасен, убив всех пяти инфицированных пациентов [30].

    (10) Последняя область текущих исследований посвящена пониманию того, как функционирует Klebsiella pneumoniae, особенно в отношении того, как микроб выживает в организме хозяина.Исследователи заинтересованы в том, чтобы узнать, как Klebsiella pneumoniae может жить во враждебной среде (внутри хозяина с иммунной системой). Легкие и дыхательные пути содержат защитный механизм иммунной системы, называемый антимикробными пептидами, которые разрушают и убивают чужеродные бактерии [31]. Исследования показали, что Klebsiella pneumoniae имеет защитную бактериальную полисахаридную капсулу, которая ограничивает взаимодействие поверхности AP с самими бактериями. Поскольку ЩФ медленно разрушают защитную капсулу, Klebsiella pneumoniae может регулировать образование полисахаридного слоя и увеличивать его продукцию в присутствии ЩФ [31].

    Каталожные номера

    (1) Макклелланд, М., Флореа, Л., Сандерсон, К., Клифтон, С., Паркхилл, Дж., Черчер, К., Дуган, Г., Уилсон, Р., Миллер, В. «Сравнение геном Escherichia coli K-12 с отобранными геномами Klebsiella pneumoniae и трех сероваров Salmonella enterica , Typhimurium, Typhi и Paratyphi». Рез. нуклеиновых кислот. . 2000. Том 28 (24). п. 4974–4986.

    (2) Спирингс Г., ван Сильфхаут А., Хофстра Х.и Томмассен, Дж. «Идентификация Klebsiella pneumoniae с помощью гибридизации ДНК и анализа жирных кислот». Международный журнал систематической бактериологии . 1992. Том 42. с. 252-256.

    (3) Podschun, R. и Ullmann U. « Klebsiella spp. как нозокомиальные патогены: эпидемиология, таксономия, методы типирования и факторы патогенности». Обзоры клинической микробиологии . 1998. Том 11, № 4. с. 589-603.

    (4) Brisse, S. and Verhoef, J.«Филогенетическое разнообразие клинических изолятов Klebsiella pneumoniae и Klebsiella oxytoca , выявленное с помощью случайно амплифицированной полиморфной ДНК, секвенирования генов gyrA и parC и автоматического риботипирования». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 2001. Том 51. с. 915–924.

    (5) Lawlor, M., Hsu, J., Rick, P., Miller, V. «Идентификация детерминант вирулентности Klebsiella pneumoniae с использованием модели интраназальной инфекции». Молекулярная микробиология . 2005. Том 58, выпуск 4. с. 1054–1073.

    (6) Амако К., Мено Ю. и Такаде А. «Тонкая структура капсул Klebsiella pneumoniae и Escherichia coli K1». Журнал бактериологии . 1988. Том 170, № 10. с. 4960-4962.

    (7) [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26358222 Lee, W.H., H.I. Чой, С.В. Хонг, К.С. Ким, Ю.С. Го и С.Г. Чон. 2015. Вакцинация внеклеточными везикулами, полученными из Klebsiella pneumoniae, защищает от летального исхода, вызванного бактериями, посредством как гуморального, так и клеточного иммунитета.Экспериментальная и молекулярная медицина 47(9):183.

    (8) Cortés, G., Borrell, N., de Astorza, B., Gómez, C., Sauleda, J. и Albertí, S. «Молекулярный анализ вклада капсульного полисахарида и липополисахарида O-стороны» Цепочка вирулентности Klebsiella pneumoniae в мышиной модели пневмонии». Инфекция и иммунитет . 2002. Том 70, № 5. с. 2583-2590.

    (9) Friedlander C. Uber die scizomyceten bei der острая фиброзная пневмония.Арх Патол Анат Физиол Клин Мед 1882. 87:319-24.

    (10) Hsueh CT, Chin JC, Yu YY, Chen HC, Li WC, Shen MC, Chiang CY, Shen SC. «Генетический анализ системы фиксации азота у Klebsiella pneumoniae ». Научный Грех . 1977. Том 20, № 6. с. 807-17.

    (11) Эспин Г., Альварес-Моралес А., Меррик М. «Анализ комплементации glnA-связанных мутаций, которые влияют на фиксацию азота у Klebsiella pneumoniae ». Мол Ген Генет .1981. Том 184, № 2. с. 213-7.

    (12) Хуан Х., Гун К.С., Цао Г.Т. «Производство 1,3-пропандиола Klebsiella pneumoniae ». Appl Biochem Biotechnol . 2002. 98-100:687-98.

    (13) Brisse1, S., Milatovic1, D., Fluit, A.C., Verhoef, J. и Schmitz, F.-J. «Эпидемиология устойчивости к хинолонам Klebsiella pneumoniae и Klebsiella oxytoca в Европе». Европейский журнал клинической микробиологии и инфекционных заболеваний .2000. Том 19, номер 1. с. 64-68.

    (14) Сильвен Брис, Дана Милатович, Ад К. Флуит, Ян Верхуф, Неле Мартин, Сибилль Шойринг, Карл Кёрер и Франц-Йозеф Шмитц. «Сравнительная активность in vitro ципрофлоксацина, клинофлоксацина, гатифлоксацина, левофлоксацина, моксифлоксацина и тровафлоксацина в отношении клинических изолятов Klebsiella pneumoniae, Klebsiella oxytoca, Enterobacter cloacae, и Enterobacter aerogenes с изменениями в GyrA и ParC Pro Противомикробные средства и химиотерапия . 1999. Том 43, № 8. стр. 2051-2055.

    (15) Виктор Л. Ю, Деннис С. Хансен, Вен Чиен Ко, Азия Санимени, Кит П. Клугман, Энн фон Готтберг, Герман Гуссенс, Мэрилин М. Вагенер и Висенте Дж. Бенеди. «Характеристики вирулентности Klebsiella и клинические проявления K. pneumoniae инфекций кровотока». Новое инфекционное заболевание . 2007. Том 13, номер 7.

    (16) Клеггс, С.«Прилипание энтеробактерий к рецепторам эукариот» 2007.

    (17) Синако Фукигая, Химена Албаб, Соичиро Кимураб, Тоши Иидаа, Норико Нисикураа, Ёсикадзу Исииб и Кейдзо Ямагути. «Нозокомиальная вспышка генетически родственной β-лактамазы IMP-1, продуцирующей Klebsiella pneumoniae , в больнице общего профиля в Японии». Международный журнал противомикробных агентов . 2007. Том 29, Выпуск 3. с. 306-310

    (18) Мохаммед Бенгезал, Эрик Адам, Аврора Лукас, Кристин Бёрн, Майкл Г.Орчард, Кристин Дюшель, Эмилио Валентино, Стефани Брайяр, Жан-Пьер Пакко, Пьер Коссон. «Ингибиторы бактериальной вирулентности, идентифицированные в модели суррогатного хозяина». 2007. Том 9, Выпуск 5. с. 1336-1342 гг.

    (19) Вен-Чиен Ко, Дэвид Л. Патерсон, Антанасия Дж. Санимени, Деннис С. Хансен, Энн фон Готтберг, Сунита Мохапатра, Хосе Мария Каселлас, Герман Гуссенс, Лютфие Мулазимоглу, Гордон Тренхольм, Кит П. Клугман, Джозеф Г. МакКормак, Виктор Л.Ю. «Внебольничная бактериемия Klebsiella pneumoniae : глобальные различия в клинических моделях».2002. Том. 8, № 2

    (20) СУСАНА МЕРИНО, СИЛЬВИЯ КАМПУБИ, СЕБАСТЬЯН АЛЬБЕРТИ, ВИСЕНТ-ХАВЬЕР БЕНЕДИ И ХУАН М. ТОМАС. «Механизмы устойчивости Klebsiella pneumoniae к убийству, опосредованному комплементом». 1992. ИНФЕКЦИЯ И ИММУНИТЕТ . Том. 60, № 6. с. 2529-2535.

    (21) Николь Христианка, Карен Рой-Грин и Моника Смайл. «Молекулярная эпимиология бета-лактамаз расширенного спектра с множественной лекарственной устойчивостью, продуцирующих Klebsiella pneumoniae , в больнице Ямайки, 2000–2004 гг. ВМС Микробиология , 2010. Том 10, № 27.

    (22) Джанг С., Уилер Л., Кэри Р., Дженсен Б., Крэндалл К., Шрадер К., Джессап Д., Колегроув К. и Галланд Ф. «Плеврит и гнойная пневмония, связанная с гипермуковискозным фенотипом «Klebsiella pneumoniae» у калифорнийских морских львов («Zalophus californianus»)». Ветеринарная микробиология. 2010. Том 141. с. 174-177.

    (23) Кейнан, Йоав и Итан Рубинштейн. «Меняющееся лицо инфекций Klebsiella Pneumoniae в обществе.»International Journal of Antimicrobial Agents 30 (2007): 385-89. Print.

    .

    (24) Happel, K.I, P.J Dubin, and M. Zheng. «Различные роли ИЛ-23 и ИЛ-12 в защите хозяина от Klebsiella Pneumoniae». Журнал экспериментальной медицины 202.6 (2005): 761-69.

    (25) Вен-Чиен, Дэвид Л. Патерсон, Антанасия Дж. Санимени и Денис С. Хансен. «Внебольничная бактериемия Klebsiella Pneumoniae: глобальные различия в клинических моделях». PubMed Central (2002): 160–66. Веб.

    (26) Кан, Чаол-Ин.«Внебольничная и нозокомиальная бактериемия Klebsiella Pneumoniae: клинические особенности, результаты лечения и клиническое значение устойчивости к противомикробным препаратам». J Korean Medical Science (2006): 816-22. Академический поиск Премьер. Веб. 20 апреля 2010 г. .

    (27) Патерсон, Д. и др. др. «Антибиотикотерапия для Klebsiella pneumoniae Bacteremia: последствия производства бета-лактамаз расширенного спектра».Клинические инфекционные болезни, 2004. Том 39, стр. 31-7.

    (28) Endimiani, A., Hujer, K., Hujer, A., Armstrong, E., Choudhary, Y., Aggen, J. и Bonomo, R. «ACHN-490, неогликозид с сильным действием in vitro. Активность против мультирезистентных изолятов Klebsiella pneumoniae ». Американское общество микробиологии, 2009. Том 53. с. 4504-4507.

    (29) Ю. В., Д. Хансен, В. Ко, А. Санимени, К. Клугман, А. Готтберг, Х. Гуссенс, М. Вагенер, В. Бенеди. 2007. Характеристики вирулентности Klebsiella и клинические проявления K.pneumoniae инфекции кровотока. Возникающие инфекционные заболевания (13): 986-993

    (30) Чжан Р., Д. Линь, К. Вай-чи, Э. У. Чань, Д. Гу, Г. Х. Чен, С. Чен. 2016. Появление резистентных к карбапенемам серотипа K1 гипервирулентных штаммов Klebsiella pneumoniae в Китае. Противомикробные агенты и химиотерапия 60:709-711.

    (31) Кампос, Массачусетс, 2004. Полисахариды капсул опосредуют устойчивость бактерий к антимикробным пептидам. Инфекция и иммунитет 72 (12): 7107–7114.

    Под редакцией Бернадетт Мишишин / Кэтрин Рэмзи, учениц М.Глоговски в Университете Лойолы

    Под редакцией Лорин Самелко / Эшли Моравски, студентов M Glogowski в Университете Лойолы

    Под редакцией Джеймса Таша / Ани Михл (Чикагский университет Лойолы)

    Под редакцией Эллисон Флорес, ученицы Рэйчел Ларсен

    Под редакцией KLB

    Под редакцией Вайрала Патель/Мэри Эйерс (Чикагский университет Лойолы)

    Под редакцией Хавила Мадделы и Бахджата Аль-Адили, студентов Университета М. Глоговскиата Лойолы

    Под редакцией Эмили Коффи, Хейли Воутерс, Виктории Джампаоли, студентов Университета М.

    Добавить комментарий

    Ваш адрес email не будет опубликован.